قالب خواندن باز
در ژنتیک مولکولی، یک قالب خواندن باز(ORF) یک توالی از [DNA] است که حاوی کدون خاتمه در قالب داده شده نمیباشد.[۱].
محتویات |
اهمیت [ویرایش]
یکی از کاربردهای قالبهای خواندن باز، پیش بینی ژن است. غالباً از ORFهای طولانی، در کنار سایر شواهد استفاده میشود تا نواحی کدکنندهٔ پروتئین را در یک توالی DNA به طور اولیه و ابتدایی تعیین کنند [۱]. حضور یک ORF لزوماً به این معنی نیست که اصلاً ترجمه نمیشود. به عنوان مثال در یک توالی تصادفیِ DNA که درصد هر یک از نوکلئوتیدها در آن یکسان است، انتظار میرود که هر 21 کدون یکبار یک کدون خاتمه وجود داشته باشد [۱]. یک الگوریتم ساده تر پیش بینی ژن برای پروکاریوتها ممکن است به دنبال کدون آغازینی بگردد که به دنبال یک قالب خواندن باز آمده باشد و این قالب به اندازهٔ کافی طولانی باشد که بتواند یک پروتئین عادی را رمز کند [۱]. یک قالب خواندن باز به تنهایی نمیتواند حضور ژن را نتیجه دهد [۱].
مثال [ویرایش]
اگر توالی پروتئین یک ژنوم بدست آمد (برای مثال، 5'-ATCTAAAATGGGTGCC-3')، با بررسی تمام سه حالت ممکن برای قالبهای خواندن، قالبهای خواندن باز شناسایی شوند. در این مثال دو تا از قالبهای خواندن باز هستند، به این معنی که داری کدون خاتمه نیستند:
- ...A TCT AAA ATG GGT GCC...
- ...AT CTA AAA TGG GTG CC...
- ...ATC TAA AAT GGG TGC C...
کدونهای خاتمهٔ ممکن "TGA"، "TAA" و "TAG" هستند. بنابراین بر خلاف دو قالب خواندن قبلی، آخرین قالب خواندن در این مثال شامل کدون خاتمهٔ (TAA) میباشد.
همچنین ببینید [ویرایش]
- Sequerome - A sequence profiling tool that links each بلاست record to the NCBI ORF enabling complete ORF analysis of a BLAST report.
یادداشت ها [ویرایش]
منابع [ویرایش]
- Deonier, Richard; Simon Tavaré, Michael Waterman (2005). Computational Genome Analysis: an introduction. اشپرینگر ساینس+بیزینس مدیا. ISBN 0387987851.
پیوند به بیرون [ویرایش]
- Translation and Open Reading Frames
- NCBI ORF finder - A web based interactive tool for predicting and analysing ORFs from nucleotide sequences.
- ORF finder - A web based interactive tool for predicting and analysing ORFs from nucleotide sequences - hosted at bioinformatics.org
- hORFeome V5.1 - A web based interactive tool for CCSB Human ORFeome Collection
- ORF Marker - A free, fast and multi-platform desktop GUI tool for predicting and analyzing ORFs
- StarORF - A multi-platform, java based, GUI tool for predicting and analyzing ORFs and obtaining reverse complement sequence
