ساماندهی بیان ژن

از ویکی‌پدیا، دانشنامهٔ آزاد
پرش به ناوبری پرش به جستجو
فارسیEnglish
تنظیم بیان ژن توسط گیرنده هورمون استروئیدی.

تنظیم بیان ژن یا ساماندهی ژن به ساز و کارهایی گفته می‌شود که توسط سلول‌ها برای افزایش یا کاهش یک محصول خاص ژن (پروتئین یا آران‌ای) انجام می‌گیرد و به صورت غیررسمی به آن تنظیم ژن گفته می‌شود. هر گامی از بیان ژن از شروع تفسیر تا پردازش آران‌ای و اصلاح پروتئین حاصل از ترجمهٔ آران‌ای می‌تواند تنظیم شود. اغلب در یک شبکهٔ تنظیم ژن، تنظیم‎کنندهٔ ژن‌های مختلف همدیگر را کنترل می‌کند.

تنظیم ژن کاری حیاتی در ویروسها، پروکریوتها و یوکریوتها است چون به سلول‌ها اجازه می‌دهد پروتئین‌های مورد نیاز را در زمان نیاز و به مقدار نیاز تولید کنند و بنابراین به این موجودات قابلیت انعطاف‌پذیری و تطابق‌پذیری با شرایط مختلف محیط را می‌دهد. گرچه در سال ۱۹۵۱، باربارا مک‌کلینتاک تعامل بین دو ناحیهٔ ژنتیکی، فعال‌کننده و جداکننده، را در تشکیل رنگ‌دانه‌های ذرت نشان داد، اکثریت کشف سیستم تنظیم ژن را شناسایی ورزهٔ لاک توسط ژاک مونو می‌دانند، که در آن بعضی آنزیم‌های مشارکت‌کننده در سوخت و ساز لاکتوز در ای. کولای فقط در حضور لاکتوز و نبودن گلوکوز بیان می‌شوند.

در موجودات چند سلولی، تنظیم ژن موجب دگرگونی یاخته و ریخت‌زایی در جنین می‌شود که در نهایت موجب به وجود آمدن نوع سلول‌های مختلف در این موجودات می‌شود که نمایهٔ بیان ژن متفاوتی از یک ژنوم یکسان دارند. این بیانگر نحوهٔ رخ دادن تکامل در سطح مولکولی و اساس توسعهٔ تکاملی در زیست‌شناسی است[۱] .

مراحل تنظیم بیان ژن[ویرایش]

یک سلول در مراحل مختلفی می‌تواند پروتئین‌های تولیدی خود را کنترل کند:[۲]

  1. کنترل زمان و مقدار تفسیر ژن در مرحلهٔ تفسیر
  2. کنترل نحوهٔ پیرایش آران‌ای و پردازش آن
  3. انتخاب این که کدام آران‌ای‌های پیام‌رسان از هسته خارج شوند
  4. از بین بردن بعضی آران‌ای‌های خاص
  5. انتخاب این‌که کدام آران‌ای‌های پیام‌رسان توسط ریبوزوم ترجمه شوند
  6. فعال کردن یا غیرفعال کردن پروتئین‌ها پس از ترجمه

تنظیم بیان ژن در مرحلهٔ تفسیر[ویرایش]

تغییر شیمیایی دی‌ان‌ای[ویرایش]

متیل‌دار کردن دی‌ان‌ای یک فرایند شیمیایی برای خاموش کردن ژن است که حتی در تقسیم سلولی توسط سلول مادر به دختر منتقل می‌شود و یکی از راه‌های حفظ نمایهٔ بیان ژن سلول مادر در سلول دختر است.[۲] دی‌ان‌ای به‌طور معمول توسط آنزیم‌های متیل ترانسفراز روی نوکلئوتید سیتوزین در قسمت دو نوکلئوتیدی سی.جی. (که در صورت تراکم بالای آن در قسمتی از رشتهٔ دی‌ان‌ای به آن قسمت جزیرهٔ سی.جی. هم گفته می‌شود) متیل‌دار می‌شود. تحلیل الگوی متیل‌دار شدن در یک ناحیهٔ داده‌شدهٔ دی‌ان‌ای (که می‌تواند یک راه‌انداز باشد) توسط روشی به نام نگاشت بی‌سولفات انجام می‌شود. در این روش پس‌ماندهای سیتوزین متیل‌دارشده در پالایش بی‌سولفات تغییری نمی‌کند در صورتی که سیتوزین بدون متیل به اوراسیل تبدیل می‌شود. این تفاوت‌ها توسط روش‌های توالی‌یابی دی‌ان‌ای یا روش‌های کمی‌کنندهٔ میزان دگردیسی نقطه‌ای دی‌ان‌ای مثل توالی‌یابی پیروفسفاتی و آرایهٔ متراکم سنجیده می‌شود. الگوهای متیل‌دار شدن غیرعادی مظنون به مشارکت در ایحاد سلول‌های سرطانی هستند[۳] .

