دینامیک ملکولی: تفاوت میان نسخه‌ها

از ویکی‌پدیا، دانشنامهٔ آزاد
محتوای حذف‌شده محتوای افزوده‌شده
بدون خلاصۀ ویرایش
خط ۱۸: خط ۱۸:
[[ru:Метод классической молекулярной динамики]]
[[ru:Метод классической молекулярной динамики]]
[[zh:分子动力学]]
[[zh:分子动力学]]
[[دینامیک مولکولی شکلی از شبیه سازی کامپیوتری است که در ان اتمها و مولکولها اجازه دارند برای یک دوره از زمان تحت قوانین شناخته شده فیزیک باهم برهم کنش کنند و چشم اندازی از حرکت اتمها بدهد. از آنجائیکه سیستمهای مولکولی عموما شامل تعداد زیادی از ذرات هستند این امکان پذیر نیست که ویژگیهای سیستمهای پیچیده را بطور تحلیلی بدست آوریم. شبیه سازی دینامیک مولکولی این مساله را با بکار بردن روش محاسباتی حل می کند. این روش یک تداخل بین تجربیات آزمایشگاهی و نظریه ایجاد می کند و به عنوان یک آزمایش مجازی در نظر گرفته می شود. دینامیک مولکولی روابط بین ساختار مولکولها، حرکت و تابع را بررسی می کند. دینامیک مولکولی یک روش نظم دهنده چندگانه است.قوانین و نظریه های آن از ریاضیات فیزیک و شیمی بدست می آید و الگوریتمهایی را از علم کامپیوتر و نظریه اطلاعات بکار می بریم.این بطور اصلی در فیزیک نظری در دهه 1950 استفاده شد. اما امروزه بیشتر در علم مواد و بیومولکول بکار می رود. قبل از اینکه امکان شبیه سازی دینامیک مولکولی با کا مپیوترها بوجود بیاید عده ای کار سخت آزمایش کردن آن بوسیله مدلهای فیزیکی مانند کارهای ماکروسکوپیک را متعهد شدند. ایده این بود که انها را طبقه بندی کنند تا ویژگیهای مایع را تکرار کند. آقای برنال در سال 1962 گفت من تعدادی از توپهای پلاستیکی در نظر می گیرم و آنها را با میله هایی در مخدوده طول 2.75 تا 4 اینچ بهم می چسبانم و سعی می کنم در اولین محلی که امکانش هست در محل کارم انجام دهم و حدود هر 5 دقیقه مختل کنم و ان کاری را که قبلا انجام داده ام به یاد نیاورم. اما خوشبختانه امروز کامپیوترها مسیر قیدها را حفظ میکنند. ]]
[[دینامیک مولکولی شکلی از شبیه سازی کامپیوتری است که در ان اتمها و مولکولها اجازه دارند برای یک دوره از زمان تحت قوانین شناخته شده فیزیک باهم برهم کنش کنند و چشم اندازی از حرکت اتمها بدهند. از آنجائیکه سیستمهای مولکولی عموما شامل تعداد زیادی از ذرات هستند امکان پذیر نیست که ویژگیهای سیستمهای پیچیده را بطور تحلیلی بدست آوریم. شبیه سازی دینامیک مولکولی این مساله را با بکار بردن روش محاسباتی حل می کند. این روش یک واسطه بین تجربیات آزمایشگاهی و نظریه ایجاد می کند و به عنوان یک آزمایش مجازی در نظر گرفته می شود. دینامیک مولکولی روابط بین ساختار مولکولها ، حرکت مولکولهاو توابع مولکولی را بررسی می کند. دینامیک مولکولی یک روش منظم چندگانه است. قوانین و نظریه های آن از ریاضیات ٬ فیزیک و شیمی بدست می آید و الگوریتم هایی را از علم رایانه و نظریه اطلاعات بکار می برد.دینامیک مولکولی ابتدا در فیزیک نظری در دهه 1950 استفاده شد. اما امروزه بیشتر در علم مواد و زیست مولکول بکار می رود. قبل از اینکه امکان شبیه سازی دینامیک مولکولی با رایانه ها بوجود بیاید عده ای کار سخت آزمایش کردن آن بوسیله مدلهای فیزیکی مانند کره های ماکروسکوپیک را متعهد شدند. ایده این بود که انها را مرتب کنند تا ویژگیهای مایع را تکرار کند. آقای برنال در سال 1962 گفت من تعدادی از توپهای پلاستیکی در نظر می گیرم و آنها را با میله هایی در مخدوده طول 2.75 تا 4 اینچ بهم می چسبانم و سعی می کنم در اولین محلی که امکانش هست در محل کارم انجام دهم و حدود هر 5 دقیقه مختل کنم و ان کاری را که قبلا انجام داده ام به یاد نیاورم. اما خوشبختانه امروز رایانه ها مسیر قیدها را حفظ میکنند. ]]

