پتانسیل بین اتمی

پتانسیلهای بیناتمی تابعهای ریاضیای هستند که برای محاسبهٔ انرژی پتانسیل یک سامانه از اتمها با مکانهای معیّن در فضا به کار میروند.[۱][۲][۳][۴]
پتانسیلهای بیناتمی بهطور گسترده بهعنوان مبنای فیزیکیِ مکانیک مولکولی و دینامیک مولکولی در شبیهسازیهای شیمی محاسباتی، فیزیک محاسباتی و علم مواد محاسباتی مورد استفاده قرار میگیرند تا ویژگیهای ماده را توضیح داده و پیشبینی کنند. نمونههایی از ویژگیهای کمی و پدیدههای کیفی که با استفاده از پتانسیلهای بیناتمی بررسی میشوند شامل پارامترهای شبکه، انرژیهای سطحی و بینسطحی، جذب سطحی، چسبندگی، انبساط گرمایی، رفتار الاستیک و پلاستیک مواد، و همچنین واکنش شیمیایی هستند.[۵][۶][۷][۸][۹][۱۰][۱۱]
شکل تابعی
[ویرایش]پتانسیلهای بیناتمی را میتوان بهصورت گسترش سری از جملههای تابعی که به موقعیت یک، دو، سه، و غیره اتم وابستهاند بیان کرد. در اینصورت، کل انرژی پتانسیل سامانه بهصورت زیر نوشته میشود:[۳]
در این رابطه جملهٔ یکبدنه، جملهٔ دوبدنه، و جملهٔ سهبدنه است. تعداد اتمهای موجود در سامانه، و مکان اتم است. شاخصهای ، و بر موقعیتهای اتمها پیمایش میکنند.
اگر پتانسیل زوج اتمی بر پایهٔ هر جفت اتم تعریف شده باشد، باید در جملهٔ دوبدنه ضریب لحاظ شود تا از شمارش دوبارهٔ پیوندها جلوگیری گردد، و بهطور مشابه در جملهٔ سهبدنه ضریب لازم است.[۳] بهطور جایگزین میتوان در جمعبندی زوجها تنها موارد و برای سهتاییها را در نظر گرفت، مشروط بر اینکه فرم پتانسیل نسبت به جابهجایی شاخصها متقارن باشد (در سیستمهای چندعنصری ممکن است این شرط برقرار نباشد).
جملهٔ یکبدنه تنها در صورت وجود میدان خارجی (برای نمونه میدان الکتریکی) معنا دارد. در نبود میدانهای خارجی، پتانسیل نباید به مکان مطلق اتمها بلکه فقط به موقعیتهای نسبی آنها وابسته باشد. این بدان معناست که میتوان فرم تابعی را بر پایهٔ فاصله بیناتمیها و زاویههای میان پیوندها (بردارهای اتصال به همسایگان) نوشت.
در نبود نیروهای خارجی، فرم کلی بهصورت زیر درمیآید:
در جملهٔ سهبدنهٔ فاصلهٔ بین اتمهای لازم نیست، زیرا سه مؤلفهٔ برای تعیین موقعیت نسبی سه اتم ، و در فضای سهبعدی کافیاند. هر جملهای با مرتبهٔ بالاتر از ۲ نیز بهصورت کلی «پتانسیل چندبدنه» نامیده میشود.
در برخی پتانسیلهای بیناتمی، برهمکنشهای چندبدنه در قالب جملههای پتانسیل زوج اتمی تعبیه شدهاند (به بحث مربوط به روش اتم توکار یا پتانسیلهای مرتبهٔ پیوند در ادامه توجه شود).
در اصل، جمعگذاریها در روابط مذکور بر تمام اتمهای انجام میگیرد. با این حال، اگر برد پتانسیل بیناتمی محدود باشد — یعنی اینکه برای فاصلههایی بزرگتر از یک مقدار مرزی — میتوان جمعگیری را فقط برای اتمهایی انجام داد که درون این فاصلهٔ برشی از یکدیگر قرار دارند. با بهکارگیری روش سلولی برای یافتن همسایگان نیز،[۱] الگوریتم دینامیک مولکولی میتواند یک الگوریتم از نوع O(N) باشد. پتانسیلهایی با برد نامتناهی را میتوان با روش جمعبندی اوالد و توسعههای بعدی آن بهصورت کارآمد محاسبه کرد.
محاسبهٔ نیرو
[ویرایش]نیروهای وارد بر اتمها از طریق مشتقگیری انرژی کل نسبت به موقعیت اتمها بهدست میآیند. بهعبارت دیگر، برای تعیین نیروی وارد بر اتم باید مشتق سهبعدی (گرادیان) پتانسیل کل نسبت به مکان آن اتم گرفته شود:
در پتانسیلهای دوبدنه، این گرادیان بهدلیل تقارن نسبت به جابهجایی شاخصهای و ، سادهتر شده و به مشتقگیری نسبت به فاصلههای بیناتمی تقلیل مییابد. اما در پتانسیلهای چندبدنه (سهبدنه، چهاربدنه و غیره)، مشتقگیری بسیار پیچیدهتر میشود.[۱۲][۱۳]
زیرا پتانسیل ممکن است دیگر متقارن نسبت به تبادل نباشد. بهعبارت دیگر، انرژی اتمهایی مانند که همسایگان مستقیم نیستند نیز میتواند به موقعیت وابسته باشد (بهواسطهٔ جملههای زاویهای و چندبدنه)، و بنابراین در گرادیان کل مشارکت داشته باشد.
طبقهبندی انواع پتانسیلهای بیناتمی
[ویرایش]پتانسیلهای بیناتمی گونههای متنوعی دارند، با انگیزههای فیزیکی متفاوت. حتی برای عنصر شناختهشدهای مانند سیلیسیم، گونههای بسیاری از پتانسیلها با فرم تابعی و انگیزههای فیزیکی گوناگون توسعه یافتهاند.[۱۴]
برهمکنشهای واقعی بیناتمی ذاتاً کوانتومی هستند، و هیچ روش تحلیلی دقیق شناختهشدهای وجود ندارد که بتواند برهمکنشهای توضیحدادهشده توسط معادله شرودینگر یا معادله دیراک برای تمام الکترونها و هستهها را به فرم تحلیلی تابعی درآورد؛ بنابراین تمام پتانسیلهای بیناتمی تحلیلی ذاتاً تقریب محسوب میشوند.
