فهرست مدل‌های شبیه‌سازی کووید-۱۹

توجه داشته باشید که برخی از برنامه‌های ذکر شده فقط مدل‌ها یا شبیه‌سازهای وبگاهی هستند و برخی از آنها به داده‌های بیدرنگ منابع دیگر اعتماد دارند (یا از آنها استفاده می‌کنند).

مدل‌هایی با بیشترین پشتوانه علمی

لیست فرعی شامل شبیه‌سازهایی است که براساس مدل‌های نظری ساخته شده‌اند. با توجه به تعداد بالای تحقیقات پیش از چاپ ایجاد و راه‌اندازی شده توسط دنیاگیری کوید-۱۹، مخصوصاً مدل‌های جدیدتر فقط باید با موشکافی علمی بیشتری در نظر گرفته شوند.

شبیه‌سازی‌ها و مدل‌ها

• چن و همکاران شبیه‌سازی بر اساس مدل Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP) (فقط به RP ساده شده‌است)
• کوسیم۱۹ - پروفسور لهر، بر اساس مدل SEIRD
• مدل تحرک کووید-۱۹ - استنفورد براساس مدل SEIR
• شبیه‌ساز کووید-۱۹ - دانشکده پزشکی هاروارد بر اساس مدل پویایی سامانه (محفظه‌ای) معتبر
• کووید-۱۹ ساج - سی‌دی‌سی
• کوویدسیم - توسط مارک کوک یو نگ و دیگران.
• کوویدسیم - کالج امپریال لندن، ام‌آرسی مرکز تجزیه و تحلیل بیماری‌های عفونی جهانی و نیل فرگوسن و همکاران.
• کوویدسیم - پروژه تحقیقاتی دانشگاه علمی کاربردی مونیخ، پروفسور کوستر
• کوویدسیم - نوشته شده در متلب توسط Ng و Gui
• CovidSIM.eu - مارتین آیچنر، مارکوس شوهم با حمایت دانشگاه توبینگن و تحت حمایت وزارت آموزش و تحقیقات فدرال آلمان.
• کوویدسیم - اشنایدر و همکاران
• کوورادار - برای نظارت مولکولی پروتئین اسپایک کرونا
• مدل دکتر غفارزادگان
• اونت هوریزون - کووید-۱۹ - اچ‌یو برلین براساس مدل SIR-X
• اِی‌آی تکاملی - «مداخلات غیر دارویی (NPIs) که اِی‌آی با گذشت زمان برای کشورها و مناطق مختلف ایجاد می‌کند، اثر پیش‌بینی شده آنها.»
• مدل آی‌اچ‌ام‌ئی - مؤسسه سنجش و معیارهای سلامت مدل کووید
• OxCGRT - رهگیری پاسخ دولت آکسفورد کووید-۱۹
• اس‌سی-کاسمو - مدل شبیه‌سازی ویروس کرونا استنفورد-SECIR - مدلی از مرکز تحقیقات عفونت هلمهولتز
• سرمایه‌گذاری هوشمند منابع آزمایش آران‌ای ویروس برای بهسازی کاهش اثرکووید-۱۹
• مجموعه اپیدمیولوژی SIAM
• مدل کووید یویانگ چی‌یو

پایگاه‌داده ژنوم

چندین مورد از این مدل‌ها از پایگاه داده‌های ژنوم استفاده می‌کنند، از جمله موارد زیر:

• بانک دادهٔ دی‌ان‌ای ژاپن
• بایگانی نوکلئوتید اروپا
• جیی‌آی‌اس‌ای‌آی‌دی
• نسبت‌دهی تبارشناختی از تبارهای شیوع جهانی نامگذاری شده

کنسرسیوم، خوشه‌های تحقیق، مجموعه‌های دیگر

• لیست سی‌دی‌سی شامل پیش‌بینی و فرضیات - فهرست بزرگ با مدل‌های مختلف و غیره
• CORSMA - کنسرسیوم اتحادیه اروپا (کووید-۱۹-شیوع پاسخ ترکیبی از سلامت الکترونیکی، سرولوژی، مدل‌سازی، هوش مصنوعی و تحقیقات پیاده‌سازی)
• مرکز پیش‌بینی کووید-۱۹ - به عنوان مخزن مرکزی پیش‌بینی‌ها و پیش‌گویی‌های بیش از ۵۰ گروه تحقیقاتی بین‌المللی عمل می‌کند.
• نکس‌اسنرین - پروژه منبع باز برای استفاده از توان علمی و بهداشت عمومی داده‌های ژنوم پاتوژن
  • همچنین به منابع نکس‌استرین سارس-کوو-۲ مراجعه کنید
• اس‌آی‌ام‌آی‌دی - مدل‌های شبیه‌سازی بیماری‌های عفونی - کنسرسیوم تحقیقاتی بلژیک
• آرای‌ام‌پی - کمک سریع در مدل‌سازی موارد دنیاگیری (انگلستان)
• کنسرسیوم مدل‌سازی UT Austin کووید-۱۹

نمایشگرها، مدل‌ها یا پیشخوان‌های واکسیناسیون

• کووید-۱۹ داشبورد - مرکز علوم و مهندسی سیستم‌ها (CSSE) در دانشگاه جان هاپکینز (JHU)
• دیتاهاب کروناویروس جدید ۲۰۱۹ مجموعه‌داده - مجموعه‌دادهٔ کووید-۱۹ بیماری کوروناویروس ۲۰۱۹ (کوید-۱۹) در سری‌های زمانی موارد تأیید شده، مرگ و میر گزارش شده و بهبودی گزارش شده.
• Impfdashboard.de - مانیتور واکسیناسیون آلمان
• شبیه‌سازی کمپین‌واکسیناسیون-کووید ۱۹ - نظارت بر فعالیت واکسیناسیون در آلمان توسط آزمایشگاه Zi Science Science
• پیش‌بینی‌های مؤسسه سنجش و ارزیابی سلامت (IHME) کووید-۱۹
  • همچنین به مدل کووید مؤسسه سنجش و ارزیابی بهداشت مراجعه کنید

مدل‌هایی که پشتوانه علمی کمتری دارند

مدل‌های زیر فقط برای اهداف آموزشی است.

