دندروگرام: تفاوت میان نسخه‌ها
محتوای حذف‌شده محتوای افزوده‌شده
ترجمه از ویکی انگلیسی |
ابرابزار |
||
| خط ۱: | خط ۱: | ||
[[File:UPGMA Dendrogram Hierarchical.svg|thumb| دندروگرام از خوشه‌بندی سلسله مراتبی (UPGMA) با ارتفاع نودها (UPGMA) با داده‌های توالی باکتری 5S rRNA شناسایی شدند.<ref name="Swofford1996">{{cite book|title=Molecular Systematics, 2nd edition|last1=Swofford|first1=David L.|last2=Olsen|first2=Gary J.|last3=Waddell|first3=Peter J.|last4=Hillis|first4=David M. | name-list-format = vanc |year=1996|isbn=978-0-87893-282-5|editor-last1=Hillis|editor-first1=David M.|editor-last2=Moritz|editor-first2=Craig|editor-last3=Mable|editor-first3=Barbara K.|publisher=Sinauer|location=Sunderland, MA|pages=407-514|chapter=Phylogenetic inference}}</ref>).]] |
|||
| ⚫ | |||
[[File:Global-Diversity-of-Sponges-(Porifera)-pone.0035105.s008.tif|thumb|خروجی دندروگرام برای خوشه‌بندی سلسله مراتبی قلمروهای دریایی با استفاده از حضور/عدم حضور گونه‌های اسفنجی.<ref name="VanSoest2012">{{Cite journal | author = Van Soest R, Boury-Esnault N, Vacelet J, Dohrmann M, Erpenbeck D, De Voogd N, Santodomingo N, Vanhoorne B, Kelly M, Hooper J | title = Global Diversity of Sponges (Porifera) | doi = 10.1371/journal.pone.0035105 | journal = PLOS ONE | year = 2012 | pmid = 22558119 | pmc = 3338747}}</ref>]] |
|||
[[File:Phylogenetic tree.svg|thumb| [ [درخت زندگی]] . این درخت فیلوژنتیک در نتیجهٔ آنالیز Woese و همکارانش بدست آمده‌است.<ref name="Woese_1990">{{cite journal | last1 = Woese | first1 = Carl R.| authorlink1 = Carl Woese | last2 = [[Otto Kandler|Kandler]] | first2 = O | last3 = Wheelis | first3= M | title = Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya | url=http://www.pnas.org/content/87/12/4576.full.pdf | journal = Proc Natl Acad Sci USA | volume = 87 | issue = 12 | pages = 4576–4579 | year = 1990 | pmid = 2112744 | doi = 10.1073/pnas.87.12.4576 | pmc = 54159 | bibcode=1990PNAS...87.4576W}}</ref> خطوط عمودی پایین نمایش دهندهٔ [[جهان‌نیای پایانی]] (LUCA).]] |
|||
[[File:Heatmap RNAseqV2 1.png|thumb|نقشه گرمایی [[توالی‌یابی آران‌ای]] داده نمایش‌دهندهٔ دو دندروگرام در حاشیهٔ چپ و بالا]] |
|||
| ⚫ | |||
* در [[خوشه بندی سلسله مراتبی]]، ترتیب خوشه‌های تولید شده توسط تحلیل‌های مربوطه را نشان می‌دهد. |
* در [[خوشه بندی سلسله مراتبی]]، ترتیب خوشه‌های تولید شده توسط تحلیل‌های مربوطه را نشان می‌دهد. |
||
* در [[زیست‌شناسی محاسباتی]]، خوشه سازی [[ژن]]<nowiki/>ها یا نمونه‌ها را، گاهی در حاشیه‌های [[نقشه گرمایی|نقشه‌های گرمایی]] نشان می‌دهد. |
* در [[زیست‌شناسی محاسباتی]]، خوشه سازی [[ژن]]<nowiki/>ها یا نمونه‌ها را، گاهی در حاشیه‌های [[نقشه گرمایی|نقشه‌های گرمایی]] نشان می‌دهد. |
||
| خط ۵: | خط ۹: | ||
== مثال خوشه بندی == |
== مثال خوشه بندی == |
||
برای یک مثال خوشه بندی، فرض کنید که پنج تاکسون <math>(a - e)</math> توسط [[روش جفت گروه بدون وزن با میانگین حسابی|روش جفت گروه]] بر اساس [[ماتریس |