با گذشت زمان، پتانسیلهای بیناتمی معمولاً پیچیدهتر و دقیقتر شدهاند، هرچند این گزاره همیشه مطلق نیست.[۱۵] این توسعه شامل توصیفهای بیشتر از فیزیک و همچنین افزودن پارامترهای متعدد بوده است. تا مدتی گذشته، تقریباً تمام پتانسیلهای بیناتمی «پارامتری» بودند، یعنی با شمار ثابتی از پارامترهای فیزیکی توسعه یافته و بهینهسازی میشدند. پژوهشهای جدید بهطرف پتانسیل غیرپارامتری جهت یافتهاند که با استفاده از توصیفگرهای محلی پیچیدهٔ همسایگی اتمی و نگاشتهای جداگانه برای پیشبینی ویژگیهای سامانه، بهطور نظاممند قابل بهبودند.[۱۶]
این مدلهای غیرپارامتری میتوانند بسیار دقیقتر باشند، اما از آنجا که به فرمها و پارامترهای فیزیکی مقید نیستند، در مورد پیشبینیهای برونیابی و عدمقطعیتها چالشهایی وجود دارد.
پتانسیلهای پارامتری
[ویرایش]پتانسیل زوج اتمی
[ویرایش]سادهترین مدل متداول برای برهمکنش بین دو اتم، پتانسیل لنارد–جونز است:[۱۷][۱۸][۱۱]
در این رابطه، عمق چاه پتانسیل و فاصلهای است که در آن پتانسیل صفر میشود. جملهٔ جاذبه که با تناسب دارد، از نیروهای واندروالسی ناشی میشود، در حالیکه جملهٔ دافعهٔ تقریبیتر است.[۶]
این پتانسیل از نظر کمی تنها برای گازهای نجیب دقیق است، اما در دهههای اخیر بهطور گسترده برای مطالعات کیفی و شبیهسازیهای میدانهای نیروی شیمیایی در شبیهسازی مولکولی و شیمی فیزیکی استفاده شده است.[۱۹]
پتانسیل دیگر مشهور، پتانسیل مورس است که بهصورت مجموعی از دو جملهٔ نمایی تعریف میشود:
که در آن انرژی پیوند در حالت تعادل و فاصلهٔ پیوند در حالت تعادل است. پتانسیل مورس در مطالعات ارتعاش مولکولی و بلورشناسی گاز و جامد استفاده شده و الهامبخش شکل تابعی پتانسیلهای دقیقتر مانند پتانسیل مرتبهٔ پیوند بوده است.[۲۰]
مواد یونی معمولاً با مجموعی از جملهٔ دافع کوتاهبرد، مانند پتانسیل باکینگهام، و پتانسیل بلندبرد پتانسیل کولنی مدلسازی میشوند. این جملهٔ کوتاهبرد در بعضی مواد میتواند ماهیت پتانسیل چندبدنه نیز داشته باشد.[۲۱]
پتانسیلهای زوج اتمی محدودیتهایی دارند، از جمله ناتوانی در توصیف کامل تمام ثابتهای کشسانی در فلز مکعبی یا در بازتولید همزمان انرژی چسبندگی و انرژی تشکیل جاخالی در شبکه.[۷] به همین دلیل، شبیهسازیهای کمی دینامیک مولکولی معمولاً با پتانسیلهای چندبدنه انجام میشوند.
پتانسیلهای دافعه
[ویرایش]در فواصل بسیار کوتاه بیناتمی — که در علم مواد تابشی اهمیت دارد — برهمکنشها را میتوان با پتانسیل کولنی با پوشش تابعی (screened) توصیف کرد:
در این رابطه، و بار هستهها، و a پارامتر پوششی است. تابع پوششی معروف و پرکاربرد، تابع جهانی «ZBL» است.[۲۲] مدلهای دقیقتر را میتوان با روشهای شیمی کوانتومی تمامالکترونی بهدستآورد.[۲۳] در مطالعات تطبیقی میان چند روش کوانتومی دیده شده است که پتانسیلهای دافعهٔ خاص NLH با تابع پوششی سهنمایی، تا حدود ۲٪ بالای ۳۰ eV دقیقاند، در حالیکه پتانسیل جهانی ZBL تا حدود ۵٪–۱۰٪ اختلاف دارد.[۲۴] در شبیهسازیهای تقریب برخورد دوتایی این نوع پتانسیلها برای توصیف توان توقف هستهای استفاده میشوند.
پتانسیلهای چندبدنه
[ویرایش]پتانسیل استیلینگر–وبر[۲۵] شامل جملههای دوبدنه و سهبدنه به فرم استاندارد است:
در این رابطه، جملهٔ سهبدنه تغییر انرژی پتانسیل را بر اثر خمشدن پیوندها توصیف میکند. این پتانسیل ابتدا برای Si خالص توسعه یافت و بعداً به عناصر و ترکیبات فراوان دیگری بسط داده شد.[۲۶] همچنین پایهٔ توسعهٔ دیگر پتانسیلهای سیلیسیم قرار گرفت.[۲۷][۲۸]
فلزات معمولاً با پتانسیلهایی توصیف میشوند که فرم مشابه با مدل اتم توکار (Embedded Atom Model یا EAM) دارند. در این پتانسیلها انرژی کل بهصورت زیر نوشته میشود:
در آن تابع توکار است (نباید با بردار نیرو اشتباه شود) و تابعی از چگالی الکترونی مؤثر محسوب میشود. در فرم اصلی،[۲۹] تابع چگالی از چگالیهای الکترونی واقعی مشتق شده و تابع توکار از نظریهٔ تابعچگالی (DFT) بهعنوان انرژی لازم برای «جاسازی» یک اتم در چگالی الکترونی انگیزه گرفته است.[۳۰]
با وجود این، بسیاری از پتانسیلهای دیگر برای فلزات همان فرم کلی را دارند اما بر پایهٔ مدل باند تنگ یا برداشتهای تجربی دیگر تدوین شدهاند.[۳۱][۳۲]
پتانسیلهای نوع EAM معمولاً بهصورت جدول عددی پیادهسازی میشوند، و مجموعهای از جداول آنها در مخزن پتانسیلهای بیناتمی NIST در دسترس است: .
