اسیدوباکتریوتا: تفاوت میان نسخه‌ها

از ویکی‌پدیا، دانشنامهٔ آزاد
تفاوت جدیدتر ←
محتوای حذف‌شده محتوای افزوده‌شده
دیداریویکی‌متن
ایجاد شده به‌واسطهٔ ترجمهٔ صفحهٔ «Acidobacteriota»
(بدون تفاوت)

نسخهٔ ‏۱۲ اوت ۲۰۲۲، ساعت ۱۹:۰۸

اسیدوباکتریوتا
Acidobacterium cf. capsulatum
رده‌بندی علمی e
Missing taxonomy template (fix): Acidobacteriota
Class
مترادف
  • "Acidobacteria" Thrash and Coates 2010[۲]
  • "Acidobacteraeota" Oren et al. 2015
  • "Acidobacteriota" Whitman et al. 2018
  • ?"Aminicenantes" Rinke et al. 2013
  • ?"Fischerbacteria" Anantharaman et al. 2016
Acidobacteriota
Acidobacterium cf. capsulatum
Scientific classification e
Domain: Bacteria
Phylum: Acidobacteriota

Thrash and Coates 2021[۳]
Class
Synonyms
  • "Acidobacteria" Thrash and Coates 2010[۴]
  • "Acidobacteraeota" Oren et al. 2015
  • "Acidobacteriota" Whitman et al. 2018
  • ?"Aminicenantes" Rinke et al. 2013
  • ?"Fischerbacteria" Anantharaman et al. 2016

اسیدوباکتری‌ها (Acidobacteriota) شاخه‌ای از باکتری‌های گرم منفی هستند. اعضای آن از نظر فیزیولوژیکی متنوع و در همه‌جا به‌ویژه خاک حضور دارند. [۵] [۶] [۷]

ویژگی‌ها

اعضای این شاخه ی زیستی از نظر فیزیولوژیکی متنوع هستند و می‌توانند در محیط‌های مختلفی از جمله خاک، چوب در حال تجزیه، [۸] چشمه‌های آب گرم ، اقیانوس‌ها، غارها و خاک‌های آلوده به فلز یافت شوند.۷ اعضای این شاخه به ویژه در زیستگاه های خاکی فراوان هستند که تا 52 درصد از کل جامعه ی باکتریایی را تشکیل می دهند. [۹] دیده شده است که عوامل محیطی مانند پی‌اچ و مواد مغذی، پویایی اسیدوباکتریوتا را هدایت می کنند. [۱۰] [۱۱] [۱۲] بسیاری از گونه‌های اسیدوباکتریوتا از جمله نخستین عضو توصیف‌شده از این شاخه، Acidobacterium capsulatum، اسیددوست هستند.[۱۳]

گونه های قابل توجه دیگر اسیدوباکتریوتا عبارت‌اند از Holophaga foetida ، [۱۴] Geothrix fermentans ، [۱۵] Acanthopleuribacter pedis [۱۶] و Bryobacter aggregatus . [۱۷] از آن‌جایی که آن‌ها اخیراً کشف شده اند و اکثریت آنها کشت نشده اند، اکولوژی و متابولیسم این باکتری ها به خوبی درک نشده است. [۶] با این‌حال، این باکتری ها ممکن است نقش مهمی در اکوسیستم ها داشته باشند، زیرا آن‌ها به‌طور ویژه در خاک فراوان هستند. [۱۸] اعضای گروه های نام‌گذاری‌نشده ی 1، 4 و 6 به‌ویژه در خاک ها فراوان هستند. [۱۹]

اسیدوباکترهای زیرمجموعه ی طبقه‌بندی‌نشده ی شماره 2 علاوه بر خاک که زیستگاه طبیعی آن‌هاست به‌عنوان آلاینده ی معرف های کیت استخراج دی‌ان‌ای شناسایی شده است.[۲۰]

اعضای زیربخش 1 در شرایط پی‌اچ پایین غالب هستند. [۲۱] [۱۰] به‌علاوه، اسیدوباکتری های حاصل از زه‌کشی معادن اسیدی در مقایسه با اسیدوباکتریوتای خاک، [۲۲] به‌طور بالقوه به‌دلیل سازگاری سلولی و پایداری آنزیم‌ها، با شرایط پی‌اچ اسیدی (پی‌اچ ۲-۳) سازگارتر هستند. [۱۰]

محتوای G+C ژنوم‌های اسیدوباکتریا در زیرشاخه‌های آن‌ها یکسان است - بالای 60 درصد برای گروه V و تقریباً 10 درصد کمتر، برای گروه III[۶]