تغییر ساختاری دی‌ان‌ای[ویرایش]

در یوکریوت‌ها، میزان دسترسی به ناحیه‌های وسیعی از دی‌ان‌ای به ساختار کروماتین در آن نواحی بستگی دارد. این ساختار می‌تواند در نتیجهٔ تغییر هیستون‌ها - پروتئین‌هایی که رشتهٔ دی‌ان‌ای به دور آن‌ها می‌پیچد تا در ساختار کروماتینی جای بگیرد - توسط متیل‌دار شدن، آران‌ای‌های بدون رمز یا پروتئین‌های پیونددهنده با دی‌ان‌ای تغییر کند. این تغییرات می‌تواند موجب بازشدگی و افزایش میزان دسترسی به دی‌ان‌ای و بنابراین افزایش میزان بیان ژن‌های آن ناحیه یا برعکس شود.

پروتئین‌های پیونددهنده با دی‌ان‌ای[ویرایش]

توالی خاص رشتهٔ دی‌ان‌ای موجب شروع و تنظیم فرایند تفسیر می‌شود. برای شروع تفسیر یک ژن لازم است آنزیم آران‌ای پلیمراز به راه‌انداز آن ژن متصل شود. علاوه بر راه‌انداز تقریباً تمامی ژن‌ها چه در باکتری و چه یوکریوت‌ها توالی‌های دی‌ان‌ای ای دارند که برای روشن یا خاموش کردن بیان آن ژن‌ها به کار می‌رود. بعضی از این توالی‌ها خیلی کوتاه و بعضی خیلی بلند هستند. این توالی‌ها به خودی خود نمی‌توانند کاری انجام دهند. برای اینکه هر تأثیری داشته باشند لازم است که پروتئین‌های خاصی، که به آن‌ها عوامل تنظیم‌کننده گفته می‌شود، این توالی را تشخیص داده و به آن متصل شود. این ترکیب پروتئین‌های متصل به دی‌ان‌ای و دی‌ان‌ای است که بیان ژن‌ها را تنظیم می‌کند. برای اتصال یک پروتئین به توالی دی‌ان‌ای لازم است سطح فضایی پروتئین به صورت کامل با سطح فضایی دی‌ان‌ای در آن ناحیه مطابق باشد؛ بنابراین پروتئین‌های مختلفی توالی‌های مختلفی را شناسایی می‌کنند. پروتئین‌ها با لبه‌های جفت باز توالی دی‌ان‌ای و اغلب بدون خراب کردن پیوند هیدروژنی که خود جفت‌باز را کنار هم نگه می‌دارد، پیوندهایی از نوع هیدروژنی، یونی و آب‌گریز تشکیل می‌دهند. با وجود اینکه هر کدام از این پیوندها به تنهایی ضعیف هستند، تعداد زیادی از این پیوندها بین پروتئین و توالی دی‌ان‌ای برقرار می‌شود و پروتئین را خیلی سفت در جای خود نگه می‌دارد.[۲]