مواد با پیوندهای کووالانسی، معمولاً با پتانسیل مرتبهٔ پیوند (Bond-order potential) مدلسازی میشوند که به آنها گاه پتانسیلهای نوع پتانسیل تروسف یا پتانسیل برنر نیز گفته میشود.[۱۰][۳۳][۳۴]
این پتانسیلها بهطور کلی شکلی دارند که شباهت زیادی به پتانسیل زوجی دارد:
که در آن بخشهای دافعه و جاذبه، توابع نمایی سادهای هستند، مشابه با آنچه در پتانسیل مورس به کار میرود. با این حال، استحکام پیوند از طریق جملهٔ بسته به محیط اتم تغییر میکند. اگر این پتانسیلها بدون وابستگی زاویهای آشکار پیادهسازی شوند، میتوان نشان داد که از نظر ریاضی معادل برخی انواع پتانسیلهای EAM هستند.[۳۵][۳۶]
به دلیل این همارزی ریاضی، چارچوب پتانسیل مرتبهٔ پیوند برای توصیف مواد مرکب فلزی–کووالانسی نیز توسعه یافته است.[۳۶][۳۷][۳۸][۳۹]
پتانسیلهای نوع EAM همچنین برای توصیف پیوندهای کووالانسی گسترش داده شدهاند، بهطوری که وابستگی زاویهای برای تابع چگالی الکترون افزوده میشود. این روش بهعنوان «مدل اتم توکار اصلاحشده» (Modified Embedded Atom Method یا MEAM) شناخته میشود.[۴۰][۴۱][۴۲]
میدانهای نیرو
[ویرایش]یک میدان نیرو مجموعهای از پارامترها برای توصیف برهمکنشهای فیزیکی میان اتمها یا واحدهای فیزیکی (تا حدود ) در قالب یک تابع انرژی دادهشده است. اصطلاح «میدان نیرو» برای مجموعه پارامترهای یک پتانسیل بیناتمی خاص (تابع انرژی) بهکار میرود و بهویژه در جامعهٔ شیمی محاسباتی رایج است.[۴۳]
پارامترهای میدان نیرو تفاوت میان مدلهای خوب و ضعیف را تعیین میکنند. میدانهای نیرو برای شبیهسازی فلزات، سرامیکها، مولکولها، واکنشهای شیمیایی و سامانههای زیستی به کار میروند و کل جدول تناوبی و نیز مواد چندفازی را پوشش میدهند. کارایی امروزهٔ آنها در مواد جامد در میان بهترینهاست:[۴۴][۴۵]
میدانهای نیرو همچنین برای سیالات مولکولی[۴۶] و زیستمولکولهای بزرگ به کار رفتهاند، که تمرکز اصلی در دورهٔ بین دههٔ ۱۹۷۰ تا اوایل دههٔ ۲۰۰۰ بر بیومولکولها بوده است.[۴۷]
میدانهای نیرو از مدلهای نسبتاً ساده و قابلتفسیر با پیوندهای ثابت (مانند Interface, CHARMM[۴۸] و COMPASS) تا مدلهای آشکاراً واکنشی با پارامترهای قابلتنظیم فراوان (مانند ReaxFF) و همچنین مدلهای مبتنی بر یادگیری ماشین را شامل میشوند.
پتانسیلهای غیرپارامتری
[ویرایش]نخست باید توجه داشت که پتانسیلهای غیرپارامتری اغلب با عنوان «پتانسیلهای یادگیری ماشین» شناخته میشوند. اگرچه فرمهای توصیفگر/نگاشت در مدلهای غیرپارامتری بهطور نزدیک با یادگیری ماشین مرتبطند و پیچیدگی آنها موجب میشود تقریباً بهطور اجتنابناپذیر از روشهای بهینهسازی یادگیری ماشین استفاده شود، تفاوت ظریفی وجود دارد: مدلهای پارامتری نیز میتوانند با روشهای یادگیری ماشین تنظیم یا بهینه شوند.
پژوهش کنونی در زمینهٔ پتانسیلهای بیناتمی شامل استفاده از فرمهای ریاضیِ نظاممنداً قابلبهبود و روشهای فزایندهٔ پیچیدهٔ یادگیری ماشین است. انرژی کل بهصورت زیر بیان میشود:
که در آن نمایش ریاضی محیط اتمی پیرامون اتم است و بهعنوان توصیفگر مولکولی (descriptor) شناخته میشود.[۴۹]
تابع یک مدل یادگیری ماشین است که انرژی اتم را بر اساس خروجی توصیفگر پیشبینی میکند. برای داشتن یک پتانسیل یادگیری ماشین دقیق، وجود یک توصیفگر نیرومند و چارچوب مناسب یادگیری ضروری است. سادهترین توصیفگر، مجموعهٔ فاصلههای بیناتمی میان اتم و همسایگان آن است که یک پتانسیل زوجی مبتنی بر یادگیری ماشین تولید میکند. اما برای دستیابی به دقت بالا، توصیفگرهای چندبدنهٔ پیچیدهتر مورد نیازند.[۴۹] همچنین میتوان ترکیب خطیِ چندین توصیفگر با مدلهای یادگیری ماشین مرتبط را در یک پتانسیل واحد به کار برد.[۵۰]
پتانسیلهایی بر پایهٔ انواع گوناگونی از روشها، توصیفگرها و نگاشتها ساخته شدهاند، از جمله شبکه عصبی مصنوعیها،[۵۱] رگرسیون فرایند گاوسی،[۵۲][۵۳] و رگرسیون خطی.[۵۴][۱۶] یک پتانسیل غیرپارامتری معمولاً بر اساس دادههای مربوط به انرژی کل، نیروها و تنشهایی آموزش داده میشود که از محاسبات در سطح نظریه تابع چگالی و دیگر روشهای شیمی کوانتومی بهدست آمدهاند، مشابه بیشتر پتانسیلهای مدرن. با این حال، دقت یک پتانسیل یادگیری ماشین را میتوان تا سطحی همتراز با محاسبات کوانتومی زیرین رساند — چیزی که در مدلهای تحلیلی ممکن نیست. از این رو، این پتانسیلها بهطور کلی از پتانسیلهای تحلیلی سنتی دقیقترند، اما توانایی برونیابی آنها بهطور متناظر کمتر است. افزون بر این، به دلیل پیچیدگی مدل یادگیری ماشین و توصیفگرها، از نظر محاسباتی بسیار پرهزینهتر از همتایان تحلیلی خود هستند.
پتانسیلهای یادگیری ماشین غیرپارامتری ممکن است با پتانسیلهای تحلیلی پارامتری ترکیب شوند؛ برای نمونه، بهمنظور لحاظکردن فیزیک شناختهشدهای همچون دافعهٔ کولنی پوشیدهشده،[۵۵] یا برای اعمال قیود فیزیکی بر پیشبینیها.[۵۶]
برازش پتانسیل
[ویرایش]از آنجا که پتانسیلهای بیناتمی تخمینهای تقریبی هستند، ناگزیر شامل پارامترهاییاند که باید بر اساس مقادیر مرجع تنظیم شوند. در پتانسیلهای سادهای چون پتانسیل لنارد–جونز و پتانسیل مورس، پارامترها قابلتفسیر بوده و میتوان آنها را بر اساس طول پیوند و استحکام پیوند مولکولهای دوتایی یا انرژی سطحی جامدات تنظیم کرد.[۵۷][۵۸] پتانسیل لنارد–جونز معمولاً قادر است پارامترهای شبکه، انرژیهای سطحی و ویژگیهای مکانیکی تقریبی را توصیف کند.[۵۹]
پتانسیلهای چندبدنه غالباً شامل دهها یا حتی صدها پارامتر قابلتنظیمِ با تفسیر محدود هستند و معمولاً با پتانسیلهای رایج مولکولی سازگار نیستند. چنین مجموعهپارامترهایی را میتوان به دادههای تجربی وسیعتر یا خواص مواد مشتقشده از منابعی چون دادههای نظریه تابع چگالی برازش کرد.[۶۰][۶۱]
برای جامدات، یک پتانسیل چندبدنه غالباً میتواند ثابت شبکه ساختار بلوری تعادل، انرژی چسبندگی، ثابتهای کشسانی خطی، و همچنین خواص نقصهای نقطهای پایه را با دقت خوبی بازتولید کند، هرچند انحرافات در انرژیهای سطحی گاهی بیش از ۵۰٪ هستند.[۲۸][۳۶][۳۸][۳۹][۵۹][۴۳][۶۲][۶۳][۶۴]
پتانسیلهای غیرپارامتری در مقابل شامل صدها یا حتی هزاران پارامتر مستقل برای برازش هستند. بهجز سادهترین فرمهای مدل، برای دستیابی به پتانسیلهای مفید از روشهای پیچیده بهینهسازی و یادگیری ماشین استفاده میشود.