نسخهٔ ‏۲۸ فوریهٔ ۲۰۰۸، ساعت ۱۲:۵۳

دینامیک ملکولی یکی از شاخه‌های فیزیک محاسباتی است.در این روش برهمکنش میان اتم‌ها و ملکول‌ها در بازه‌هایی از زمان بر اساس قوانین فیزیک،به‌وسیله کامپیوتر شبیه‌سازی می‌شود.این روش برای اولین بار در سال ۱۹۵۷ توسط آلدر(Alder) و واینرایت(Wainwright) برمبنای مدل کره سخت به کار گرفته شد. درسال ۱۹۶۴ رحمان (Anees Rahman) مدل کره نرم را در شبیه‌سازی خود به کار برد. از وی به عنوان پدر دینامیک ملکولی یاد می‌شود.

منبع

  • Computational Molecular Dynamics:Chalenges,Methods,Ideas(Proc.Berlin 1997,Springer,1999) ISBN 3-540-63242-5

[[دینامیک مولکولی شکلی از شبیه سازی کامپیوتری است که در ان اتمها و مولکولها اجازه دارند برای یک دوره از زمان تحت قوانین شناخته شده فیزیک باهم برهم کنش کنند و چشم اندازی از حرکت اتمها بدهند. از آنجائیکه سیستمهای مولکولی عموما شامل تعداد زیادی از ذرات هستند امکان پذیر نیست که ویژگیهای سیستمهای پیچیده را بطور تحلیلی بدست آوریم. شبیه سازی دینامیک مولکولی این مساله را با بکار بردن روش محاسباتی حل می کند. این روش یک واسطه بین تجربیات آزمایشگاهی و نظریه ایجاد می کند و به عنوان یک آزمایش مجازی در نظر گرفته می شود. دینامیک مولکولی روابط بین ساختار مولکولها ، حرکت مولکولهاو توابع مولکولی را بررسی می کند. دینامیک مولکولی یک روش منظم چندگانه است. قوانین و نظریه های آن از ریاضیات ٬ فیزیک و شیمی بدست می آید و الگوریتم هایی را از علم رایانه و نظریه اطلاعات بکار می برد.دینامیک مولکولی ابتدا در فیزیک نظری در دهه 1950 استفاده شد. اما امروزه بیشتر در علم مواد و زیست مولکول بکار می رود. قبل از اینکه امکان شبیه سازی دینامیک مولکولی با رایانه ها بوجود بیاید عده ای کار سخت آزمایش کردن آن بوسیله مدلهای فیزیکی مانند کره های ماکروسکوپیک را متعهد شدند. ایده این بود که انها را مرتب کنند تا ویژگیهای مایع را تکرار کند. آقای برنال در سال 1962 گفت من تعدادی از توپهای پلاستیکی در نظر می گیرم و آنها را با میله هایی در مخدوده طول 2.75 تا 4 اینچ بهم می چسبانم و سعی می کنم در اولین محلی که امکانش هست در محل کارم انجام دهم و حدود هر 5 دقیقه مختل کنم و ان کاری را که قبلا انجام داده ام به یاد نیاورم. اما خوشبختانه امروز رایانه ها مسیر قیدها را حفظ میکنند. ]]