ساز و کارهای متفاوتی برای تنظیم بیان ژن توسط پروتئین‌های تنطیم‌کننده در سلول وجود دارد. در بعضی موارد یک پروتئین یا ترکیب پروتئینی خاص با راه‌انداز ژنی پیوند داده و مانع اتصال پلیمراز به آن راه‌انداز می‌شوند و بنابراین از تفسیر ژن جلوگیری می‌کنند. زمانی که میزان یکی از پروتئین‌های مشارکت‌کننده در این ترکیب پروتئینی بازدارنده در سلول افت کند، این پروتئین از سطح راه‌انداز جدا شده و ژن مجدداً تفسیر می‌شود. یا بعضی توالی‌های راه‌انداز به سختی توسط آنزیم پلیمراز تشخیص داده می‌شوند و وجود پروتئین یا ترکیب پروتئینی خاص متصل شده به آن موجب شناسایی این توالی توسط پلیمراز و متصل شدن به آن می‌شود. در یوکریوت‌ها پروتئین‌های فعال‌کنندهٔ دیگری هم وجود دارند که به منطقه‌ای تا فاصلهٔ چندهزار جفت‌باز از راه‌انداز متصل می‌شوند. به این محل اغلب افزاینده گفته می‌شود چون حضور آن به‌طور قابل ملاحظه‌ای میزان تفسیر را افزایش می‌دهد. مدل‌های مختلفی برای تعامل راه‌انداز و افزاینده از فاصلهٔ دور پیشنهاد شده که ساده‌ترین آن‌ها که به نظر می‌رسد در بیشتر جاها عمل می‌کند مدل حلقه است.[۲] دی‌ان‌ای بین راه‌انداز و افزاینده حلقه می‌شود و آن‌ها را در مقاربت فیزیکی می‌آورد که موجبات تعامل بین آن‌ها را فراهم می‌کند. ترکیب‌های پروتئینی زیادی در این تشکیل حلقه تأثیر دارند و عدم وجود هر کدام از پروتئین‌های دخیل در تشکیل حلقه مانع بیان ژن می‌شود. اما تشکیل حلقه همیشه باعث فعال شدن تفسیر نمی‌شود. در بعضی موارد ترکیب‌های پروتئینی حلقه‌ای حائل بین راه‌انداز و افزاینده تشکیل می‌دهند که مانع برقراری ارتباط بین آن‌دو و باعث سرکوبی ژن می‌شود[۴] . علاوه بر آن توالی دی‌ان‌ای می‌تواند پروتئین‌هایی که موجب تغییر ساختار کروماتین می‌شوند را جذب کند و بدین طریق موجب تغییر ساختار کروماتین و تنظیم بیان ژن شود.

ریز آران‌ای‌ها[ویرایش]

قسمت ترجمه‌نشدهٔ '۳ در آران‌ای پیام‌رسان - قسمتی که درست بعد از کدون خاتمه واقع است - اغلب حاوی توالی‌های تنظیم‌کننده‌ای است که بر روی بیان ژن بعد از تفسیر آن تأثیر می‌گذارد[۵] . چنین قسمت‌های ترجمه‌نشدهٔ '۳ای اغلب حاوی محل اتصال برای ریزآران‌ای‌ها و پروتئین‌های تنظیم‌کننده هستند. ریزآران‌ای با متصل شدن به چنین قسمت‌هایی می‌تواند بیان چندین آران‌ای پیام‌رسان را یا با ممانعت از شروع ترجمه یا با باعث تجزیه شدن - در صورتی که قسمت‌هایی از آران‌ای پیام‌رسان به صورت جفت رشته باشد پروتئین‌های خاصی در سلول آن‌ها را تشخیص داده و تجزیه می‌کنند - کاهش دهد. آزمایش‌های مستقیم نشان می‌دهد که یک ریزآران‌ای می‌تواند پایداری صدها آران‌ای پیام‌رسان یکتا را کاهش دهد[۶] . آزمایش‌های دیگری نشان می‌دهد که یک ریزآران‌ای واحد می‌تواند تولید صدها پروتئین را سرکوب کند[۷][۸] . پروتئین‌های سرکوب‌کننده هم با اتصال به این نواحی می‌توانند مانع از بیان آران‌ای پیام‌رسان شوند.

به نظر می‌رسد تأثیر تنظیم نامناسب بیان ژن توسط ریزآران‌ای در سرطان مهم باشد[۹] . برای مثال در مقاله‌ای در سال ۲۰۱۵، ۹ ریزآران‌ای به عنوان یکی از عوامل سرطان معده و روده شناخته شدند که موجب تغییر و کاهش بیان آنزیم‌های تعمیرکنندهٔ دی‌ان‌ای می‌شدند[۱۰] . به نظر می‌رسد تأثیر تنظیم نامناسب بیان ژن توسط ریزآران‌ای‌ها در اختلالات عصبی-روانی از جمله اسکیزوفرنی، اختلال دو قطبی، اختلال افسردگی اساسی، بیماری پارکینسون، بیماری فراموشی، اوهام‌بینی هم مؤثر باشد[۱۱][۱۲][۱۳] .