هدف بیشتر توابع و روشهای برازش پتانسیل، دستیابی به «قابلیت انتقال» است، یعنی اینکه پتانسیل بتواند خواص موادی را توصیف کند که با دادههای برازششده تفاوت آشکار دارند. برای نمونههایی از پتانسیلهایی که با این هدف طراحی شدهاند، نگاه کنید به.[۶۵][۶۶][۶۷][۶۸][۶۹] جنبههای کلیدی در اینجا شامل نمایش درست پیوندهای شیمیایی، اعتبارسنجی ساختارها و انرژیها، و نیز قابلیت تفسیر تمام پارامترها هستند.[۴۴] قابلیت انتقال و تفسیر کامل در میدان نیروی Interface (IFF) حاصل شده است.[۴۳] به عنوان یک نمونهٔ قابلیت انتقال نسبی، در بررسی پتانسیلهای سیلیسیم نشان داده شده است که پتانسیلهای استیلینگر–وبر و تروسف III میتوانند چند (اما نه همهٔ) خواص موادی را که برایشان برازش نشدهاند، پیشبینی کنند.[۱۴]
مخزن پتانسیلهای بیناتمی NIST مجموعهای از پتانسیلهای برازششده را ارائه میدهد — هم بهصورت پارامترهای عددی و هم بهصورت جدول عددی از توابع پتانسیل.[۷۰] همچنین پروژهٔ OpenKIM[۷۱] مجموعهای از پتانسیلهای برازششده، آزمونهای اعتبارسنجی، و چارچوب نرمافزاری برای ارتقای قابلیت بازتولید در شبیهسازی مولکولی با استفاده از پتانسیلهای بیناتمی فراهم میکند.
پتانسیلهای بیناتمی یادگیری ماشین
[ویرایش]از دههٔ ۱۹۹۰، برنامههای یادگیری ماشین برای ساخت پتانسیلهای بیناتمی و نگاشت ساختارهای اتمی به انرژیهای پتانسیل آنها به کار رفتهاند. این پتانسیلها معمولاً با عنوان «پتانسیلهای یادگیری ماشین» (MLPs)[۷۲] یا «پتانسیلهای بیناتمی یادگیری ماشین» (MLIPs) شناخته میشوند.[۷۳] این پتانسیلها شکاف میان شبیهسازیهای بسیار دقیق اما پرهزینه مانند نظریه تابع چگالی و پتانسیلهای تجربی سبکتر اما کمدقتتر را پر میکنند. شبکههای عصبی اولیه موفقیتهایی نشان دادند، اما ناتوانی آنها در لحاظ نظاممند برهمکنشهای انرژی بیناتمی کاربردشان را به سیستمهای کوچک محدود کرد. با پیشرفتهای پیوسته در فناوری هوش مصنوعی، روشهای یادگیری ماشین بهطور چشمگیری دقیقتر شدهاند و استفاده از آنها در حوزهٔ علم مواد بهصورت گسترده افزایش یافته است.[۷۴][۷۵][۷۳]
شبکههای عصبی مدرن با ادغام مفاهیم نظری علم مواد در ساختار و پیشپردازش، ساخت پتانسیلهای دقیق و در عین حال سبک از نظر محاسباتی را دگرگون کردهاند. اغلب این مدلها محلیاند و تمام برهمکنشهای میان یک اتم و همسایگانش را تا شعاع برشی مشخص لحاظ میکنند. این شبکههای عصبی معمولاً مختصات اتمی را دریافت کرده و انرژیهای پتانسیل را خروجی میدهند. گاهی مختصات به توابع تقارن یا توابع تقارن زوجی پیشپردازش میشوند تا تقارن سیستم در شبکه رمزگذاری گردد. رمزگذاری تقارن نقش کلیدی در محدود کردن فضای جستجوی شبکه و بهبود دقت این پتانسیلها دارد.[۷۴][۷۶]
در مقابل، شبکههای عصبی انتقال پیام (شبکه عصبی گرافی از نوع MPNN) خودشان توصیفگرها و رمزگذاریهای تقارن را یادمیگیرند. در این روش، مولکولها بهصورت گرافهای سهبعدی مدل شده و ویژگیهای هر اتم در طی بهروزرسانیهای تکراری از طریق پیامرسانی میان اتمها تنظیم میشود؛ سپس از بردار ویژگی هر اتم برای پیشبینی پتانسیل کلی بهره گرفته میشود. در سال ۲۰۱۷، نخستین مدل MPNN – شبکهٔ عصبی تانسور عمیق – برای محاسبهٔ خواص مولکولهای آلی کوچک استفاده شد.[۷۷][۷۴][۷۸]
دستهٔ دیگر از پتانسیلهای یادگیری ماشین، پتانسیل تقریب گاوسی (GAP) است،[۷۹][۸۰] که توصیفگرهای فشردهٔ محیط محلی اتمی را با رگرسیون فرایند گاوسی ترکیب میکند تا سطح انرژی پتانسیل سامانه را بیاموزد.[۸۱][۸۲] چارچوب GAP تاکنون برای توسعهٔ موفق MLIPهای گوناگون برای سیستمهای مختلف — از جمله کربن، سیلیسیم، تنگستن، ژرمانیوم–آنتیموان–تلوریوم (Ge₂Sb₂Te₅)، و فولاد زنگنزن آستنیتی Fe₇Cr₂Ni — استفاده شده است.[۸۳][۸۴][۸۵][۸۶][۸۷][۸۸]
اعتبار پتانسیلهای بیناتمی
[ویرایش]پتانسیلهای کلاسیکی بیناتمی اغلب با هزینهٔ محاسباتی حدود یک میلیون برابر کمتر از روشهای کوانتومی ساده مانند نظریه تابع چگالی، دقتی حتی بالاتر در شبیهسازیها فراهم میکنند.[۴۴] استفاده از پتانسیلهای بیناتمی برای شبیهسازی نانومواد، بیومولکولهای بزرگ و الکترولیتها از چند اتم تا میلیونها اتم در مقیاس حدود ۱۰۰ نانومتر و فراتر توصیه میشود. محدودیت آنها در این است که چگالیهای الکترونی و فرایندهای کوانتومی در مقیاسهای موضعی چندصداتمی را لحاظ نمیکنند. در صورت نیاز، میتوان از روشهای شیمی کوانتومی سطح بالا بهطور موضعی بهره گرفت.[۸۹]
پایداری یک مدل در شرایط متفاوت نسبت به شرایط برازش، معمولاً با میزان «قابلیت انتقال» آن سنجیده میشود.
