کاربر:Z Ehyaei/صفحه تمرین: تفاوت میان نسخه‌ها
بدون خلاصۀ ویرایش |
بدون خلاصۀ ویرایش |
||
| خط ۱: | خط ۱: | ||
== فیلودینامیک باکتریایی == |
== فیلودینامیک باکتریایی == |
||
'''فیلودینامیک باکتریایی''' {{انگلیسی|Bacterial phylodynamics}} مطالعه فرآیندهای [[ایمنی‌شناسی]]، [[همه‌گیرشناسی]] و [[فیلوژنتیک]] و نقش آن‌ها در [[درخت تبارزایی|درخت تکامل نژادی]] [[بیماری‌زا|بیماری‌زا]]های باکتریایی می‌باشد. |
'''فیلودینامیک باکتریایی''' {{انگلیسی|Bacterial phylodynamics}} مطالعه فرآیندهای [[ایمنی‌شناسی]]، [[همه‌گیرشناسی]] و [[فیلوژنتیک]] و نقش آن‌ها در [[درخت تبارزایی|درخت تکامل نژادی]] [[بیماری‌زا|بیماری‌زا]]های باکتریایی می‌باشد.<ref>{{Cite journal|last=Volz|first=Erik M.|last2=Koelle|first2=Katia|last3=Bedford|first3=Trevor|date=2013-03-21|title=Viral Phylodynamics|journal=PLOS Computational Biology|volume=9|issue=3|pages=e1002947|doi=10.1371/journal.pcbi.1002947|issn=1553-7358|pmc=3605911|pmid=23555203}}</ref> |
||
فیلودینامیک مطالعه فرآیندهای زیست محیطی، تکاملی و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک برای درک بهتر مکانیسم هایی است که منجر به بروزالگوهای تکاملی در بیماریزاهای باکتریایی می شود. |
فیلودینامیک مطالعه فرآیندهای زیست محیطی، تکاملی و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک برای درک بهتر مکانیسم هایی است که منجر به بروزالگوهای تکاملی در بیماریزاهای باکتریایی می شود. |
||
تجزیه و تحلیل فیلودینامیکی شامل تجزیه و تحلیل [[تنوع ژنتیکی]]، [[انتخاب طبیعی]] و [[پویایی‌شناسی جمعیت]] از منظر تکاملات نژادی بیماری عفونی در طول همه گیری ها و مطالعه تکامل داخل میزبان ویروس ها می‌باشد. |
تجزیه و تحلیل فیلودینامیکی شامل تجزیه و تحلیل [[تنوع ژنتیکی]]، [[انتخاب طبیعی]] و [[پویایی‌شناسی جمعیت]] از منظر تکاملات نژادی بیماری عفونی در طول همه گیری ها و مطالعه تکامل داخل میزبان ویروس ها می‌باشد.<ref name=":1">{{Cite journal|last=Norström|first=Melissa M.|last2=Karlsson|first2=Annika C.|last3=Salemi|first3=Marco|date=2012-04-01|title=Towards a new paradigm linking virus molecular evolution and pathogenesis: experimental design and phylodynamic inference|journal=The New Microbiologica|volume=35|issue=2|pages=101–111|issn=1121-7138|pmid=22707126}}</ref> |
||
فیلودینامیک باکتریایی برای درک بهتر نقش تکاملی بیماریزاهای باکتریایی به بررسی [[چندریختی تک-نوکلئوتید]] [[ژنوم]] درآن‌ها می‌پردازد. |
فیلودینامیک باکتریایی برای درک بهتر نقش تکاملی بیماریزاهای باکتریایی به بررسی [[چندریختی تک-نوکلئوتید]] [[ژنوم]] درآن‌ها می‌پردازد. پیشرفت فناوری در زمینه توالی یابی در 10 سال گذشته، تأثیر گسترده ای در درک ما از فیلودینامیک باکتریایی و ژنومیک داشته است ، و با ادامه روند کاهشی هزینه توالی یابی، این فناوری ها هم در آزمایشگاه های آکادمیک و هم بالینی متداول می شوند. |
||
با این حال مقیاس عظیم داده هایی که طی چند سال آینده توسط دستگاه های توالی یابی تولید می شوند، مشکلات بسیاری نیز به وجود می آورند. صرفاً ذخیره اطلاعات به بانکهای عظیمی از [[درایو دیسک سخت|درایو های دیسک سخت]] رایانه ای ، همراه با سیستمهای خنک کننده گران و راه حل های نرم افزاری نیاز دارد. همچنین، با افزایش اندازه پایگاه داده ها ، روش های تجزیه و تحلیل نیز باید انطباق پیدا کنند. در حال حاضر حتی بزرگترین تجزیه و تحلیل ها شامل صدها یا چند هزار نمونه است. این افزایش توالی ژنوم هانیاز به نوآوری در ذخیره داده ها ، دسترسی و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک نیز دارد.<ref>Olson, P., Hughes, J., & Cotton, J. (Eds.). (2016). Next Generation Systematics (Systematics Association Special Volume Series). Cambridge: Cambridge University Press. doi:10.1017/CBO9781139236355</ref> |
|||
== روش‌ها == |
== روش‌ها == |
||
مطالعات می‌توانند برای بررسی تعاملات درون یک میزبان و یا بین میزبان‌ها طراحی شوند. مطالعات در فیلودینامیک باکتریایی معمولا بر روی تعامل بین نمونه های بسیاری از میزبانهای مختلف در یک موقعیت جغرافیایی خاص یا چندین مکان جغرافیایی مختلف متمرکز است. از نکات بسیار مهم هنگام نمونه‌گیری از جمعیت و تفسیر نتایج مطالعات مربوط به نمونه‌گیری، استراتژی نمونه گیری می‌باشد که شامل مورادی همچون تعداد نقاط زمان نمونه برداری ، فاصله نمونه برداری و تعداد توالی در هر نقطه زمان می‌باشد. |