تنظیم ترجمه[ویرایش]

ترجمهٔ آران‌ای پیام‌رسان می‌تواند توسط چندین سازوکار و بیشتر در مرحلهٔ شروع ترجمه کنترل شود. به‌کارگیری زیرواحدهای ریبوزومی ریز در فرایند ترجمه می‌تواند توسط ساختار دوم آران‌ای پیام‌رسان، اتصال رشتهٔ مکمل آران‌ای یا با اتصال پروتئین تنظیم شود. در هر دوی پروکریوت‌ها و یوکریوت‌ها، تعداد بسیار زیادی پروتئین متصل شونده به آران‌ای وجود دارد، که اغلب توسط ساختار دوم آران‌ای تفسیر شده به هدفشان متصل می‌شوند. این ساختار می‌تواند تحت شرایط مختلف، برای مثال دمای مختلف یا در حضور یک لیگاند تغییر کند. بعضی از آران‌ای‌های تفسیر شده به عنوان ریبوزیم عمل کرده و بیان خود را کنترل می‌کنند.

تمایز سلول‌های مختلف در جنین[ویرایش]

تمام سلول‌های موجودات چند سلولی از یک سلول تخم به وجود می‌آیند. در ابتدا زیست‌شناسان گمان می‌کردند سلول‌ها در طی تقسیم سلولی و تبدیل به نوع سلول‌های خاص قسمت‌هایی از دی‌ان‌ای خود را از دست می‌دهند و تنها قسمت‌های مورد استفادهٔ آن‌ها باقی می‌ماند و این دلیل عملکرد متفاوت و تمایز سلول‌هاست. در صورتی که ژنوم سلول‌های تمایز یافته قابلیت عملکردی ژنوم سلول تخم را از دست بدهد قادر به ساخت یک موجود کامل از ابتدا نخواهند بود. برای آزمایش این تفکر، هستهٔ سلول پوست یک قورباغهٔ بالغ به داخل تخم آن قورباغه که از قبل هستهٔ آن را برداشته بودند تزریق شد و مشاهده شد که حداقل در مواری تخم به صورت عادی به یک نوزاد قورباغه توسعه می‌یابد. بعدها زیست‌شناسان به این پی بردند که تمامی سلول‌ها ژنوم خود را حفظ می‌کنند و تمایز بین آن‌ها از تفاوت نمایهٔ بیان ژنومشان در اثر انباشته کردن مجموعهٔ متفاوتی از پروتئین‌ها و آران‌ای‌ها در هر سلول حاصل می‌شود؛ بنابراین سلول‌ها با بیان ژن‌های مختلف به میزان متفاوتی عملکرد متفاوتی نشان می‌دهند.[۲]

منابع[ویرایش]