جستارهای وابسته
[ویرایش]منابع
[ویرایش]- 1 2 M. P. Allen و D. J. Tildesley. Computer Simulation of Liquids. انتشارات آکسفورد، آکسفورد، انگلستان، ۱۹۸۹.
- ↑ D. Frenkel و B. Smit. Understanding molecular simulation: from algorithms to applications. انتشارات آکادمیک، سندیگو، ویرایش دوم، ۲۰۰۲.
- 1 2 3 R. Lesar. Introduction to Computational Materials Science. انتشارات کمبریج، ۲۰۱۳.
- ↑ Brenner, D.W. (2000). "The Art and Science of an Analytic Potential". Physica Status Solidi B. 217 (1): 23–40. Bibcode:2000PSSBR.217...23B. doi:10.1002/(SICI)1521-3951(200001)217:1<23::AID-PSSB23>3.0.CO;2-N. ISSN 0370-1972.
- ↑ N. W. Ashcroft و N. D. Mermin. Solid State Physics. انتشارات Saunders College، فیلادلفیا، ۱۹۷۶.
- 1 2 C. Kittel. Introduction to Solid State Physics. انتشارات John Wiley & Sons، نیویورک، ویرایش سوم، ۱۹۶۸.
- 1 2 Daw, Murray S.; Foiles, Stephen M.; Baskes, Michael I. (1993). "The embedded-atom method: a review of theory and applications". Materials Science Reports. 9 (7–8): 251–310. doi:10.1016/0920-2307(93)90001-U. ISSN 0920-2307.
- ↑ Tersoff J (April 1988). "New empirical approach for the structure and energy of covalent systems". Physical Review B. 37 (12): 6991–7000. Bibcode:1988PhRvB..37.6991T. doi:10.1103/physrevb.37.6991. PMID 9943969.
- ↑ FINNIS, M (2007). "Bond-order potentials through the ages". Progress in Materials Science. 52 (2–3): 133–153. doi:10.1016/j.pmatsci.2006.10.003. ISSN 0079-6425.
- 1 2 Sinnott, Susan B.; Brenner, Donald W. (2012). "Three decades of many-body potentials in materials research". MRS Bulletin. 37 (5): 469–473. Bibcode:2012MRSBu..37..469S. doi:10.1557/mrs.2012.88. ISSN 0883-7694.
- 1 2 Fischer, Johann; Wendland, Martin (October 2023). "On the history of key empirical intermolecular potentials". Fluid Phase Equilibria (به انگلیسی). 573. Bibcode:2023FlPEq.57313876F. doi:10.1016/j.fluid.2023.113876.
- ↑ Beardmore, Keith M.; Grønbech-Jensen, Niels (1 October 1999). "Direct simulation of ion-beam-induced stressing and amorphization of silicon". Physical Review B. 60 (18): 12610–12616. Bibcode:1999PhRvB..6012610B. doi:10.1103/physrevb.60.12610.
- ↑ Albe, Karsten; Nord, J.; Nordlund, K. (2009). "Dynamic charge-transfer bond-order potential for gallium nitride". Philosophical Magazine. 89 (34–36): 3477–3497. Bibcode:2009PMag...89.3477A.
- 1 2 Balamane H, Halicioglu T, Tiller WA (July 1992). "Comparative study of silicon empirical interatomic potentials". Physical Review B. 46 (4): 2250–2279. Bibcode:1992PhRvB..46.2250B. doi:10.1103/physrevb.46.2250.
- ↑ Plimpton SJ, Thompson AP (2012). "Computational aspects of many-body potentials". MRS Bulletin. 37 (5): 513–521. Bibcode:2012MRSBu..37..513P. doi:10.1557/mrs.2012.96.
- 1 2 Shapeev, Alexander V. (2016). "Moment Tensor Potentials: A Class of Systematically Improvable Interatomic Potentials". Multiscale Modeling & Simulation. 14 (3): 1153–1173. doi:10.1137/15M1054183.
- ↑ Lennard-Jones, J. E. (1924). "On the Determination of Molecular Fields". Proc. R. Soc. Lond. A. 106 (738): 463–477. Bibcode:1924RSPSA.106..463J. doi:10.1098/rspa.1924.0082.
- ↑ Lenhard, Johannes; Stephan, Simon; Hasse, Hans (June 2024). "On the History of the Lennard-Jones Potential". Annalen der Physik. 536 (6). doi:10.1002/andp.202400115.
- ↑ Stephan, Simon; Thol, Monika; Vrabec, Jadran; Hasse, Hans (2019-10-28). "Thermophysical Properties of the Lennard-Jones Fluid". Journal of Chemical Information and Modeling. 59 (10): 4248–4265. doi:10.1021/acs.jcim.9b00620.
- ↑ Girifalco, L. A.; Weizer, V. G. (1 April 1959). "Application of the Morse Potential Function to Cubic Metals". Physical Review. 114 (3): 687–690.
- ↑ Feuston, B. P.; Garofalini, S. H. (1988). "Empirical three-body potential for vitreous silica". The Journal of Chemical Physics. 89 (9): 5818–5824.
- ↑ J. F. Ziegler, J. P. Biersack, و U. Littmark. The Stopping and Range of Ions in Matter. انتشارات Pergamon، نیویورک، ۱۹۸۵.
- ↑ Nordlund, K.; Runeberg, N.; Sundholm, D. (1997). "Repulsive interatomic potentials calculated using Hartree-Fock and DFT methods". Nuclear Instruments and Methods B. 132 (1): 45–54.
- ↑ Nordlund, Kai; Lehtola, Susi; Hobler, Gerhard (2025-03-26). "Repulsive interatomic potentials calculated at three levels of theory". Physical Review A. 111 (3). doi:10.1103/PhysRevA.111.032818.
- ↑ Stillinger FH, Weber TA (April 1985). "Computer simulation of local order in condensed phases of silicon". Physical Review B. 31 (8): 5262–5271. doi:10.1103/PhysRevB.31.5262.
- ↑ Ichimura, M. (1996). "Stillinger-Weber potentials for III–V compound semiconductors". Physica Status Solidi A. 153 (2): 431–437.
- ↑ Bazant, M. Z.; Kaxiras, E.; Justo, J. F. (1997). "Environment-dependent interatomic potential for bulk silicon". Phys. Rev. B. 56 (14): 8542.
- 1 2 Justo, João F.; Bazant, Martin Z.; Kaxiras, Efthimios (1 July 1998). "Interatomic potential for silicon defects". Physical Review B. 58 (5): 2539–2550.
- ↑ Foiles SM, Baskes MI, Daw MS (1986). "Embedded-atom-method functions for fcc metals". Physical Review B. 33 (12): 7983–7991.
