کاربر:Z Ehyaei/صفحه تمرین: تفاوت میان نسخه‌ها
بدون خلاصۀ ویرایش |
|||
| خط ۱۰: | خط ۱۰: | ||
=== تولید داده ها=== |
=== تولید داده ها=== |
||
==== تنظیمات آزمایشگاهی ==== |
==== تنظیمات آزمایشگاهی ==== |
||
توالی بخشی از ژنوم و یا کل ژنوم و روش توالی یابی از مهم ترین تنظیمات آزمایشی هستند. بسته به طراحی مطالعه، روش های مختلفی برای تجزیه و تحلیل فیلودینامیکی قابل استفاده است اما معمولا برای تجزیه و تحلیل فیلودینامیک باکتریایی، توالی کل ژنوم باکتری را در نظر می گیرند. ژنوم باکتری بسیار بزرگتر از [[آران‌ای]]ویروس هاست و سرعت تکاملی کندتری نیز دارد.در پی پیشرفت سریع توالی یابی کل ژنوم باکتریایی، خواندن و مقایسه ژنوم کامل باکتری ها مقرون به صرفه شده است. جهش هایی که به دلیل گسترش باکتری بین میزبان ایجاد می شود، به دانشمندان امکان را می دهد که درختان خانوادگی بیماری زا ها را به شکل مفصل تولید و مقایسه کنند و همچنین آن ها را با توزیع جغرافیایی باکتری ها مقایسه کنند. پیشرفت تکنولوژی توالی یابی، فیلودینامیک باکتریایی را ممکن ساخته است، اما تهیه مناسب کل ژنوم های باکتریایی الزامی است.<ref>{{cite book | last = Gordon | first = Stephen | title = Bovine tuberculosis | publisher = CABI | location = Wallingford, Oxfordshire, UK Boston, MA, USA | year = 2018 | isbn = 9781786391544 }}</ref> |
|||
==== هم تراز سازی ==== |
==== هم تراز سازی ==== |
||
==== کنترل کیفیت ==== |
==== کنترل کیفیت ==== |
||
=== تحلیل داده ها === |
=== تحلیل داده ها === |
||
==== مدل تکاملی ==== |
==== مدل تکاملی ==== |
||
نسخهٔ ۴ ژوئن ۲۰۲۰، ساعت ۲۰:۴۴
فیلودینامیک باکتریایی
فیلودینامیک باکتریایی (به انگلیسی: Bacterial phylodynamics) مطالعه فرآیندهای ایمنی‌شناسی، همه‌گیرشناسی و فیلوژنتیک و نقش آن‌ها در درخت تکامل نژادی بیماریزاهای باکتریایی می‌باشد.[۱] فیلودینامیک مطالعه فرآیندهای زیست محیطی، تکاملی و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک برای درک بهتر مکانیسم هایی است که منجر به بروزالگوهای تکاملی در بیماریزاهای باکتریایی می شود. تجزیه و تحلیل فیلودینامیکی شامل تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی، انتخاب طبیعی و پویایی‌شناسی جمعیت از منظر تکاملات نژادی بیماری عفونی در طول همه گیری ها و مطالعه تکامل داخل میزبان ویروس ها می‌باشد.[۲] فیلودینامیک باکتریایی برای درک بهتر نقش تکاملی بیماریزاهای باکتریایی به بررسی چندریختی تک-نوکلئوتید ژنوم درآن‌ها می‌پردازد. پیشرفت فناوری در زمینه توالی یابی در 10 سال گذشته، تأثیر گسترده ای در درک ما از فیلودینامیک باکتریایی و ژنومیک داشته است ، و با ادامه روند کاهشی هزینه توالی یابی، این فناوری ها هم در آزمایشگاه های آکادمیک و هم بالینی متداول می شوند. با این حال مقیاس عظیم داده هایی که طی چند سال آینده توسط دستگاه های توالی یابی تولید می شوند، مشکلات بسیاری نیز به وجود می آورند. صرفاً ذخیره اطلاعات به بانکهای عظیمی از درایو های دیسک سخت رایانه ای ، همراه با سیستمهای خنک کننده گران و راه حل های نرم افزاری نیاز دارد. همچنین، با افزایش اندازه پایگاه داده ها ، روش های تجزیه و تحلیل نیز باید انطباق پیدا کنند. در حال حاضر حتی بزرگترین تجزیه و تحلیل ها شامل صدها یا چند هزار نمونه است. این افزایش توالی ژنوم هانیاز به نوآوری در ذخیره داده ها ، دسترسی و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک نیز دارد.[۳]