  1. مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا. «Regulation of gene expression». در دانشنامهٔ ویکی‌پدیای انگلیسی، بازبینی‌شده در ۱۰ دی ۱۳۹۵.
  2. ۲٫۰ ۲٫۱ ۲٫۲ ۲٫۳ ۲٫۴ Bray, Alberts; Johnson, Hopkin; Raff, Lewis; Walter, Roberts (2009). Essential Cell Biology (3 ed.). Garland Science.
  3. Vertino PM, Spillare EA, Harris CC, Baylin SB (Apr 1993). "Altered chromosomal methylation patterns accompany oncogene-induced transformation of human bronchial epithelial cells" (PDF). Cancer Research. 53 (7): 1684–9. PMID 8453642.
  4. Kaduke, Stephan; Blobel, Gerd A (2009). "Chromatin loops in gene regulation". Biochim Biophy Acta. 1789 (1): 17-25. doi:10.1016/j.bbagrm.2008.07.002. Unknown parameter |ماه= ignored (help)
  5. Ogorodnikov A, Kargapolva Y, Danckwardt S (2016). "Processing and transcriptome expansion at the mRNA 3′ end in health and disease: finding the right end". Eur J Physiol. 468: 993–1012. doi:10.1007/s00424-016-1828-3. PMC 4893057. PMID 27220521
  6. Lim LP, Lau NC, Garrett-Engele P, Grimson A, Schelter JM, Castle J, Bartel DP, Linsley PS, Johnson JM (Feb 2005). "Microarray analysis shows that some microRNAs downregulate large numbers of target mRNAs". Nature. 433 (7027): 769–73. Bibcode:2005Natur.433..769L. doi:10.1038/nature03315. PMID 15685193
  7. Selbach M, Schwanhäusser B, Thierfelder N, Fang Z, Khanin R, Rajewsky N (Sep 2008). "Widespread changes in protein synthesis induced by microRNAs". Nature. 455 (7209): 58–63. doi:10.1038/nature07228. PMID 18668040
  8. Baek D, Villén J, Shin C, Camargo FD, Gygi SP, Bartel DP (Sep 2008). "The impact of microRNAs on protein output". Nature. 455 (7209): 64–71. doi:10.1038/nature07242. PMC 2745094. PMID 18668037
  9. Palmero EI, de Campos SG, Campos M, de Souza NC, Guerreiro ID, Carvalho AL, Marques MM (Jul 2011). "Mechanisms and role of microRNA deregulation in cancer onset and progression". Genetics and Molecular Biology. 34 (3): 363–70. doi:10.1590/S1415-47572011000300001. PMC 3168173. PMID 21931505
  10. Bernstein C, Bernstein H (May 2015). "Epigenetic reduction of DNA repair in progression to gastrointestinal cancer". World Journal of Gastrointestinal Oncology. 7 (5): 30–46. doi:10.4251/wjgo.v7.i5.30. PMC 4434036. PMID 25987950
  11. Maffioletti E, Tardito D, Gennarelli M, Bocchio-Chiavetto L (2014). "Micro spies from the brain to the periphery: new clues from studies on microRNAs in neuropsychiatric disorders". Frontiers in Cellular Neuroscience. 8: 75. doi:10.3389/fncel.2014.00075. PMC 3949217. PMID 24653674
  12. Mellios N, Sur M (2012). "The Emerging Role of microRNAs in Schizophrenia and Autism Spectrum Disorders". Frontiers in Psychiatry. 3: 39. doi:10.3389/fpsyt.2012.00039. PMC 3336189. PMID 22539927
  13. Geaghan M, Cairns MJ (Aug 2015). "MicroRNA and Posttranscriptional Dysregulation in Psychiatry". Biological Psychiatry. 78 (4): 231–9. doi:10.1016/j.biopsych.2014.12.009. PMID 25636176
Regulation of gene expression by a hormone receptor
Diagram showing at which stages in the DNA-mRNA-protein pathway expression can be controlled

Regulation of gene expression, or gene regulation,[1] includes a wide range of mechanisms that are used by cells to increase or decrease the production of specific gene products (protein or RNA). Sophisticated programs of gene expression are widely observed in biology, for example to trigger developmental pathways, respond to environmental stimuli, or adapt to new food sources. Virtually any step of gene expression can be modulated, from transcriptional initiation, to RNA processing, and to the post-translational modification of a protein. Often, one gene regulator controls another, and so on, in a gene regulatory network.

Gene regulation is essential for viruses, prokaryotes and eukaryotes as it increases the versatility and adaptability of an organism by allowing the cell to express protein when needed. Although as early as 1951, Barbara McClintock showed interaction between two genetic loci, Activator (Ac) and Dissociator (Ds), in the color formation of maize seeds, the first discovery of a gene regulation system is widely considered to be the identification in 1961 of the lac operon, discovered by François Jacob and Jacques Monod, in which some enzymes involved in lactose metabolism are expressed by E. coli only in the presence of lactose and absence of glucose.

In multicellular organisms, gene regulation drives cellular differentiation and morphogenesis in the embryo, leading to the creation of different cell types that possess different gene expression profiles from the same genome sequence. Although this does not explain how gene regulation originated, evolutionary biologists include it as a partial explanation of how evolution works at a molecular level, and it is central to the science of evolutionary developmental biology ("evo-devo").