- ↑ Puska, M. J.; Nieminen, R. M.; Manninen, M. (15 September 1981). "Atoms embedded in an electron gas". Physical Review B. 24 (6): 3037–3047.
- ↑ Finnis, M. W.; Sinclair, J. E. (1984). "A simple empirical N-body potential for transition metals". Philosophical Magazine A. 50 (1): 45–55.
- ↑ Cleri, F.; Rosato, V. (July 1993). "Tight-binding potentials for transition metals and alloys". Physical Review B. 48 (1): 22–33.
- ↑ Tersoff, J. (April 1988). "New empirical approach for the structure and energy of covalent systems". Physical Review B. 37 (12): 6991–7000.
- ↑ Brenner, D. W. (November 1990). "Empirical potential for hydrocarbons". Physical Review B. 42 (15): 9458–9471.
- ↑ Brenner DW (August 1989). "Relationship between the embedded-atom method and Tersoff potentials". Physical Review Letters. 63 (9): 1022. Bibcode:1989PhRvL..63.1022B. doi:10.1103/PhysRevLett.63.1022. PMID 10041250.
- 1 2 3 Albe, Karsten; Nordlund, Kai; Averback, Robert S. (2002). "Modeling the metal-semiconductor interaction: Analytical bond-order potential for platinum-carbon". Physical Review B. 65 (19). Bibcode:2002PhRvB..65s5124A. doi:10.1103/PhysRevB.65.195124. ISSN 0163-1829.
- ↑ de Brito Mota, F.; Justo, J. F.; Fazzio, A. (1998). "Structural properties of amorphous silicon nitride". Phys. Rev. B. 58 (13): 8323. Bibcode:1998PhRvB..58.8323D. doi:10.1103/PhysRevB.58.8323.
- 1 2 Juslin, N.; Erhart, P.; Träskelin, P.; Nord, J.; Henriksson, K. O. E.; Nordlund, K.; Salonen, E.; Albe, K. (15 December 2005). "Analytical interatomic potential for modeling nonequilibrium processes in the W–C–H system". Journal of Applied Physics. 98 (12): 123520–123520–12. Bibcode:2005JAP....98l3520J. doi:10.1063/1.2149492. ISSN 0021-8979. S2CID 8090449.
- 1 2 Erhart, Paul; Juslin, Niklas; Goy, Oliver; Nordlund, Kai; Müller, Ralf; Albe, Karsten (30 June 2006). "Analytic bond-order potential for atomistic simulations of zinc oxide". Journal of Physics: Condensed Matter. 18 (29): 6585–6605. Bibcode:2006JPCM...18.6585E. doi:10.1088/0953-8984/18/29/003. ISSN 0953-8984. S2CID 38072718.
- ↑ Baskes MI (December 1987). "Application of the embedded-atom method to covalent materials: A semiempirical potential for silicon". Physical Review Letters. 59 (23): 2666–2669. Bibcode:1987PhRvL..59.2666B. doi:10.1103/PhysRevLett.59.2666. PMID 10035617.
- ↑ Baskes MI (August 1992). "Modified embedded-atom potentials for cubic materials and impurities". Physical Review B. 46 (5): 2727–2742. Bibcode:1992PhRvB..46.2727B. doi:10.1103/PhysRevB.46.2727. PMID 10003959.
- ↑ Lee, Byeong-Joo; Baskes, M. I. (2000-10-01). "Second nearest-neighbor modified embedded-atom-method potential". Physical Review B. 62 (13): 8564–8567. Bibcode:2000PhRvB..62.8564L. doi:10.1103/PhysRevB.62.8564.
- 1 2 3 Heinz H, Lin TJ, Mishra RK, Emami FS (February 2013). "Thermodynamically consistent force fields for the assembly of inorganic, organic, and biological nanostructures: the INTERFACE force field". Langmuir. 29 (6): 1754–65. doi:10.1021/la3038846. PMID 23276161.
- 1 2 3 Heinz H, Ramezani-Dakhel H (January 2016). "Simulations of inorganic-bioorganic interfaces to discover new materials: insights, comparisons to experiment, challenges, and opportunities". Chemical Society Reviews. 45 (2): 412–48. doi:10.1039/c5cs00890e. PMID 26750724.
- ↑ Mishra, Ratan K.; Mohamed, Aslam Kunhi; Geissbühler, David; Manzano, Hegoi; Jamil, Tariq; Shahsavari, Rouzbeh; Kalinichev, Andrey G.; Galmarini, Sandra; Tao, Lei; Heinz, Hendrik; Pellenq, Roland (December 2017). "A force field database for cementitious materials including validations, applications and opportunities". Cement and Concrete Research (به انگلیسی). 102: 68–89. doi:10.1016/j.cemconres.2017.09.003.
- ↑ Heinz, Hendrik; Lin, Tzu-Jen; Kishore Mishra, Ratan; Emami, Fateme S. (2013-02-12). "Thermodynamically Consistent Force Fields for the Assembly of Inorganic, Organic, and Biological Nanostructures: The INTERFACE Force Field". Langmuir. 29 (6): 1754–1765. doi:10.1021/la3038846. ISSN 0743-7463.
- ↑ Wang J, Wolf RM, Caldwell JW, Kollman PA, Case DA (July 2004). "Development and testing of a general amber force field". Journal of Computational Chemistry. 25 (9): 1157–74. Bibcode:2004JCoCh..25.1157W. doi:10.1002/jcc.20035. PMID 15116359. S2CID 18734898.
- ↑ Huang J, MacKerell AD (September 2013). "CHARMM36 all-atom additive protein force field: validation based on comparison to NMR data". Journal of Computational Chemistry. 34 (25): 2135–45. Bibcode:2013JCoCh..34.2135H. doi:10.1002/jcc.23354. PMC 3800559. PMID 23832629.
- 1 2 Bartók, Albert P.; Kondor, Risi; Csányi, Gábor (2013-05-28). "On representing chemical environments". Physical Review B (به انگلیسی). 87 (18). arXiv:1209.3140. Bibcode:2013PhRvB..87r4115B. doi:10.1103/PhysRevB.87.184115. ISSN 1098-0121. S2CID 118375156.
- ↑ Deringer, Volker L.; Csányi, Gábor (2017-03-03). "Machine learning based interatomic potential for amorphous carbon". Physical Review B (به انگلیسی). 95 (9). arXiv:1611.03277. Bibcode:2017PhRvB..95i4203D. doi:10.1103/PhysRevB.95.094203. ISSN 2469-9950. S2CID 55190594.
- ↑ Behler J, Parrinello M (April 2007). "Generalized neural-network representation of high-dimensional potential-energy surfaces". Physical Review Letters. 98 (14). Bibcode:2007PhRvL..98n6401B. doi:10.1103/PhysRevLett.98.146401. PMID 17501293.
