KDM5D

KDM5D
ساختارهای موجود
PDB	جستجوی هم‌ساخت‌شناسی: PDBe RCSB
فهرست شناسه‌های PDB
	2E6R, 2YQE
معین‌کننده‌ها
نام‌های دیگر	KDM5D, HY, HYA, JARID1D, SMCY, lysine demethylase 5D
شناسه‌های بیرونی	OMIM: 426000 MGI: 99780 HomoloGene: 55838 GeneCards: KDM5D
موقعیت ژن (انسان)
کروموزوم	کروموزوم Y (انسان)
پایان	19,744,939 bp
موقعیت ژن (موش)
کروموزوم	کروموزوم Y (موش)
پایان	956,786 bp
الگوی گسترش RNA
	More reference expression data
هستی‌شناسی ژن
عملکرد ملکولی	• histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity; • DNA binding; • oxidoreductase activity; • dioxygenase activity; • metal ion binding; • histone demethylase activity; • androgen receptor binding; • GO:0001948، GO:0016582 پیوند پروتئینی; • GO:0001200، GO:0001133، GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0001078، GO:0001214، GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific; • chromatin binding; • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity; • methylated histone binding;
ترکیبات سلولی	• هسته یاخته; • نوکلئوپلاسم; • fibrillar center; • cellular component; • histone methyltransferase complex;
فرایند زیستی	• histone H3-K4 demethylation; • T cell antigen processing and presentation; • transcription, DNA-templated; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • regulation of androgen receptor signaling pathway; • GO:0031497، GO:0006336، GO:0034724، GO:0001301، GO:0007580، GO:0034652، GO:0010847 chromatin organization; • GO:0044324، GO:0003256، GO:1901213، GO:0046019، GO:0046020، GO:1900094، GO:0061216، GO:0060994، GO:1902064، GO:0003258، GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II; • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific; • chromatin remodeling;
	منابع: آمیگو / کوئیک‌گو
هم‌ساخت‌شناسی
	8284
	20592
	ENSG00000012817
	ENSMUSG00000056673
	Q9BY66
	Q62240
	NM_001146706، NM_004653، XM_005262560، XM_005262561، XM_011531468، XR_244571، XR_430568، XR_001756009، XR_001756010، XR_001756011، XR_001756012، XR_001756013، XM_024452495، XM_024452496، XR_002958832، XR_002958833، XR_002958834، XR_002958835، XR_002958836، XR_002958837 NM_001146705، NM_001146706، NM_004653، XM_005262560، XM_005262561، XM_011531468، XR_244571، XR_430568، XR_001756009، XR_001756010، XR_001756011، XR_001756012، XR_001756013، XM_024452495، XM_024452496، XR_002958832، XR_002958833، XR_002958834، XR_002958835، XR_002958836، XR_002958837
	XM_006531578، XM_011248580، XM_017318684، XM_030251562، XR_003953250، XM_036162187 NM_011419، XM_006531578، XM_011248580، XM_017318684، XM_030251562، XR_003953250، XM_036162187
	NP_001140178، NP_004644، XP_005262617، XP_005262618، XP_011529770، XP_024308263، XP_024308264 NP_001140177، NP_001140178، NP_004644، XP_005262617، XP_005262618، XP_011529770، XP_024308263، XP_024308264
	XP_006531641، XP_011246882، XP_017174173، XP_030107422، XP_036018080 NP_035549، XP_006531641، XP_011246882، XP_017174173، XP_030107422، XP_036018080
	ویکی‌داده
مشاهده/ویرایش انسان	مشاهده/ویرایش موش

دمتیلاز 5D مختص به لیزین (انگلیسی: Lysine-specific demethylase 5D) یک آنزیم است که در انسان توسط ژن «KDM5D» کُدگذاری می‌شود.^[۵]^[۶]^[۷]

این آنزیم متعلق به خانوادهٔ بزرگ «هیدروکسیلازهای وابسته به آلفا-کتوگلوتارات» و حاوی دومین پروتئینی زینک فینگر (انگشت روی) است.

منابع[ویرایش]

↑ ^۱٫۰ ^۱٫۱ ^۱٫۲ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000012817 - Ensembl, May 2017
↑ ^۲٫۰ ^۲٫۱ ^۲٫۲ GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000056673 - Ensembl, May 2017
↑ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
↑ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
↑ Froggatt P (Feb 1977). "The foundation of the "Inst" medical department and its association with the Belfast Fever Hospital". The Ulster Medical Journal. 45 (2): 107–45. PMC 2385577. PMID 795123.
↑ Kent-First MG, Maffitt M, Muallem A, Brisco P, Shultz J, Ekenberg S, Agulnik AI, Agulnik I, Shramm D, Bavister B, Abdul-Mawgood A, VandeBerg J (October 1996). "Gene sequence and evolutionary conservation of human SMCY". Nature Genetics. 14 (2): 128–9. doi:10.1038/ng1096-128. PMID 8841177.
↑ "Entrez Gene: JARID1D jumonji, AT rich interactive domain 1D".

مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا. «KDM5D». در دانشنامهٔ ویکی‌پدیای انگلیسی، بازبینی‌شده در ۴ مارس ۲۰۱۹.

برای مطالعهٔ بیشتر[ویرایش]

Simpson E, Scott D, Chandler P (1997). "The male-specific histocompatibility antigen, H-Y: a history of transplantation, immune response genes, sex determination and expression cloning". Annual Review of Immunology. 15: 39–61. doi:10.1146/annurev.immunol.15.1.39. PMID 9143681.
Wolf U (1998). "The serologically detected H-Y antigen revisited". Cytogenetics and Cell Genetics. 80 (1–4): 232–5. doi:10.1159/000014986. PMID 9678364.
Agulnik AI, Mitchell MJ, Lerner JL, Woods DR, Bishop CE (June 1994). "A mouse Y chromosome gene encoded by a region essential for spermatogenesis and expression of male-specific minor histocompatibility antigens". Human Molecular Genetics. 3 (6): 873–8. doi:10.1093/hmg/3.6.873. PMID 7524912.
Wang W, Meadows LR, den Haan JM, Sherman NE, Chen Y, Blokland E, Shabanowitz J, Agulnik AI, Hendrickson RC, Bishop CE (September 1995). "Human H-Y: a male-specific histocompatibility antigen derived from the SMCY protein". Science. 269 (5230): 1588–90. doi:10.1126/science.7667640. PMID 7667640.
Nagase T, Seki N, Ishikawa K, Ohira M, Kawarabayasi Y, Ohara O, Tanaka A, Kotani H, Miyajima N, Nomura N (October 1996). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. VI. The coding sequences of 80 new genes (KIAA0201-KIAA0280) deduced by analysis of cDNA clones from cell line KG-1 and brain". DNA Research. 3 (5): 321–9, 341–54. doi:10.1093/dnares/3.5.321. PMID 9039502.
Agulnik AI, Bishop CE, Lerner JL, Agulnik SI, Solovyev VV (February 1997). "Analysis of mutation rates in the SMCY/SMCX genes shows that mammalian evolution is male driven". Mammalian Genome. 8 (2): 134–8. doi:10.1007/s003359900372. PMID 9060413.
Rufer N, Wolpert E, Helg C, Tiercy JM, Gratwohl A, Chapuis B, Jeannet M, Goulmy E, Roosnek E (October 1998). "HA-1 and the SMCY-derived peptide FIDSYICQV (H-Y) are immunodominant minor histocompatibility antigens after bone marrow transplantation". Transplantation. 66 (7): 910–6. doi:10.1097/00007890-199810150-00016. PMID 9798702.
Lau YF, Zhang J (April 2000). "Expression analysis of thirty one Y chromosome genes in human prostate cancer". Molecular Carcinogenesis. 27 (4): 308–21. doi:10.1002/(SICI)1098-2744(200004)27:4<308::AID-MC9>3.0.CO;2-R. PMID 10747295.
Shen P, Wang F, Underhill PA, Franco C, Yang WH, Roxas A, Sung R, Lin AA, Hyman RW, Vollrath D, Davis RW, Cavalli-Sforza LL, Oefner PJ (June 2000). "Population genetic implications from sequence variation in four Y chromosome genes". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97 (13): 7354–9. doi:10.1073/pnas.97.13.7354. PMC 16549. PMID 10861003.
Skaletsky H, Kuroda-Kawaguchi T, Minx PJ, Cordum HS, Hillier L, Brown LG, Repping S, Pyntikova T, Ali J, Bieri T, Chinwalla A, Delehaunty A, Delehaunty K, Du H, Fewell G, Fulton L, Fulton R, Graves T, Hou SF, Latrielle P, Leonard S, Mardis E, Maupin R, McPherson J, Miner T, Nash W, Nguyen C, Ozersky P, Pepin K, Rock S, Rohlfing T, Scott K, Schultz B, Strong C, Tin-Wollam A, Yang SP, Waterston RH, Wilson RK, Rozen S, Page DC (June 2003). "The male-specific region of the human Y chromosome is a mosaic of discrete sequence classes". Nature. 423 (6942): 825–37. doi:10.1038/nature01722. PMID 12815422.
Agate RJ, Choe M, Arnold AP (February 2004). "Sex differences in structure and expression of the sex chromosome genes CHD1Z and CHD1W in zebra finches". Molecular Biology and Evolution. 21 (2): 384–96. doi:10.1093/molbev/msh027. PMID 14660691.
Miklos DB, Kim HT, Miller KH, Guo L, Zorn E, Lee SJ, Hochberg EP, Wu CJ, Alyea EP, Cutler C, Ho V, Soiffer RJ, Antin JH, Ritz J (April 2005). "Antibody responses to H-Y minor histocompatibility antigens correlate with chronic graft-versus-host disease and disease remission". Blood. 105 (7): 2973–8. doi:10.1182/blood-2004-09-3660. PMC 1350982. PMID 15613541.
Piper KP, McLarnon A, Arrazi J, Horlock C, Ainsworth J, Kilby MD, Martin WL, Moss PA (January 2007). "Functional HY-specific CD8+ T cells are found in a high proportion of women following pregnancy with a male fetus". Biology of Reproduction. 76 (1): 96–101. doi:10.1095/biolreprod.106.055426. PMID 16988213.
Iwase S, Lan F, Bayliss P, de la Torre-Ubieta L, Huarte M, Qi HH, Whetstine JR, Bonni A, Roberts TM, Shi Y (March 2007). "The X-linked mental retardation gene SMCX/JARID1C defines a family of histone H3 lysine 4 demethylases". Cell. 128 (6): 1077–88. doi:10.1016/j.cell.2007.02.017. PMID 17320160.
Lee MG, Norman J, Shilatifard A, Shiekhattar R (March 2007). "Physical and functional association of a trimethyl H3K4 demethylase and Ring6a/MBLR, a polycomb-like protein". Cell. 128 (5): 877–87. doi:10.1016/j.cell.2007.02.004. PMID 17320162.