روش‌ها
مطالعات می‌توانند برای بررسی تعاملات درون یک میزبان و یا بین میزبان‌ها طراحی شوند. مطالعات در فیلودینامیک باکتریایی معمولا بر روی تعامل بین نمونه های بسیاری از میزبانهای مختلف در یک موقعیت جغرافیایی خاص یا چندین مکان جغرافیایی مختلف متمرکز است. از نکات بسیار مهم هنگام نمونه‌گیری از جمعیت و تفسیر نتایج مطالعات مربوط به نمونه‌گیری، استراتژی نمونه گیری می‌باشد که شامل مورادی همچون تعداد نقاط زمان نمونه برداری ، فاصله نمونه برداری و تعداد توالی در هر نقطه زمان می‌باشد.
تولید داده ها
تنظیمات آزمایشگاهی
توالی بخشی از ژنوم و یا کل ژنوم و روش توالی یابی از مهم ترین تنظیمات آزمایشی هستند. بسته به طراحی مطالعه، روش های مختلفی برای تجزیه و تحلیل فیلودینامیکی قابل استفاده است اما معمولا برای تجزیه و تحلیل فیلودینامیک باکتریایی، توالی کل ژنوم باکتری را در نظر می گیرند. ژنوم باکتری بسیار بزرگتر از آران‌ایویروس هاست و سرعت تکاملی کندتری نیز دارد.در پی پیشرفت سریع توالی یابی کل ژنوم باکتریایی، خواندن و مقایسه ژنوم کامل باکتری ها مقرون به صرفه شده است. جهش هایی که به دلیل گسترش باکتری بین میزبان ایجاد می شود، به دانشمندان امکان را می دهد که درختان خانوادگی بیماری زا ها را به شکل مفصل تولید و مقایسه کنند و همچنین آن ها را با توزیع جغرافیایی باکتری ها مقایسه کنند. پیشرفت تکنولوژی توالی یابی، فیلودینامیک باکتریایی را ممکن ساخته است، اما تهیه مناسب کل ژنوم های باکتریایی الزامی است.[۴]
هم تراز سازی
کنترل کیفیت
تحلیل داده ها
مدل تکاملی
استنتاج فیلوژنی
آزمون فرضیه
ارزیابی
استنباط فیلودینامیک
جستارهای وابسته
منابع
- ↑ Volz, Erik M.; Koelle, Katia; Bedford, Trevor (2013-03-21). "Viral Phylodynamics". PLOS Computational Biology. 9 (3): e1002947. doi:10.1371/journal.pcbi.1002947. ISSN 1553-7358. PMC 3605911. PMID 23555203.
- ↑ Norström, Melissa M.; Karlsson, Annika C.; Salemi, Marco (2012-04-01). "Towards a new paradigm linking virus molecular evolution and pathogenesis: experimental design and phylodynamic inference". The New Microbiologica. 35 (2): 101–111. ISSN 1121-7138. PMID 22707126.
- ↑ Olson, P., Hughes, J., & Cotton, J. (Eds.). (2016). Next Generation Systematics (Systematics Association Special Volume Series). Cambridge: Cambridge University Press. doi:10.1017/CBO9781139236355
- ↑ Gordon, Stephen (2018). Bovine tuberculosis. Wallingford, Oxfordshire, UK Boston, MA, USA: CABI. ISBN 9781786391544.