فاکتور Rho: تفاوت میان نسخه‌ها
ایجاد مقاله |
(بدون تفاوت)
|
نسخهٔ ۲۵ ژوئن ۲۰۲۴، ساعت ۱۶:۳۴
فاکتور ρ یا Rho پروتئینی باکتریایی است که در ختم رونویسی دخیل است.[۱] فاکتور Rho به جایگاه توقف رونویسی، منطقه از RNA تک رشته ای استاندارد (به طول 72 نوکلئوتید) بعد از چارچوب خوانش باز (ORF) که غنی از سیتوزین و فقیر از گوانین است و ساختار دوم مشخصی ندارد، متصل می شود.
فاکتور Rho یک پروتئین رونویسی مهم در باکتری ها به حساب می آید.[۲] در اشرشیا کلی، این پروتئین یک هگزامر 274.6 کیلودالتونی با زیرواحدهای یکسان است. هر زیرواحد حاوی یک دامین اتصال به RNA و یک دامین هیدرولیز کننده ATP است. این پروتئین عضوی از خانواده هلیکازهای هگزامری وابسته به ATP یعنی RecA/SF5 می باشد که با پیچاندن نوکلئیک اسید به دور خود و سپس عمل هلیکازی فعالیت می کند. Rho به عنوان یک فاکتور فرعی برای RNA پلیمراز به حساب می آید.
به طور کلی، دو نوع ختم رونویسی در باکتری ها وجود دارد، ختم وابسته به Rho و ختم ذاتی ( مستقل از Rho). پایانه های وابسته به Rho نیمی از پایانه های وابسته به فاکتور E. coli را شامل می شوند. دیگر فاکتورهای ختم رونویسی در E. coli عبارتند از پروتئین Tau و NusA. پایانه های وابسته به Rho اولین بار در ژنوم باکتریوفاژ شناسایی شدند.[۳]
عملکرد
یک فاکتور Rho روی سوبسترای RNA کار می کند. عملکرد کلیدی Rho فعالیت هلیکازی آن است، که انرژی موردنیاز آن از طریق هیدرولیز ATP وابسته به RNA تامین می شود. جایگاه اتصال اولیه برای Rho یک توالی 70 نوکلئوتیدی یا بعضی مواقع 80 تا 100 نوکلئوتیدی است که غنی از سیتوزین و فقیر از گوانین است و به آن جایگاه مورد استفاده Rho یا rho utilisation site و یا rut می گویند و در حقیقت در بالادست توالی اصلی خاتمه در RNA سنتزی حضور دارد.[۴] چندین جایگاه اتصال Rho تاکنون کشف شده اند. بااینکه توالی توافقی بین آنها یافت نشده، اما این توالی های متفاوت به نظر خاص می آیند زیرا جهش های کوچک در آنها عملکردشان را از بین می برد. Rho به RNA متصل شده و با هیدرولیز ATP انرژی موردنیاز برای حرکت در طول RNA تا رسیدن به مارپیج هیبریدی RNA-DNA را تامین می کند و شروع به باز کردن دو رشته از یکدیگر می کند. آنزیم RNAپلیمراز در توالی خاتمه متوقف می شود، که این توقف به دلیل وجود توالی ای است که حدود 100 نوکلئوتید از جایگاه اتصال Rho فاصله دارد و به آن جایگاه توقف حساس به Rho می گویند. بنابراین، با اینکه سرعت حرکت RNAپلیمراز حدود 40 نوکلئوتید بیشتر از Rho است، مشکلی را برای مکانیزم ختم ایجاد نمی کند و گویا RNAپلیمراز به فاکتور Rho اجازه می دهد تا آن را بگیرد.[۵]
به طور خلاصه، Rho با حرکت در طول مولکول RNA تازه سنتز شده به سمت انتهای '3 آن و جداکردن آن از الگوی DNA، به عنوان یه آنزیم بازکننده وابسته به ATP عمل می کند.[۵]
- ↑ Said, Nelly; Hilal, Tarek; Sunday, Nicholas D.; Khatri, Ajay; Bürger, Jörg; Mielke, Thorsten; Belogurov, Georgiy A.; Loll, Bernhard; Sen, Ranjan (2021-01). "Steps toward translocation-independent RNA polymerase inactivation by terminator ATPase ρ". Science (به انگلیسی). 371 (6524). doi:10.1126/science.abd1673. ISSN 0036-8075. PMC 7864586. PMID 33243850.
{{cite journal}}: Check date values in:|date=(help)نگهداری یادکرد:فرمت پارامتر PMC (link) - ↑ Pradeepkiran, Jangampalli Adi; konidala, Kranthikumar; Yellapu, Nandakumar; Bhaskar (2015-03). "Modeling, molecular dynamics, and docking assessment of transcription factor rho: a potential drug target in Brucella melitensis 16M". Drug Design, Development and Therapy (به انگلیسی): 1897. doi:10.2147/DDDT.S77020. ISSN 1177-8881. PMC 4386771. PMID 25848225.
{{cite journal}}: Check date values in:|date=(help)نگهداری یادکرد:فرمت پارامتر PMC (link) - ↑ Mitra, Pallabi; Ghosh, Gairika; Hafeezunnisa, Md; Sen, Ranjan (2017-09-08). "Rho Protein: Roles and Mechanisms". Annual Review of Microbiology. 71: 687–709. doi:10.1146/annurev-micro-030117-020432. ISSN 1545-3251. PMID 28731845.
- ↑ Hao, Zhitai; Svetlov, Vladimir; Nudler, Evgeny. "Rho-dependent transcription termination: a revisionist view". Transcription. 12 (4): 171–181. doi:10.1080/21541264.2021.1991773. ISSN 2154-1264. PMC 8632121. PMID 34705601.
- ↑ ۵٫۰ ۵٫۱ Ciampi, M. Sofia (2006-09). "Rho-dependent terminators and transcription termination". Microbiology (Reading, England). 152 (Pt 9): 2515–2528. doi:10.1099/mic.0.28982-0. ISSN 1350-0872. PMID 16946247.
{{cite journal}}: Check date values in:|date=(help)