Regulated stages of gene expression

Any step of gene expression may be modulated, from the DNA-RNA transcription step to post-translational modification of a protein. The following is a list of stages where gene expression is regulated, the most extensively utilised point is Transcription Initiation:

Modification of DNA

In eukaryotes, the accessibility of large regions of DNA can depend on its chromatin structure, which can be altered as a result of histone modifications directed by DNA methylation, ncRNA, or DNA-binding protein. Hence these modifications may up or down regulate the expression of a gene. Some of these modifications that regulate gene expression are inheritable and are referred to as epigenetic regulation.

Structural

Transcription of DNA is dictated by its structure. In general, the density of its packing is indicative of the frequency of transcription. Octameric protein complexes called nucleosomes are responsible for the amount of supercoiling of DNA, and these complexes can be temporarily modified by processes such as phosphorylation or more permanently modified by processes such as methylation. Such modifications are considered to be responsible for more or less permanent changes in gene expression levels.[2]

Chemical

Methylation of DNA is a common method of gene silencing. DNA is typically methylated by methyltransferase enzymes on cytosine nucleotides in a CpG dinucleotide sequence (also called "CpG islands" when densely clustered). Analysis of the pattern of methylation in a given region of DNA (which can be a promoter) can be achieved through a method called bisulfite mapping. Methylated cytosine residues are unchanged by the treatment, whereas unmethylated ones are changed to uracil. The differences are analyzed by DNA sequencing or by methods developed to quantify SNPs, such as Pyrosequencing (Biotage) or MassArray (Sequenom), measuring the relative amounts of C/T at the CG dinucleotide. Abnormal methylation patterns are thought to be involved in oncogenesis.[3]

Histone acetylation is also an important process in transcription. Histone acetyltransferase enzymes (HATs) such as CREB-binding protein also dissociate the DNA from the histone complex, allowing transcription to proceed. Often, DNA methylation and histone deacetylation work together in gene silencing. The combination of the two seems to be a signal for DNA to be packed more densely, lowering gene expression.[citation needed]

Regulation of transcription

1: RNA Polymerase, 2: Repressor, 3: Promoter, 4: Operator, 5: Lactose, 6: lacZ, 7: lacY, 8: lacA. Top: The gene is essentially turned off. There is no lactose to inhibit the repressor, so the repressor binds to the operator, which obstructs the RNA polymerase from binding to the promoter and making lactase. Bottom: The gene is turned on. Lactose is inhibiting the repressor, allowing the RNA polymerase to bind with the promoter, and express the genes, which synthesize lactase. Eventually, the lactase will digest all of the lactose, until there is none to bind to the repressor. The repressor will then bind to the operator, stopping the manufacture of lactase.

Regulation of transcription thus controls when transcription occurs and how much RNA is created. Transcription of a gene by RNA polymerase can be regulated by several mechanisms. Specificity factors alter the specificity of RNA polymerase for a given promoter or set of promoters, making it more or less likely to bind to them (i.e., sigma factors used in prokaryotic transcription). Repressors bind to the Operator, coding sequences on the DNA strand that are close to or overlapping the promoter region, impeding RNA polymerase's progress along the strand, thus impeding the expression of the gene. The image to the right demonstrates regulation by a repressor in the lac operon. General transcription factors position RNA polymerase at the start of a protein-coding sequence and then release the polymerase to transcribe the mRNA. Activators enhance the interaction between RNA polymerase and a particular promoter, encouraging the expression of the gene. Activators do this by increasing the attraction of RNA polymerase for the promoter, through interactions with subunits of the RNA polymerase or indirectly by changing the structure of the DNA. Enhancers are sites on the DNA helix that are bound by activators in order to loop the DNA bringing a specific promoter to the initiation complex. Enhancers are much more common in eukaryotes than prokaryotes, where only a few examples exist (to date).[4] Silencers are regions of DNA sequences that, when bound by particular transcription factors, can silence expression of the gene.