اکثر اسیدوباکتریوتاها هوازی محسوب می شوند. برخی از Acidobacteriota وجود دارند که در زیربخش 8 [۱۵] [۲۳] زیربخش 23، بی هوازی در نظر گرفته می شوند. مشخص شده است که برخی از سویه‌های Acidobacteriota که از خاک منشا می‌گیرند، پتانسیل ژنومی برای تنفس اکسیژن در غلظت‌های اتمسفر و زیر اتمسفر را دارند. [۲۴]

اعضای گروه Acidobacteriota به دلیل فراوانی زیاد در محیط‌های کم کربن آلی، باکتری الیگوتروف در نظر گرفته شده‌اند. [۱۰] با این حال، تنوع در این شاخه ج است نشان دهد که آنها ممکن است استراتژی اکولوژیکی یکسانی نداشته باشند. [۱۰]

متابولیسم

کربن

برخی از اعضای زیربخش 1 می توانند از D- گلوکز ، D- xylose و لاکتوز به‌عنوان منابع کربن استفاده کنند، [۱۰] اما قادر به استفاده از فوکوز یا سوربوز نیستند. [۲۵] اعضای زیربخش 1 همچنین حاوی آنزیم هایی مانند گالاکتوزیدازها هستند که در تجزیه ی قندها استفاده می شوند. [۱۰] مشخص شده است که اعضای زیربخش 4 از کیتین به‌عنوان منبع کربن استفاده می کنند. [۲۶] [۲۷] [۱۰]

نیتروژن

هیچ شواهد روشنی مبنی بر این‌که اسیدوباکترها در فرآیندهای چرخه ی نیتروژن مانند نیتریفیکاسیون ، نیتروژنزدایی یا تثبیت نیتروژن دخیل باشند، وجود ندارد. [۱۰] با این حال نشان داده شد که Geothrix fermantans قادر به کاهش نیترات بوده و حاوی ژن norB است. [۱۰] ژن NorB در Koribacter verstailis و Solibacter usitatus نیز شناسایی شد. [۲۸] [۱۰] علاوه بر این، وجود ژن nirA در اعضای زیربخش [۱۰] مشاهده شده است. علاوه بر این، تا به امروز، تمام ژنوم ها برای جذب مستقیم آمونیوم از طریق ژن های خانواده ی ناقل کانال آمونیوم توصیف شده اند. ۲۳ [۱۰] اسیدوباکتریوتا می تواند از نیتروژن معدنی و آلی به‌عنوان منابع نیتروژن خود استفاده کند.

فیلوژنی

طبقه‌بندی پذیرفته‌شده در حال حاضر بر اساس فهرست نام های پروکاریوتی با وضعیت نامگذاری [۲۹] و فیلوژنی بر اساس توالی های 16S rRNA است. [۳۰]

 
 
Acidobacteriota
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

"Acidobacteriia"

 
 

Blastocatellia

 
 
 

Class 1-2

 
 
 
 

Class 6-1

 
 

Class 1-3

 
 
 
 
 

Class 6-2

 
 

Class 1-4

 
 
 
 

Vicinamibacteria

 
 
 

Class 1-6

 
 
 

Holophagae

 
 
 

Class 1-10

 
 
 

Class 4-1

 
 
 

Thermoanaerobaculia

 
 
 

Class 4-3

 
 
 

Class 1-11

 
 
 
 

"Candidatus Aminicenantes"

 
 

"Candidatus Fischerbacteria"

 
 
 
 

Nitrospirota (outgroup)

 
 

