پرش به محتوا

طرح لاینویور برک

از ویکی‌پدیا، دانشنامهٔ آزاد
نمونه ای از طرح لاینویور برک.

طرح لاینویور–برک یک نمایش گرافیکی از معادله لاینویور برک از سینتیک آنزیم است که توسط هانس لاین ویور و دین برک در سال ۱۹۳۴ توصیف شده‌است.[۱] نمودار لاینویور برک برای آنزیم‌های مهار شده را می‌توان با هیچ بازدارنده ای مقایسه کرد تا مشخص شود بازدارنده چگونه با آنزیم رقابت می‌کند.[۲]

این نمودار زمانی درست است که سینتیک آنزیم از سینتیک مرتبه دوم ایده‌آل پیروی کند، با این حال برای سیستم‌هایی که رفتار ایده‌آل ندارند، رگرسیون غیر خطی مورد نیاز است. نمودار متقابل دوتایی ساختار خطای داده‌ها را تحریف می‌کند و بنابراین دقیق‌ترین ابزار برای تعیین پارامترهای جنبشی آنزیم نیست.[۳] رگرسیون غیر خطی یا اشکال خطی جایگزین معادله میکایلیس-منتن مانند نمودار هانس وولف یا نمودار ادی-هوفستی معمولاً برای محاسبه پارامترها استفاده می‌شود.[۴]

تعاریف برای تفسیر طرح

[ویرایش]

[S]: غلظت سوبسترا. محور مستقل نمودار لاینویور برک متقابل غلظت بستر است.[۵]

V 0 یا V: سرعت اولیه واکنش مهار شده توسط آنزیم. محور وابسته نمودار لاینویور برک متقابل سرعت است.

V max: حداکثر سرعت واکنش. قطع y نمودار لاینویور برک متقابل حداکثر سرعت است.[۶]

KM: میل ترکیبی ثابت یا آنزیمی مایکلیس-منتن. هر چه K M کمتر باشد، میل ترکیبی بیشتر است. از نظر گرافیکی فاصله x خط -1/K M است.

K cat: تعداد گردش یا واکنش‌ها در واحد زمان. هر چه Kcat کمتر باشد واکنش کندتر است. K cat =V max /[آنزیم]. از نظر گرافیکی این را می‌توان با مشاهده V max ارزیابی کرد.[۷]

بازده کاتالیزوری = K cat /K M. یک کاتالیزور سریع و میل ترکیبی بالا بهترین بازده کاتالیزوری را به همراه دارد.

جایی که غلظت مهار و ثابت بازدارنده است. آلفا درجه ای را تعیین می‌کند که اتصال یک بازدارنده بر سینتیک آنزیم یک بستر تأثیر می‌گذارد، همیشه دارای ارزش مثبت است.

محاسبه

[ویرایش]

نمودار یک روش گرافیکی بسیار مفید برای تجزیه و تحلیل معادله سینتیک میکائلیس–منتن ارائه می‌دهد، زیرا تعیین دقیق V max یک واکنش کاتالیز شده توسط آنزیم دشوار است:

گرفتن متقابل به ما می‌دهد:

نمودار لاینویور برک 1/[S] را در محور x و 1/V را در محور y قرار می‌دهد.[۸]

کاربردها

[ویرایش]
بازداری آنزیم با استفاده از لاینویور برک نمایش داده می‌شود (نقشه‌های متقابل دوگانه)

هنگامی که برای تعیین نوع مهار آنزیم استفاده می‌شود، نمودارلاینویور برک می‌تواند بازدارنده‌های رقابتی، خالص غیررقابتی و غیررقابتی را تشخیص دهد. حالت‌های مختلف بازداری را می‌توان با واکنش مهار نشده مقایسه کرد.

مشکلات

[ویرایش]

در حالی که لاینویور برک برای تعیین متغیرهای مهم در سینتیک آنزیم مفید است، مستعد خطا است. محور y نمودار متقابل سرعت واکنش را می‌گیرد، به این معنی که خطاهای کوچک در اندازه‌گیری بیشتر قابل توجه است.[۹] علاوه بر این، به این دلیل که اکثر نقاط در نمودار در سمت راست محور y یافت می‌شوند. محسابه مقادیر بزرگ [S] (و از این رو مقادیر کوچک برای 1/[S] در نمودار) اغلب به دلیل حلالیت محدود امکان‌پذیر نیست.[۹]

جستارهای وابسته

[ویرایش]

منابع

[ویرایش]
  1. Lineweaver, Hans; Burk, Dean (March 1934). "The Determination of Enzyme Dissociation Constants". Journal of the American Chemical Society (به انگلیسی). 56 (3): 658–666. doi:10.1021/ja01318a036. ISSN 0002-7863.
  2. Ahern, Rajagopal (2013). "Biochemistry Free and Easy". Biochemistry and Molecular Biology Education. 45 (1): 90–110. doi:10.1002/bmb.20979. ISSN 1470-8175. PMID 27228905.
  3. Srinivasan, Bharath (18 March 2021). "Explicit Treatment of Non‐Michaelis‐Menten and Atypical Kinetics in Early Drug Discovery**". ChemMedChem. 16 (6): 899–918. doi:10.1002/cmdc.202000791. PMID 33231926.
  4. Greco, W. R.; Hakala, M. T. (1979-12-10). "Evaluation of methods for estimating the dissociation constant of tight binding enzyme inhibitors". The Journal of Biological Chemistry. 254 (23): 12104–12109. doi:10.1016/S0021-9258(19)86435-9. ISSN 0021-9258. PMID 500698.
  5. Ahern, Rajagopal (2013). "Biochemistry Free and Easy". Biochemistry and Molecular Biology Education. 45 (1): 90–110. doi:10.1002/bmb.20979. ISSN 1470-8175. PMID 27228905.
  6. Ahern, Rajagopal (2013). "Biochemistry Free and Easy". Biochemistry and Molecular Biology Education. 45 (1): 90–110. doi:10.1002/bmb.20979. ISSN 1470-8175. PMID 27228905.
  7. Ahern, Rajagopal (2013). "Biochemistry Free and Easy". Biochemistry and Molecular Biology Education. 45 (1): 90–110. doi:10.1002/bmb.20979. ISSN 1470-8175. PMID 27228905.
  8. Christensen, Siegfried B.; DeWolf, Walter E.; Ryan, M. Dominic; Torphy, Theodore J. (1996-01-01), Schudt, Christian; Dent, Gordon; Rabe, Klaus F. (eds.), "13 - Molecular Aspects of Inhibitor Interaction with PDE4", Phosphodiesterase Inhibitors, Handbook of Immunopharmacology (به انگلیسی), San Diego: Academic Press: 185–207, doi:10.1016/b978-012210720-7/50015-0, ISBN 978-0-12-210720-7, retrieved 2020-12-15
  9. ۹٫۰ ۹٫۱ Dowd, John E.; Riggs, Douglas S. (February 1965). "A Comparison of Estimates of Michaelis-Menten Kinetic Constants from Various Linear Transformations". Journal of Biological Chemistry. 240 (2): 863–869. doi:10.1016/s0021-9258(17)45254-9. ISSN 0021-9258.

پیوند به بیرون

[ویرایش]
  • NIH guide, enzyme assay development and analysis