برای یک مثال خوشه بندی، فرض کنید که پنج تاکسون <math>(a - e)</math> توسط [[روش جفت گروه بدون وزن با میانگین حسابی|روش جفت گروه]] بر اساس [[ماتریس فاصله‌های ژنتیکی]] خوشه بندی شده‌اند. [[خوشه‌بندی سلسله‌مراتبی|خوشه‌بندی سلسله مراتبی]] یک ستون از پنج نود را نشان می‌دهد که نشان‌دهنده داده‌های اولیه هستند، و گره‌های باقیمانده، خوشه‌هایی را نشان می‌دهند که داده‌ها متعلق به آن هستند. فاصله بین خوشه‌های ادغام شده یکنواخت است و با سطح ادغام افزایش می‌یابد. |
||
== جستارهای وابسته == |
== جستارهای وابسته == |
||
* [[کلادوگرام]] |
* [[کلادوگرام]] |
||
* .[[خوشه‌بندی سلسله‌مراتبی|خوشه‌بندی سلسله مراتبی]] |
* .[[خوشه‌بندی سلسله‌مراتبی|خوشه‌بندی سلسله مراتبی]] |
||
* [[رایگان‌افزار]] |
* [[رایگان‌افزار]] |
||
* [[ماتریس‌های فاصله در فیلوژنی]] |
* [[ماتریس‌های فاصله در فیلوژنی]] |
||
نسخهٔ ۶ دسامبر ۲۰۱۸، ساعت ۱۶:۱۵
. این درخت فیلوژنتیک در نتیجهٔ آنالیز Woese و همکارانش بدست آمده‌است.[۳] خطوط عمودی پایین نمایش دهندهٔ جهان‌نیای پایانی (LUCA).]]
دندروگرام (انگلیسی: Dendrogram) یک نمودار است که یک درخت را نشان می‌دهد. این نمایش نموداری به کرات در زمینه‌های مختلف مورد استفاده قرار می‌گیرد:
- در خوشه بندی سلسله مراتبی، ترتیب خوشه‌های تولید شده توسط تحلیل‌های مربوطه را نشان می‌دهد.
- در زیست‌شناسی محاسباتی، خوشه سازی ژنها یا نمونه‌ها را، گاهی در حاشیه‌های نقشه‌های گرمایی نشان می‌دهد.
- در فیلوژنتیک، روابط تکاملی بین تاکسون مختلف را به نمایش می‌گذارد. در این حالت، دندروگرام درخت فیلوژنتیک نامیده می‌شود.
مثال خوشه بندی
برای یک مثال خوشه بندی، فرض کنید که پنج تاکسون توسط روش جفت گروه بر اساس ماتریس فاصله‌های ژنتیکی خوشه بندی شده‌اند. خوشه‌بندی سلسله مراتبی یک ستون از پنج نود را نشان می‌دهد که نشان‌دهنده داده‌های اولیه هستند، و گره‌های باقیمانده، خوشه‌هایی را نشان می‌دهند که داده‌ها متعلق به آن هستند. فاصله بین خوشه‌های ادغام شده یکنواخت است و با سطح ادغام افزایش می‌یابد.
جستارهای وابسته
منابع
- ↑ Swofford, David L.; Olsen, Gary J.; Waddell, Peter J.; Hillis, David M. (1996). "Phylogenetic inference". In Hillis, David M.; Moritz, Craig; Mable, Barbara K. (eds.). Molecular Systematics, 2nd edition. Sunderland, MA: Sinauer. pp. 407–514. ISBN 978-0-87893-282-5.
{{cite book}}: Unknown parameter|name-list-format=ignored (|name-list-style=suggested) (help) - ↑ Van Soest R, Boury-Esnault N, Vacelet J, Dohrmann M, Erpenbeck D, De Voogd N, Santodomingo N, Vanhoorne B, Kelly M, Hooper J (2012). "Global Diversity of Sponges (Porifera)". PLOS ONE. doi:10.1371/journal.pone.0035105. PMC 3338747. PMID 22558119.
{{cite journal}}: نگهداری یادکرد:نام‌های متعدد:فهرست نویسندگان (link) - ↑ Woese, Carl R.; Kandler, O; Wheelis, M (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya" (PDF). Proc Natl Acad Sci USA. 87 (12): 4576–4579. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.