پیوند به بیرون[ویرایش]

JARID1D protein, human در سرعنوان‌های موضوعی پزشکی (MeSH) در کتابخانهٔ ملی پزشکی ایالات متحدهٔ آمریکا

این یک مقالهٔ خرد زیست‌شناسی مولکولی است. می‌توانید با گسترش آن به ویکی‌پدیا کمک کنید.

[refGRCh38Ensembl-1] ۱٫۰ ^۱٫۱ ^۱٫۲ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000012817 - Ensembl, May 2017

[refGRCm38Ensembl-2] ۲٫۰ ^۲٫۱ ^۲٫۲ GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000056673 - Ensembl, May 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[pmid_795123-5] Froggatt P (Feb 1977). "The foundation of the "Inst" medical department and its association with the Belfast Fever Hospital". The Ulster Medical Journal. 45 (2): 107–45. PMC 2385577. PMID 795123.

[pmid_8841177-6] Kent-First MG, Maffitt M, Muallem A, Brisco P, Shultz J, Ekenberg S, Agulnik AI, Agulnik I, Shramm D, Bavister B, Abdul-Mawgood A, VandeBerg J (October 1996). "Gene sequence and evolutionary conservation of human SMCY". Nature Genetics. 14 (2): 128–9. doi:10.1038/ng1096-128. PMID 8841177.

[entrez-7] "Entrez Gene: JARID1D jumonji, AT rich interactive domain 1D".

[۱]

[۲]

[۳]

[۴]

[۵]

[۶]

[۷]

ن ب و آنزیم‌ها
فعالیت	جایگاه فعال جایگاه اتصال سه‌گانه کاتالیزگر Oxyanion hole Enzyme promiscuity Catalytically perfect enzyme کوآنزیم کوفاکتور کاتالیز آنزیم
قواعد	دگرریختاری Cooperativity بازدارنده آنزیم فعال‌کننده آنزیم
دسته‌بندی	عدد گروه آنزیم ابرخانواده آنزیم خانواده آنزیم فهرست آنزیم‌ها
سینتیک	سینتیک میکائلیس–منتن طرح ادی هوفستی طرح لاینویور برک طرح هانس وولف
انواع	ای‌سی۱ اکسیدوردوکتازها (فهرست) ای‌سی۲ ترانسفرازها (فهرست) ای‌سی۳ هیدرولازها (فهرست) ای‌سی۴ لیازها (فهرست) ای‌سی۵ ایزومرازها (فهرست) ای‌سی۶ لیگازها (فهرست) ای‌سی۷ ترنسلوکازها (فهرست)