نسخهٔ ‏۱۶ ژوئیهٔ ۲۰۱۹، ساعت ۰۹:۰۸

k-تایی

در بیوانفورماتیک، k-تایی یک زیر رشته به طول k از رشته بیولوژیکی است. در ابتدا، k-تایی در ژنومیک محاسباتی و آنالیز دنباله استفاده می‌شد که در آن K-تایی تشکیل شده از نوکلئوتاید‌ها (A,T, C,G) هستند. k-تایی‌ها به خاطر بازسازی توالی‌های DNA^[۱]، بهبود بیان ژن‌ heterologous ^[۲]^[۳]، شناسایی گونه ها در نمونه های متاژنومی^[۴]، و تولید واکسن زنده^[۵] مطرح شدند. معمولا کلمه k-تایی به همه رشته‌های دنباله‌ای به طول k اشاره دارد. به طوری‌که رشته‌ی AGAT می‌تواند ۴ مونومر (A , G , A , T)، سه ۲-تایی (AG, GA, AT)، دو ۳-تایی (AGA, GAT) و یک ۴-تایی داشته باشد. که زیر‌رشته ۴-تایی برابر خود رشته است. به طور کلی یک رشته به طول L می‌تواند L-k+1 رشته k-تایی داشته باشد. همچنین برای n مونومر، n^k تا k-تایی ممکن وجود دارد. که در رشته DNA تعداد مونومرها برابر با ۴ است.

منابع

↑ Compeau, Phillip E C; Pevzner, Pavel A; Tesler, Glenn (2011-11). "How to apply de Bruijn graphs to genome assembly". Nature Biotechnology (به انگلیسی). 29 (11): 987–991. doi:10.1038/nbt.2023. ISSN 1087-0156. PMC 5531759. PMID 22068540. {{cite journal}}: Check date values in: |date= (help)نگهداری یادکرد:فرمت پارامتر PMC (link)
↑ Gustafsson, Claes; Minshull, Jeremy; Gurney, Austin; Villalobos, Alan; Ness, Jon E.; Govindarajan, Sridhar; Welch, Mark (2009-09-14). "Design Parameters to Control Synthetic Gene Expression in Escherichia coli". PLOS ONE (به انگلیسی). 4 (9): e7002. doi:10.1371/journal.pone.0007002. ISSN 1932-6203. PMC 2736378. PMID 19759823.{{cite journal}}: نگهداری یادکرد:فرمت پارامتر PMC (link)
↑ Minshull, Jeremy; Govindarajan, Sridhar; Gustafsson, Claes (2004-07-01). "Codon bias and heterologous protein expression". Trends in Biotechnology (به انگلیسی). 22 (7): 346–353. doi:10.1016/j.tibtech.2004.04.006. ISSN 0167-7799. PMID 15245907.
↑ Beiko, Robert G.; Perry, Scott C. (2010-01-01). "Distinguishing Microbial Genome Fragments Based on Their Composition: Evolutionary and Comparative Genomic Perspectives". Genome Biology and Evolution (به انگلیسی). 2: 117–131. doi:10.1093/gbe/evq004. PMC 2839357. PMID 20333228.{{cite journal}}: نگهداری یادکرد:فرمت پارامتر PMC (link)
↑ Kunec, Dusan; Osterrieder, Nikolaus; Trimpert, Jakob; Eschke, Kathrin (2018-01-29). "Attenuation of a very virulent Marek's disease herpesvirus (MDV) by codon pair bias deoptimization". PLOS Pathogens (به انگلیسی). 14 (1): e1006857. doi:10.1371/journal.ppat.1006857. ISSN 1553-7374. PMC 5805365. PMID 29377958.{{cite journal}}: نگهداری یادکرد:فرمت پارامتر PMC (link)

[1] Compeau, Phillip E C; Pevzner, Pavel A; Tesler, Glenn (2011-11). "How to apply de Bruijn graphs to genome assembly". Nature Biotechnology (به انگلیسی). 29 (11): 987–991. doi:10.1038/nbt.2023. ISSN 1087-0156. PMC 5531759. PMID 22068540. {{cite journal}}: Check date values in: |date= (help)نگهداری یادکرد:فرمت پارامتر PMC (link)

[2] Gustafsson, Claes; Minshull, Jeremy; Gurney, Austin; Villalobos, Alan; Ness, Jon E.; Govindarajan, Sridhar; Welch, Mark (2009-09-14). "Design Parameters to Control Synthetic Gene Expression in Escherichia coli". PLOS ONE (به انگلیسی). 4 (9): e7002. doi:10.1371/journal.pone.0007002. ISSN 1932-6203. PMC 2736378. PMID 19759823.{{cite journal}}: نگهداری یادکرد:فرمت پارامتر PMC (link)

[3] Minshull, Jeremy; Govindarajan, Sridhar; Gustafsson, Claes (2004-07-01). "Codon bias and heterologous protein expression". Trends in Biotechnology (به انگلیسی). 22 (7): 346–353. doi:10.1016/j.tibtech.2004.04.006. ISSN 0167-7799. PMID 15245907.

[4] Beiko, Robert G.; Perry, Scott C. (2010-01-01). "Distinguishing Microbial Genome Fragments Based on Their Composition: Evolutionary and Comparative Genomic Perspectives". Genome Biology and Evolution (به انگلیسی). 2: 117–131. doi:10.1093/gbe/evq004. PMC 2839357. PMID 20333228.{{cite journal}}: نگهداری یادکرد:فرمت پارامتر PMC (link)

[5] Kunec, Dusan; Osterrieder, Nikolaus; Trimpert, Jakob; Eschke, Kathrin (2018-01-29). "Attenuation of a very virulent Marek's disease herpesvirus (MDV) by codon pair bias deoptimization". PLOS Pathogens (به انگلیسی). 14 (1): e1006857. doi:10.1371/journal.ppat.1006857. ISSN 1553-7374. PMC 5805365. PMID 29377958.{{cite journal}}: نگهداری یادکرد:فرمت پارامتر PMC (link)

[۱]

[۲]

[۳]

[۴]

[۵]