لوگوی دنباله

از ویکی‌پدیا، دانشنامهٔ آزاد
پرش به: ناوبری، جستجو

در بیوانفورماتیک یک لوگوی دنباله(موتیف توالی) یک نمایش گرافیکی از غلطت مکانی نوکلئوتید هاست در یک رشته از DNA/RNA یا اسید آمینه‌ها.[۱]

ایجاد لوگو یا موتیف[ویرایش]

برای ایجاد لوگوی دنباله DNA، RNA یا رشته پروتئین‌هایی که مکانهای اتصال محافظت شده مشترک دارند به ترتیب تراز می‌شوند به طوری که محافظت شده ترین مکانها یک تراز بندی خوب تشکیل می‌دهند. یک لوگوی دنباله سپس می‌تواند از ترازبندی چندگانه رشته‌های محافظت شده به وجود آید. لوگوی دنباله به خوبی نشان می‌دهد که در هر چقدر محافظت شده‌است: هرچه مقدار محافظت در آن مکان بیشتر باشد (تعداد تغییرات کمتر باشد)، حرف نشان دهنده هم بلند تر خواهد بود. اگر ساکنین آن مکان بسیار متفاوت باشند، اندازه حرف نشان دهنده هر ساکن نشان دهنده فراوانی آن ساکن در آن مکان می‌باشد.

مقدار اطلاعات (بردار Y) در مکان i به این صورت به دست می‌آید:

برای اسید‌های آمینه, R_i = \log_2(20) - (H_i + e_n)
برای اسید نوکلئوتید‌ها , R_i = 2 - (H_i + e_n)

که H_i مقدار غیر قطعی بودن در مکانi نشان می‌دهد

H_i = - \sum f_{a,i} * \log_2 f_{a,i}

در اینجا f_{a,i} یک نسبت فرکانسی از باز یا اسید آمینه a است در مکان i و e_n یک تصحیح نمونه کوچک (small-sample correction) برای ترازبندی n حرف است.

ارتفاع حرف a در ستون i با معادله زیر به دست می‌آید: \text{height} = f_{a,i} * R_i

یک تقریب برای تصحیح نمونه کوچک، e_n، به صورت زیر به دست می‌آید:

e_n = \frac{s-1}{2 * \ln(2) * n}

که s برابر با ۴ است برای نوکلئوتید‌ها و برابر با ۲۰ است برای اسید آمینه‌ها و n تعداد رشته هاست در ترازبندی.

جستارهای وابسته[ویرایش]

منابع[ویرایش]

  1. Schneider TD, Stephens RM (1990). "Sequence Logos: A New Way to Display Consensus Sequences". Nucleic Acids Res 18 (20): 6097–6100. DOI:10.1093/nar/18.20.6097. PMC 332411. PMID 2172928. 

لینک‌های دیگر[ویرایش]

  • How to read sequence logos.
  • MoRAine (A web server for sequence logo generation and computational transcription factor binding motif re-annotation - Publication with full-text access).
  • Erill, I. , "A gentle introduction to information content in transcription factor binding sites", Eprint

نرم افزارهایی برای ساختن لوگوی دنباله[ویرایش]

  • WebLogo Python Code Python Code (BSD license, somewhat difficult to use)
  • MoRAine (Online application with integrated binding site re-annotation)
  • GENIO (Online)
  • CorreLogo An online server for 3D sequence logos of RNA and DNA alignments
  • [۱] MS-Word AddOn Ribbon that allows generation of consensus logos
  • RILogo open source program and web server for creating logos for two interacting RNAs