مطالعات می‌توانند برای بررسی تعاملات درون یک میزبان و یا بین میزبان‌ها طراحی شوند. مطالعات در فیلودینامیک باکتریایی معمولا بر روی تعامل بین نمونه های بسیاری از میزبانهای مختلف در یک موقعیت جغرافیایی خاص یا چندین مکان جغرافیایی مختلف متمرکز است. از نکات بسیار مهم هنگام نمونه‌گیری از جمعیت و تفسیر نتایج مطالعات مربوط به نمونه‌گیری، استراتژی نمونه گیری می‌باشد که شامل مورادی همچون تعداد نقاط زمان نمونه برداری ، فاصله نمونه برداری و تعداد توالی در هر نقطه زمان می‌باشد. |
||
=== تولید داده ها=== |
|||
==== تنظیمات آزمایشگاهی ==== |
|||
==== هم تراز سازی ==== |
|||
==== کنترل کیفیت ==== |
|||
=== تحلیل داده ها === |
|||
==== مدل تکاملی ==== |
|||
==== استنتاج فیلوژنی ==== |
|||
=== آزمون فرضیه === |
|||
==== ارزیابی ==== |
|||
==== استنباط فیلودینامیک ==== |
|||
نسخهٔ ۴ ژوئن ۲۰۲۰، ساعت ۱۹:۰۴
فیلودینامیک باکتریایی
فیلودینامیک باکتریایی (به انگلیسی: Bacterial phylodynamics) مطالعه فرآیندهای ایمنی‌شناسی، همه‌گیرشناسی و فیلوژنتیک و نقش آن‌ها در درخت تکامل نژادی بیماریزاهای باکتریایی می‌باشد.[۱] فیلودینامیک مطالعه فرآیندهای زیست محیطی، تکاملی و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک برای درک بهتر مکانیسم هایی است که منجر به بروزالگوهای تکاملی در بیماریزاهای باکتریایی می شود. تجزیه و تحلیل فیلودینامیکی شامل تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی، انتخاب طبیعی و پویایی‌شناسی جمعیت از منظر تکاملات نژادی بیماری عفونی در طول همه گیری ها و مطالعه تکامل داخل میزبان ویروس ها می‌باشد.[۲] فیلودینامیک باکتریایی برای درک بهتر نقش تکاملی بیماریزاهای باکتریایی به بررسی چندریختی تک-نوکلئوتید ژنوم درآن‌ها می‌پردازد. پیشرفت فناوری در زمینه توالی یابی در 10 سال گذشته، تأثیر گسترده ای در درک ما از فیلودینامیک باکتریایی و ژنومیک داشته است ، و با ادامه روند کاهشی هزینه توالی یابی، این فناوری ها هم در آزمایشگاه های آکادمیک و هم بالینی متداول می شوند. با این حال مقیاس عظیم داده هایی که طی چند سال آینده توسط دستگاه های توالی یابی تولید می شوند، مشکلات بسیاری نیز به وجود می آورند. صرفاً ذخیره اطلاعات به بانکهای عظیمی از درایو های دیسک سخت رایانه ای ، همراه با سیستمهای خنک کننده گران و راه حل های نرم افزاری نیاز دارد. همچنین، با افزایش اندازه پایگاه داده ها ، روش های تجزیه و تحلیل نیز باید انطباق پیدا کنند. در حال حاضر حتی بزرگترین تجزیه و تحلیل ها شامل صدها یا چند هزار نمونه است. این افزایش توالی ژنوم هانیاز به نوآوری در ذخیره داده ها ، دسترسی و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک نیز دارد.[۳]
روش‌ها
مطالعات می‌توانند برای بررسی تعاملات درون یک میزبان و یا بین میزبان‌ها طراحی شوند. مطالعات در فیلودینامیک باکتریایی معمولا بر روی تعامل بین نمونه های بسیاری از میزبانهای مختلف در یک موقعیت جغرافیایی خاص یا چندین مکان جغرافیایی مختلف متمرکز است. از نکات بسیار مهم هنگام نمونه‌گیری از جمعیت و تفسیر نتایج مطالعات مربوط به نمونه‌گیری، استراتژی نمونه گیری می‌باشد که شامل مورادی همچون تعداد نقاط زمان نمونه برداری ، فاصله نمونه برداری و تعداد توالی در هر نقطه زمان می‌باشد.
تولید داده ها
تنظیمات آزمایشگاهی
هم تراز سازی
کنترل کیفیت
تحلیل داده ها
مدل تکاملی
استنتاج فیلوژنی
آزمون فرضیه
ارزیابی
استنباط فیلودینامیک
جستارهای وابسته
منابع
- ↑ Volz, Erik M.; Koelle, Katia; Bedford, Trevor (2013-03-21). "Viral Phylodynamics". PLOS Computational Biology. 9 (3): e1002947. doi:10.1371/journal.pcbi.1002947. ISSN 1553-7358. PMC 3605911. PMID 23555203.
- ↑ Norström, Melissa M.; Karlsson, Annika C.; Salemi, Marco (2012-04-01). "Towards a new paradigm linking virus molecular evolution and pathogenesis: experimental design and phylodynamic inference". The New Microbiologica. 35 (2): 101–111. ISSN 1121-7138. PMID 22707126.
- ↑ Olson, P., Hughes, J., & Cotton, J. (Eds.). (2016). Next Generation Systematics (Systematics Association Special Volume Series). Cambridge: Cambridge University Press. doi:10.1017/CBO9781139236355