• شبیه‌ساز کووید-۱۹
• کووید۱۹: ۷ مورد برتر - فهرست برگزیده در مدیوم ارسال شده‌است
• github.com/ موضوعات: کووید-۱۹
• شبیه‌ساز آی‌اس‌ئی‌ئی سیستمز کوید-۱۹
• nCoV2019.live - «اعدادی که با یک نگاه سریع به آنها نیاز دارید» توسط شیفمن / کانلون
  • cov19.cc- توسط کانلون
• سیمول۸ - منابع شبیه‌سازی کووید-۱۹
• شبیه‌سازی ویروس کرونا با مدل SIR
• شبیه‌سازی گسترش ویروس

سایر شبیه‌سازی‌ها، مدل‌ها یا منابع داده مرتبط

• (انجمن شیمی آمریکا) جستجوگر نشانگر زیستی کووید-۱۹ سی‌ای‌اس (به انگلیسی: CAS COVID-19 BIOINDICATOR EXPLORER)
• ردیاب داده کووید سی‌دی‌سی
• شرکای جامعه مدنی در همبستگی علیه کووید-۱۹ (CSPAC): گزارش وضعیت کامل، زنده، جهانی، کووید-۱۹ برای ۲۵۱ منطقه و ۷۱ کشتی
• مؤسسه تحقیقات اجتماعی و اقتصادی کرنل (CISER): منابع داده کووید-۱۹
• مدل‌سازی چند فاز اولری - لاگرانژی، به عنوان مثال برای انتقال کووید-۱۹ در آسانسورها بر اساس سی‌اف‌دی
• ویروس کرونا منبع داده دنیای ما درداده
• پروژه رهگیری کووید ۱۹ اقیانوس اطلس
• ودر (به انگلیسی: Vadere) - چارچوبی منبع باز برای شبیه‌سازی عابرپیاده و جمعیت
• داشبورد هو کروناویروس (کووید-۱۹)

یادگیری‌ها و منابع دیگر

• تخصص مدل‌سازی بیماری‌های عفونی - ارائه شده در Coursera توسط کالج امپریال لندن
• معرفی جعبه ابزار شبیه‌سازی و یادگیری ماشین کووید-۱۹ برای پیش‌بینی گسترش کووید-۱۹ - وبلاگ یادگیری ماشین AWS

جستارهای وابسته

• مدل SIR
• شبیه‌سازی رایانه‌ای
• شبیه‌سازی در بهداشت و درمان
• مدل‌سازی ریاضی بیماری عفونی
• زیست‌شناسی محاسباتی
• بیوانفورماتیک

برای مطالعه بیشتر

مقالات

• Adam D (April 2020). "Special report: The simulations driving the world's response to COVID-19". Nature. 580 (7803): 316–318. Bibcode:2020Natur.580..316A. doi:10.1038/d41586-020-01003-6. PMID 32242115. S2CID 214771531.
• Alper J. "WXML 2020 covid-modeling learning guide". Department of Mathematics. Seattle, Washington: University of Washington.
• Fuller J (March 2021). "What are the COVID-19 models modeling (philosophically speaking)?". History and Philosophy of the Life Sciences. 43 (2): 47. doi:10.1007/s40656-021-00407-5. PMC 7994354. PMID 33770267.
• Roberts M, Driggs D, Selby I, Sala E, Schönlieb CB (1 June 2021). "Fighting a Pandemic with Medical Imaging and Machine Learning: Lessons Learned from COVID-19". SIAM News.

کتاب‌ها

• Basavarajaiah D, Murthy BN (2022-04-25). COVID Transmission Modeling: An Insight into Infectious Diseases Mechanism (1 ed.). Boca Raton: Chapman and Hall/CRC. ISBN 978-1-00-320479-4. Retrieved 2022-07-23.
• Prabha S, Karthikeyan P, Kamalanand K, Selvaganesan N (7 July 2021). Computational Modelling and Imaging for SARS-CoV-2 and COVID-19 (1st ed.). CRC Press. doi:10.1201/9781003142584. ISBN 978-1-00-314258-4. S2CID 237802484.
• Azar AT, Hassanien AE, eds. (2022). Modeling, Control and Drug Development for COVID-19 Outbreak Prevention. Studies in Systems, Decision and Control. Vol. 366. Cham: Springer International Publishing. doi:10.1007/978-3-030-72834-2. ISBN 978-3-030-72833-5. S2CID 240429840. Retrieved 2022-07-23.
• Pani SK, Dash S, dos Santos WP, Bukhari SA, Flammini F, eds. (2022). Assessing COVID-19 and Other Pandemics and Epidemics using Computational Modelling and Data Analysis. Cham: Springer International Publishing. doi:10.1007/978-3-030-79753-9. ISBN 978-3-030-79752-2. S2CID 245119014.
• Martcheva, Maia (2015). An Introduction to Mathematical Epidemiology. Texts in Applied Mathematics. Vol. 61. Boston, MA: Springer US. doi:10.1007/978-1-4899-7612-3. ISBN 978-1-4899-7611-6. Retrieved 2022-09-12.
• Li, Michael Y. (2018). An Introduction to Mathematical Modeling of Infectious Diseases. Cham: Springer International Publishing. doi:10.1007/978-3-319-72122-4. ISBN 978-3-319-72121-7. Retrieved 2022-09-12.