Regulation of transcription in cancer

In vertebrates, the majority of gene promoters contain a CpG island with numerous CpG sites.[5] When many of a gene's promoter CpG sites are methylated the gene becomes silenced.[6] Colorectal cancers typically have 3 to 6 driver mutations and 33 to 66 hitchhiker or passenger mutations.[7] However, transcriptional silencing may be of more importance than mutation in causing progression to cancer. For example, in colorectal cancers about 600 to 800 genes are transcriptionally silenced by CpG island methylation (see regulation of transcription in cancer). Transcriptional repression in cancer can also occur by other epigenetic mechanisms, such as altered expression of microRNAs.[8] In breast cancer, transcriptional repression of BRCA1 may occur more frequently by over-expressed microRNA-182 than by hypermethylation of the BRCA1 promoter (see Low expression of BRCA1 in breast and ovarian cancers).

Regulation of transcription in addiction

One of the cardinal features of addiction is its persistence. The persistent behavioral changes appear to be due to long-lasting changes, resulting from epigenetic alterations affecting gene expression, within particular regions of the brain.[9] Drugs of abuse cause three types of epigenetic alteration in the brain. These are (1) histone acetylations and histone methylations, (2) DNA methylation at CpG sites, and (3) epigenetic downregulation or upregulation of microRNAs.[9][10] (See Epigenetics of cocaine addiction for some details.)

Chronic nicotine intake in mice alters brain cell epigenetic control of gene expression through acetylation of histones. This increases expression in the brain of the protein FosB, important in addiction.[11] Cigarette addiction was also studied in about 16,000 humans, including never smokers, current smokers, and those who had quit smoking for up to 30 years.[12] In blood cells, more than 18,000 CpG sites (of the roughly 450,000 analyzed CpG sites in the genome) had frequently altered methylation among current smokers. These CpG sites occurred in over 7,000 genes, or roughly a third of known human genes. The majority of the differentially methylated CpG sites returned to the level of never-smokers within five years of smoking cessation. However, 2,568 CpGs among 942 genes remained differentially methylated in former versus never smokers. Such remaining epigenetic changes can be viewed as “molecular scars”[10] that may affect gene expression.

In rodent models, drugs of abuse, including cocaine,[13] methampheamine,[14][15] alcohol[16] and tobacco smoke products,[17] all cause DNA damage in the brain. During repair of DNA damages some individual repair events can alter the methylation of DNA and/or the acetylations or methylations of histones at the sites of damage, and thus can contribute to leaving an epigenetic scar on chromatin.[18]

Such epigenetic scars likely contribute to the persistent epigenetic changes found in addiction.

Post-transcriptional regulation

After the DNA is transcribed and mRNA is formed, there must be some sort of regulation on how much the mRNA is translated into proteins. Cells do this by modulating the capping, splicing, addition of a Poly(A) Tail, the sequence-specific nuclear export rates, and, in several contexts, sequestration of the RNA transcript. These processes occur in eukaryotes but not in prokaryotes. This modulation is a result of a protein or transcript that, in turn, is regulated and may have an affinity for certain sequences.

Three prime untranslated regions and microRNAs

Three prime untranslated regions (3'-UTRs) of messenger RNAs (mRNAs) often contain regulatory sequences that post-transcriptionally influence gene expression.[19] Such 3'-UTRs often contain both binding sites for microRNAs (miRNAs) as well as for regulatory proteins. By binding to specific sites within the 3'-UTR, miRNAs can decrease gene expression of various mRNAs by either inhibiting translation or directly causing degradation of the transcript. The 3'-UTR also may have silencer regions that bind repressor proteins that inhibit the expression of a mRNA.

The 3'-UTR often contains miRNA response elements (MREs). MREs are sequences to which miRNAs bind. These are prevalent motifs within 3'-UTRs. Among all regulatory motifs within the 3'-UTRs (e.g. including silencer regions), MREs make up about half of the motifs.

As of 2014, the miRBase web site,[20] an archive of miRNA sequences and annotations, listed 28,645 entries in 233 biologic species. Of these, 1,881 miRNAs were in annotated human miRNA loci. miRNAs were predicted to have an average of about four hundred target mRNAs (affecting expression of several hundred genes).[21] Freidman et al.[21] estimate that >45,000 miRNA target sites within human mRNA 3'-UTRs are conserved above background levels, and >60% of human protein-coding genes have been under selective pressure to maintain pairing to miRNAs.