- ↑ Bartók AP, Payne MC, Kondor R, Csányi G (April 2010). "Gaussian approximation potentials: the accuracy of quantum mechanics, without the electrons". Physical Review Letters. 104 (13). arXiv:0910.1019. Bibcode:2010PhRvL.104m6403B. doi:10.1103/PhysRevLett.104.136403. PMID 20481899. S2CID 15918457.
{{cite journal}}: Unknown parameter|article-number=ignored (help) - ↑ Dragoni, Daniele; Daff, Thomas D.; Csányi, Gábor; Marzari, Nicola (2018-01-30). "Achieving DFT accuracy with a machine-learning interatomic potential: Thermomechanics and defects in bcc ferromagnetic iron". Physical Review Materials. 2 (1). arXiv:1706.10229. Bibcode:2018PhRvM...2a3808D. doi:10.1103/PhysRevMaterials.2.013808. hdl:10281/231112. S2CID 119252567.
- ↑ Thompson, A.P.; Swiler, L.P.; Trott, C.R.; Foiles, S.M.; Tucker, G.J. (2015-03-15). "Spectral neighbor analysis method for automated generation of quantum-accurate interatomic potentials". Journal of Computational Physics (به انگلیسی). 285: 316–330. arXiv:1409.3880. Bibcode:2015JCoPh.285..316T. doi:10.1016/j.jcp.2014.12.018.
- ↑ Byggmästar, J.; Hamedani, A.; Nordlund, K.; Djurabekova, F. (2019-10-17). "Machine-learning interatomic potential for radiation damage and defects in tungsten". Physical Review B. 100 (14). arXiv:1908.07330. Bibcode:2019PhRvB.100n4105B. doi:10.1103/PhysRevB.100.144105. hdl:10138/306660. S2CID 201106123.
- ↑ Pun GP, Batra R, Ramprasad R, Mishin Y (May 2019). "Physically informed artificial neural networks for atomistic modeling of materials". Nature Communications. 10 (1). Bibcode:2019NatCo..10.2339P. doi:10.1038/s41467-019-10343-5. PMC 6538760. PMID 31138813.
- ↑ Heinz, Hendrik; Vaia, R. A.; Farmer, B. L.; Naik, R. R. (2008-10-09). "Accurate Simulation of Surfaces and Interfaces of Face-Centered Cubic Metals Using 12−6 and 9−6 Lennard-Jones Potentials". The Journal of Physical Chemistry C. 112 (44): 17281–17290. doi:10.1021/jp801931d. ISSN 1932-7447.
- ↑ Liu, Juan; Tennessen, Emrys; Miao, Jianwei; Huang, Yu; Rondinelli, James M.; Heinz, Hendrik (2018-05-31). "Understanding Chemical Bonding in Alloys and the Representation in Atomistic Simulations". The Journal of Physical Chemistry C. 122 (26): 14996–15009. doi:10.1021/acs.jpcc.8b01891. ISSN 1932-7447. S2CID 51855788.
- 1 2 Nathanson M, Kanhaiya K, Pryor A, Miao J, Heinz H (December 2018). "Atomic-Scale Structure and Stress Release Mechanism in Core-Shell Nanoparticles". ACS Nano. 12 (12): 12296–12304. Bibcode:2018ACSNa..1212296N. doi:10.1021/acsnano.8b06118. PMID 30457827. S2CID 53764446.
- ↑ Ruiz, Victor G.; Liu, Wei; Tkatchenko, Alexandre (2016-01-15). "Density-functional theory with screened van der Waals interactions applied to atomic and molecular adsorbates on close-packed and non-close-packed surfaces". Physical Review B. 93 (3). Bibcode:2016PhRvB..93c5118R. doi:10.1103/physrevb.93.035118. hdl:11858/00-001M-0000-0029-3035-8. ISSN 2469-9950.
- ↑ Ruiz VG, Liu W, Zojer E, Scheffler M, Tkatchenko A (April 2012). "Density-functional theory with screened van der Waals interactions for the modeling of hybrid inorganic-organic systems". Physical Review Letters. 108 (14). Bibcode:2012PhRvL.108n6103R. doi:10.1103/physrevlett.108.146103. hdl:11858/00-001M-0000-000F-C6EA-3. PMID 22540809.
- ↑ Ercolessi, F; Adams, J. B (10 June 1994). "Interatomic Potentials from First-Principles Calculations: The Force-Matching Method". Europhysics Letters. 26 (8): 583–588. arXiv:cond-mat/9306054. Bibcode:1994EL.....26..583E. doi:10.1209/0295-5075/26/8/005. ISSN 0295-5075. S2CID 18043298.
- ↑ Mishin, Y.; Mehl, M. J.; Papaconstantopoulos, D. A. (12 June 2002). "Embedded-atom potential for B2−NiAl". Physical Review B. 65 (22). Bibcode:2002PhRvB..65v4114M. doi:10.1103/physrevb.65.224114. ISSN 0163-1829.
- ↑ Beardmore, Keith; Smith, Roger (1996). "Empirical potentials for C-Si-H systems with application to C60 interactions with Si crystal surfaces". Philosophical Magazine A. 74 (6): 1439–1466. Bibcode:1996PMagA..74.1439B. doi:10.1080/01418619608240734. ISSN 0141-8610.
- ↑ Mishra, Ratan K.; Flatt, Robert J.; Heinz, Hendrik (2013-04-19). "Force Field for Tricalcium Silicate and Insight into Nanoscale Properties: Cleavage, Initial Hydration, and Adsorption of Organic Molecules". The Journal of Physical Chemistry C. 117 (20): 10417–10432. doi:10.1021/jp312815g. ISSN 1932-7447.
- ↑ Ramezani-Dakhel, Hadi; Ruan, Lingyan; Huang, Yu; Heinz, Hendrik (2015-01-21). "Molecular Mechanism of Specific Recognition of Cubic Pt Nanocrystals by Peptides and of the Concentration-Dependent Formation from Seed Crystals". Advanced Functional Materials. 25 (9): 1374–1384. doi:10.1002/adfm.201404136. ISSN 1616-301X. S2CID 94001655.
- ↑ Chen J, Zhu E, Liu J, Zhang S, Lin Z, Duan X, et al. (December 2018). "Building two-dimensional materials one row at a time: Avoiding the nucleation barrier". Science. 362 (6419): 1135–1139. Bibcode:2018Sci...362.1135C. doi:10.1126/science.aau4146. PMID 30523105. S2CID 54456982.
- ↑ Swamy, Varghese; Gale, Julian D. (1 August 2000). "Transferable variable-charge interatomic potential for atomistic simulation of titanium oxides". Physical Review B. 62 (9): 5406–5412. Bibcode:2000PhRvB..62.5406S. doi:10.1103/physrevb.62.5406. ISSN 0163-1829.
- ↑ Aguado, Andrés; Bernasconi, Leonardo; Madden, Paul A. (2002). "A transferable interatomic potential for MgO from ab initio molecular dynamics". Chemical Physics Letters. 356 (5–6): 437–444. Bibcode:2002CPL...356..437A. doi:10.1016/s0009-2614(02)00326-3. ISSN 0009-2614.
