در سال ۱۸۶۶ به افغانستان بازگشت و شیر علی خان را شکست داده، پدرش محمد افضل خان را بر تخت سلطنت نشاند. پس از سه سال شیر علی خان بار دوم قدرت را بدست گرفت وی پا به فرار نهاد. پس از وفات شیر علی در سال ۱۸۸۰ زمام امور کشور را در دست گرفت. در دوران سلطنت وی بعضی از سرحدات کشور به شمول خط دیورند در سال ۱۸۹۳ نشانی شد. پس از چندی بر ضد کافرستان (نورستان امروزی که در آنزمان مسلمان نبودند) لشکر کشی نمود و آنها را جبرا به دین اسلام وادشت. نسل‌کشی هزاره‌ها یا اقدام به نابودی یک طایفه از ساکنان بومی افغانستان، جنبه منفى این امیر دانسته ميشود. وی در سال ۱۹۰۱ در باغ بالای کابل درگذشت و در آن شهر دفن گردید.
