آغاز کار دولت خاتمی با کاهش قیمت نفت و کاهش درآمدهای ارزی حاصل به ۹٫۹ میلیارد دلار همراه شد. استقراض از بانک مرکزی جهت رفع کسری بودجه به افزایش تورم به بیش از ۲۰ درصد در سال ۱۳۷۸ انجامید که به تدریج به حدود ۱۳ درصد کاهش یافت. دولت در این زمان سیاست یکسان‌سازی نرخ ارز را به اجرا درآورد که با موفقیت همراه بود. رشد اقتصادی بیش از ۶ درصد به کاهش بدهی‌های خارجی کمک نمود. بیشترین سرمایه‌گذاری خارجی در ایران در اواسط دولت دوم خاتمی رخ داد. همچنین در دولت وی، میزان درآمد مالیاتی از ثروتمندان به کمترین مقادیر خود رسید که این امر به افزایش فاصله طبقاتی، کمرنگ شدن عدالت اجتماعی، سلطه اقلیت بر اکثریت و فقیر تر شدن فقرا انجامید. در هر حال بسیاری دولت خاتمی را بهترین دولت در تاریخ جمهوری اسلامی می‌دانند گر چه ایرادهایی هم داشت.
تشکیل حساب ذخیره ارزی، اصلاح سامانه مالیاتی، تثبیت نرخ ارز و تصویب و اجرای قانون سرمایه‌گذاری خارجی اجرای موفقی داشت.
ممنوعیت استقراض دولت از بانک مرکزی، کاهش تسهیلات تکلیفی، تأسیس بانک‌های خصوصی، گسترش بورس‌های منطقه‌ای و تأسیس بورس فلزات و کشاورزی از جمله برنامه‌هایی بوده که در جهت بهبود وضعیت اقتصادی و مالی به اجرا درآمد.
اجرای ناموفق برنامه خصوصی‌سازی و ادامه پرداخت یارانه‌ها و ناتوانی در حذف آن‌ها از بزرگ‌ترین نقاط ضعف این دولت بود.
پایین‌ترین میزان تورم در میان دولت‌های جمهوری اسلامی ایران در ۸ سال ریاست محمد خاتمی رخ داد.
بیشترین نرخ سرمایه‌گذاری در میان دولت‌های جمهوری اسلامی ایران در ۸ سال ریاست محمد خاتمی رخ داد.
.svg)
