مسجد کوتا کینابالو مسجدی در شهر کوتا کینابالو، ایالت صباح، مالزی است. این مسجد که دومین مسجد بزرگ کشور مالزی است در سال ۱۹۸۹ شروع به ساخت شده و در تاریخ ۲ فوریه ۲۰۰۰ میلادی به صورت رسمی به بهره‌برداری رسیده است. ساخت مسجد ۳۴ میلیون رینگیت هزینه در برداشت. ساختار معماری مسجد بر پایهٔ مسجد النبی طراحی شده است.
