سپاه هسته‌ای پس از حادثه نطنز که به دلیل ناهماهنگی بین لایه‌های امنیت ایران رخ داد تشکیل شده‌است. حفاظت داخلی تأسیسات هسته‌ای ایران برعهده حفاظت سازمان انرژی اتمی، محافظت بیرون آنها بر عهده سازمان پدافند غیر عامل کشور و مسئول پدافند هوایی این مراکز را نیروی هوافضای سپاه بر عهده دارند. همچنین سازمان انرژی اتمی یک قرارگاه دفاع سایبری هم دارد.[۲]