منابع

  1. ↑ Oren A, Garrity GM (2021). "Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes". Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987.
  2. ↑ "Validation List no. 143". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 62: 1–4. 2012. doi:10.1099/ijs.0.68147-0.
  3. ↑ Oren A, Garrity GM (2021). "Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes". Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987.
  4. ↑ "Validation List no. 143".
  5. ↑ Barns SM; Cain EC; Sommerville L; Kuske CR (2007). "Acidobacteria phylum sequences in uranium-contaminated subsurface sediments greatly expand the known diversity within the phylum". Appl. Environ. Microbiol. 73 (9): 3113–6. doi:10.1128/AEM.02012-06. PMC 1892891. PMID 17337544.
  6. ↑ ۶٫۰ ۶٫۱ ۶٫۲ Quaiser A; Ochsenreiter T; Lanz C (2003). "Acidobacteria form a coherent but highly diverse group within the bacterial domain: evidence from environmental genomics". Mol. Microbiol. 50 (2): 563–75. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03707.x. PMID 14617179. {{cite journal}}: Unknown parameter |displayauthors= ignored (|display-authors= suggested) (help)
  7. ↑ Rappe, M. S.; Giovannoni, S. J. (2003). "The Uncultured Microbial Majority". Annual Review of Microbiology. 57: 369–394. doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. PMID 14527284.
  8. ↑ Tláskal, Vojtěch; Baldrian, Petr (2021-06-17). "Deadwood-Inhabiting Bacteria Show Adaptations to Changing Carbon and Nitrogen Availability During Decomposition". Frontiers in Microbiology. 12: 685303. doi:10.3389/fmicb.2021.685303. ISSN 1664-302X. PMC 8247643. PMID 34220772.
  9. ↑ Dunbar, John; Barns, Susan M.; Ticknor, Lawrence O.; Kuske, Cheryl R. (2002). "Empirical and Theoretical Bacterial Diversity in Four Arizona Soils". Applied and Environmental Microbiology. American Society for Microbiology. 68 (6): 3035–3045. doi:10.1128/AEM.68.6.3035-3045.2002. OCLC 679526952. PMC 123964. PMID 12039765.
  10. ↑ ۱۰٫۰۰ ۱۰٫۰۱ ۱۰٫۰۲ ۱۰٫۰۳ ۱۰٫۰۴ ۱۰٫۰۵ ۱۰٫۰۶ ۱۰٫۰۷ ۱۰٫۰۸ ۱۰٫۰۹ ۱۰٫۱۰ ۱۰٫۱۱ ۱۰٫۱۲ Kielak, Anna M.; Barreto, Cristine C.; Kowalchuk, George A.; van Veen, Johannes A.; Kuramae, Eiko E. (2016-05-31). "The Ecology of Acidobacteria: Moving beyond Genes and Genomes". Frontiers in Microbiology. 7: 744. doi:10.3389/fmicb.2016.00744. ISSN 1664-302X. PMC 4885859. PMID 27303369. خطای یادکرد: برچسب <ref> نامعتبر؛ نام «:022» چندین بار با محتوای متفاوت تعریف شده است. (صفحهٔ راهنما را مطالعه کنید.).
  11. ↑ Jones, Ryan T; Robeson, Michael S; Lauber, Christian L; Hamady, Micah; Knight, Rob; Fierer, Noah (2009-01-08). "A comprehensive survey of soil acidobacterial diversity using pyrosequencing and clone library analyses". The ISME Journal. 3 (4): 442–453. doi:10.1038/ismej.2008.127. ISSN 1751-7362. PMC 2997719. PMID 19129864.
  12. ↑ Fierer, Noah; Bradford, Mark A.; Jackson, Robert B. (June 2007). "Toward an Ecological Classification of Soil Bacteria". Ecology. 88 (6): 1354–1364. doi:10.1890/05-1839. ISSN 0012-9658. PMID 17601128.
  13. ↑ Kuske CR; Barns SM; Busch JD (1 September 1997). "Diverse uncultivated bacterial groups from soils of the arid southwestern United States that are present in many geographic regions". Appl. Environ. Microbiol. 63 (9): 3614–21. doi:10.1128/AEM.63.9.3614-3621.1997. PMC 168668. PMID 9293013.
  14. ↑ Liesack, Werner; Bak, Friedhelm; Kreft, Jan-Ulrich; Stackebrandt, E. (30 June 1994). "Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., a new, homoacetogenic bacterium degrading methoxylated aromatic compounds". Archives of Microbiology. 162 (1–2): 85–90. doi:10.1007/BF00264378. PMID 8085918.
  15. ↑ ۱۵٫۰ ۱۵٫۱ Coates, J. D.; Ellis, D. J.; Gaw, C. V.; Lovley, D. R. (1 October 1999). "Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe(III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contaminated aquifer". International Journal of Systematic Bacteriology. 49 (4): 1615–1622. doi:10.1099/00207713-49-4-1615. PMID 10555343.
  16. ↑ Fukunaga, Y; Kurahashi, M; Yanagi, K; Yokota, A; Harayama, S (November 2008). "Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium isolated from a chiton, and description of Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holophagales ord. nov. and Holophagae classis nov. in the phylum 'Acidobacteria'". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 58 (Pt 11): 2597–2601. doi:10.1099/ijs.0.65589-0. PMID 18984699.
