آثاری که منتشر کرد مشتمل است بر گاه‌شماری کتیبه‌های ترکی قدیم (۱۸۹۸)، ایرانشهر (۱۹۰۱)، تحقیقات در تاریخ اران (۲ جلد، ۱۸۹۶–۱۹۰۵)، و ویهروت و آرانگ: تحقیق در جغرافیای اساطیری و تاریخی ایران شرقی که پس از مرگش (۱۹۳۸) منتشر شد.
مجموعه‌ای از گفتاوردهای مربوط به یوزف مارکوارت در ویکی‌گفتاورد موجود است.