- ↑ Technology, U.S. Department of Commerce, National Institute of Standards and. "Interatomic Potentials Repository Project". www.ctcms.nist.gov.
- ↑ "Open Knowledgebase of Interatomic Models (OpenKIM)".
- ↑ Behler, Jörg; Csányi, Gábor (2021-07-19). "Machine learning potentials for extended systems: a perspective". The European Physical Journal B (به انگلیسی). 94 (7): 142. Bibcode:2021EPJB...94..142B. doi:10.1140/epjb/s10051-021-00156-1. ISSN 1434-6036.
- 1 2 Rosenbrock, Conrad W.; Gubaev, Konstantin; Shapeev, Alexander V.; Pártay, Livia B.; Bernstein, Noam; Csányi, Gábor; Hart, Gus L. W. (2021-01-29). "Machine-learned interatomic potentials for alloys and alloy phase diagrams". npj Computational Materials (به انگلیسی). 7 (1): 24. arXiv:1906.07816. Bibcode:2021npjCM...7...24R. doi:10.1038/s41524-020-00477-2. ISSN 2057-3960.
- 1 2 3 Kocer, Emir; Ko, Tsz Wai; Behler, Jorg (2022). "Neural Network Potentials: A Concise Overview of Methods". Annual Review of Physical Chemistry. 73: 163–86. arXiv:2107.03727. Bibcode:2022ARPC...73..163K. doi:10.1146/annurev-physchem-082720-034254. PMID 34982580. S2CID 235765258.
- ↑ Blank, TB; Brown, SD; Calhoun, AW; Doren, DJ (1995). "Neural network models of potential energy surfaces". The Journal of Chemical Physics. 103 (10): 4129–37. Bibcode:1995JChPh.103.4129B. doi:10.1063/1.469597.
- ↑ Behler, J; Parrinello, M (2007). "Generalized neural-network representation of high-dimensional potential-energy surfaces". Physical Review Letters. 148 (14). Bibcode:2007PhRvL..98n6401B. doi:10.1103/PhysRevLett.98.146401. PMID 17501293.
- ↑ Schutt, KT; Arbabzadah, F; Chmiela, S; Muller, KR; Tkatchenko, A (2017). "Quantum-chemical insights from deep tensor neural networks". Nature Communications. 8. arXiv:1609.08259. Bibcode:2017NatCo...813890S. doi:10.1038/ncomms13890. PMC 5228054. PMID 28067221.
- ↑ Takamoto, So; Shinagawa, Chikashi; Motoki, Daisuke; Nakago, Kosuke (May 30, 2022). "Towards universal neural network potential for material discovery applicable to arbitrary combinations of 45 elements". Nature Communications. 13 (1): 2991. arXiv:2106.14583. Bibcode:2022NatCo..13.2991T. doi:10.1038/s41467-022-30687-9. PMC 9151783. PMID 35637178.
- ↑ Anonymous (2010-04-05). "Modeling sans electrons". Physics (به انگلیسی). 3 (13): s48. arXiv:0910.1019. Bibcode:2010PhRvL.104m6403B. doi:10.1103/PhysRevLett.104.136403. PMID 20481899.
- ↑ Bartók, Albert P.; Payne, Mike C.; Kondor, Risi; Csányi, Gábor (2010-04-01). "Gaussian Approximation Potentials: The Accuracy of Quantum Mechanics, without the Electrons". Physical Review Letters. 104 (13). arXiv:0910.1019. Bibcode:2010PhRvL.104m6403B. doi:10.1103/PhysRevLett.104.136403. PMID 20481899.
- ↑ Bartók, Albert P.; Kondor, Risi; Csányi, Gábor (2013-05-28). "On representing chemical environments". Physical Review B. 87 (18). arXiv:1209.3140. Bibcode:2013PhRvB..87r4115B. doi:10.1103/PhysRevB.87.184115.
- ↑ Rasmussen, Carl Edward; Williams, Christopher K. I. (2008). Gaussian processes for machine learning. Adaptive computation and machine learning (3. print ed.). Cambridge, Mass.: MIT Press. ISBN 978-0-262-18253-9.
- ↑ Rowe, Patrick; Deringer, Volker L.; Gasparotto, Piero; Csányi, Gábor; Michaelides, Angelos (2020-07-21). "An accurate and transferable machine learning potential for carbon". The Journal of Chemical Physics. 153 (3): 034702. arXiv:2006.13655. Bibcode:2020JChPh.153c4702R. doi:10.1063/5.0005084. ISSN 0021-9606. PMID 32716159.
- ↑ Deringer, Volker L.; Csányi, Gábor (2017-03-03). "Machine learning based interatomic potential for amorphous carbon". Physical Review B. 95 (9). arXiv:1611.03277. Bibcode:2017PhRvB..95i4203D. doi:10.1103/PhysRevB.95.094203.
- ↑ Bartók, Albert P.; Kermode, James; Bernstein, Noam; Csányi, Gábor (2018-12-14). "Machine Learning a General-Purpose Interatomic Potential for Silicon". Physical Review X. 8 (4). arXiv:1805.01568. Bibcode:2018PhRvX...8d1048B. doi:10.1103/PhysRevX.8.041048.
- ↑ Szlachta, Wojciech J.; Bartók, Albert P.; Csányi, Gábor (2014-09-24). "Accuracy and transferability of Gaussian approximation potential models for tungsten". Physical Review B. 90 (10). Bibcode:2014PhRvB..90j4108S. doi:10.1103/PhysRevB.90.104108.
- ↑ Mocanu, Felix C.; Konstantinou, Konstantinos; Lee, Tae Hoon; Bernstein, Noam; Deringer, Volker L.; Csányi, Gábor; Elliott, Stephen R. (2018-09-27). "Modeling the Phase-Change Memory Material, Ge₂Sb₂Te₅, with a Machine-Learned Interatomic Potential". The Journal of Physical Chemistry B (به انگلیسی). 122 (38): 8998–9006. Bibcode:2018JPCB..122.8998M. doi:10.1021/acs.jpcb.8b06476. ISSN 1520-6106. PMID 30173522.
- ↑ Shenoy, Lakshmi; Woodgate, Christopher D.; Staunton, Julie B.; Bartók, Albert P.; Becquart, Charlotte S.; Domain, Christophe; Kermode, James R. (2024-03-22). "Collinear-spin machine learned interatomic potential for ${\mathrm{Fe}}_{7}{\mathrm{Cr}}_{2}\mathrm{Ni}$ alloy". Physical Review Materials. 8 (3): 033804. arXiv:2309.08689. doi:10.1103/PhysRevMaterials.8.033804.
- ↑ Acevedo O, Jorgensen WL (January 2010). "Advances in quantum and molecular mechanical (QM/MM) simulations for organic and enzymatic reactions". Accounts of Chemical Research. 43 (1): 142–51. doi:10.1021/ar900171c. PMC 2880334. PMID 19728702.