  17. ↑ Kulichevskaya, IS; Suzina, NE; Liesack, W; Dedysh, SN (February 2010). "Bryobacter aggregatus gen. nov., sp. nov., a peat-inhabiting, aerobic chemo-organotroph from subdivision 3 of the Acidobacteria". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 60 (Pt 2): 301–6. doi:10.1099/ijs.0.013250-0. PMID 19651730.
  18. ↑ Eichorst SA; Breznak JA; Schmidt TM (2007). "Isolation and characterization of soil bacteria that define Terriglobus gen. nov., in the phylum Acidobacteria". Appl. Environ. Microbiol. 73 (8): 2708–17. doi:10.1128/AEM.02140-06. PMC 1855589. PMID 17293520.
  19. ↑ Janssen, P. H. (2006-03-01). "Identifying the Dominant Soil Bacterial Taxa in Libraries of 16S rRNA and 16S rRNA Genes". Applied and Environmental Microbiology. 72 (3): 1719–1728. doi:10.1128/aem.72.3.1719-1728.2006. ISSN 0099-2240. PMC 1393246. PMID 16517615.
  20. ↑ Salter, Susannah J.; Cox, Michael J.; Turek, Elena M.; Calus, Szymon T.; Cookson, William O.; Moffatt, Miriam F.; Turner, Paul; Parkhill, Julian; Loman, Nicholas J. (2014-01-01). "Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses". BMC Biology. 12: 87. doi:10.1186/s12915-014-0087-z. ISSN 1741-7007. PMC 4228153. PMID 25387460.
  21. ↑ Sait, M.; Davis, K. E. R.; Janssen, P. H. (2006-03-01). "Effect of pH on Isolation and Distribution of Members of Subdivision 1 of the Phylum Acidobacteria Occurring in Soil". Applied and Environmental Microbiology. 72 (3): 1852–1857. doi:10.1128/aem.72.3.1852-1857.2006. ISSN 0099-2240. PMC 1393200. PMID 16517631.
  22. ↑ Kleinsteuber, Sabine; Müller, Frank-Dietrich; Chatzinotas, Antonis; Wendt-Potthoff, Katrin; Harms, Hauke (January 2008). "Diversity and in situ quantification of Acidobacteria subdivision 1 in an acidic mining lake". FEMS Microbiology Ecology. 63 (1): 107–117. doi:10.1111/j.1574-6941.2007.00402.x. ISSN 0168-6496. PMID 18028401.
  23. ↑ Losey, N. A.; Stevenson, B. S.; Busse, H.-J.; Damste, J. S. S.; Rijpstra, W. I. C.; Rudd, S.; Lawson, P. A. (2013-06-14). "Thermoanaerobaculum aquaticum gen. nov., sp. nov., the first cultivated member of Acidobacteria subdivision 23, isolated from a hot spring". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 63 (Pt 11): 4149–4157. doi:10.1099/ijs.0.051425-0. ISSN 1466-5026. PMID 23771620.
  24. ↑ خطای یادکرد: خطای یادکرد:برچسب <ref>‎ غیرمجاز؛ متنی برای یادکردهای با نام :03 وارد نشده است. (صفحهٔ راهنما را مطالعه کنید.).
  25. ↑ Li, Zijie; Gao, Yahui; Nakanishi, Hideki; Gao, Xiaodong; Cai, Li (2013-11-12). "Biosynthesis of rare hexoses using microorganisms and related enzymes". Beilstein Journal of Organic Chemistry. 9: 2434–2445. doi:10.3762/bjoc.9.281. ISSN 1860-5397. PMC 3869271. PMID 24367410.
  26. ↑ Huber, K. J.; Wust, P. K.; Rohde, M.; Overmann, J.; Foesel, B. U. (2014-02-26). "Aridibacter famidurans gen. nov., sp. nov. and Aridibacter kavangonensis sp. nov., two novel members of subdivision 4 of the Acidobacteria isolated from semiarid savannah soil". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 64 (Pt 6): 1866–1875. doi:10.1099/ijs.0.060236-0. ISSN 1466-5026. PMID 24573163. {{cite journal}}: |hdl-access= requires |hdl= (help)
  27. ↑ Foesel, Bärbel U.; Rohde, Manfred; Overmann, Jörg (March 2013). "Blastocatella fastidiosa gen. nov., sp. nov., isolated from semiarid savanna soil – The first described species of Acidobacteria subdivision 4". Systematic and Applied Microbiology. 36 (2): 82–89. doi:10.1016/j.syapm.2012.11.002. ISSN 0723-2020. PMID 23266188.
  28. ↑ Coates, J. D.; Ellis, D. J.; Gaw, C. V.; Lovley, D. R. (1999-10-01). "Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe(III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contaminated aquifer". International Journal of Systematic Bacteriology. 49 (4): 1615–1622. doi:10.1099/00207713-49-4-1615. ISSN 0020-7713. PMID 10555343.
  29. ↑ Euzéby JP, Parte AC.
  30. ↑ Dedysh SN, Yilmaz P. (2018). "Refining the taxonomic structure of the phylum Acidobacteria". Int J Syst Evol Microbiol. 68: 3796–3806. doi:10.1099/ijsem.0.003062. PMID 30325293.

لینک های خارجی

برگرفته از «https://fa.wikipedia.org/w/index.php?title=اسیدوباکتریوتا&oldid=35350297»