Direct experiments show that a single miRNA can reduce the stability of hundreds of unique mRNAs.[22] Other experiments show that a single miRNA may repress the production of hundreds of proteins, but that this repression often is relatively mild (less than 2-fold).[23][24]

The effects of miRNA dysregulation of gene expression seem to be important in cancer.[25] For instance, in gastrointestinal cancers, a 2015 paper identified nine miRNAs as epigenetically altered and effective in down-regulating DNA repair enzymes.[26]

The effects of miRNA dysregulation of gene expression also seem to be important in neuropsychiatric disorders, such as schizophrenia, bipolar disorder, major depressive disorder, Parkinson's disease, Alzheimer's disease and autism spectrum disorders.[27][28][29]

Regulation of translation

The translation of mRNA can also be controlled by a number of mechanisms, mostly at the level of initiation. Recruitment of the small ribosomal subunit can indeed be modulated by mRNA secondary structure, antisense RNA binding, or protein binding. In both prokaryotes and eukaryotes, a large number of RNA binding proteins exist, which often are directed to their target sequence by the secondary structure of the transcript, which may change depending on certain conditions, such as temperature or presence of a ligand (aptamer). Some transcripts act as ribozymes and self-regulate their expression.

Examples of gene regulation

  • Enzyme induction is a process in which a molecule (e.g., a drug) induces (i.e., initiates or enhances) the expression of an enzyme.
  • The induction of heat shock proteins in the fruit fly Drosophila melanogaster.
  • The Lac operon is an interesting example of how gene expression can be regulated.
  • Viruses, despite having only a few genes, possess mechanisms to regulate their gene expression, typically into an early and late phase, using collinear systems regulated by anti-terminators (lambda phage) or splicing modulators (HIV).
  • Gal4 is a transcriptional activator that controls the expression of GAL1, GAL7, and GAL10 (all of which code for the metabolic of galactose in yeast). The GAL4/UAS system has been used in a variety of organisms across various phyla to study gene expression.[30]

Developmental biology

A large number of studied regulatory systems come from developmental biology. Examples include:

  • The colinearity of the Hox gene cluster with their nested antero-posterior patterning
  • Pattern generation of the hand (digits - interdigits): the gradient of sonic hedgehog (secreted inducing factor) from the zone of polarizing activity in the limb, which creates a gradient of active Gli3, which activates Gremlin, which inhibits BMPs also secreted in the limb, results in the formation of an alternating pattern of activity as a result of this reaction-diffusion system.
  • Somitogenesis is the creation of segments (somites) from a uniform tissue (Pre-somitic Mesoderm). They are formed sequentially from anterior to posterior. This is achieved in amniotes possibly by means of two opposing gradients, Retinoic acid in the anterior (wavefront) and Wnt and Fgf in the posterior, coupled to an oscillating pattern (segmentation clock) composed of FGF + Notch and Wnt in antiphase.[31]
  • Sex determination in the soma of a Drosophila requires the sensing of the ratio of autosomal genes to sex chromosome-encoded genes, which results in the production of sexless splicing factor in females, resulting in the female isoform of doublesex.[32]

Circuitry

Up-regulation and down-regulation

Up-regulation is a process that occurs within a cell triggered by a signal (originating internal or external to the cell), which results in increased expression of one or more genes and as a result the protein(s) encoded by those genes. Conversely, down-regulation is a process resulting in decreased gene and corresponding protein expression.

  • Up-regulation occurs, for example, when a cell is deficient in some kind of receptor. In this case, more receptor protein is synthesized and transported to the membrane of the cell and, thus, the sensitivity of the cell is brought back to normal, reestablishing homeostasis.
  • Down-regulation occurs, for example, when a cell is overstimulated by a neurotransmitter, hormone, or drug for a prolonged period of time, and the expression of the receptor protein is decreased in order to protect the cell (see also tachyphylaxis).

Inducible vs. repressible systems

Gene Regulation can be summarized by the response of the respective system:

  • Inducible systems - An inducible system is off unless there is the presence of some molecule (called an inducer) that allows for gene expression. The molecule is said to "induce expression". The manner by which this happens is dependent on the control mechanisms as well as differences between prokaryotic and eukaryotic cells.
  • Repressible systems - A repressible system is on except in the presence of some molecule (called a corepressor) that suppresses gene expression. The molecule is said to "repress expression". The manner by which this happens is dependent on the control mechanisms as well as differences between prokaryotic and eukaryotic cells.

The GAL4/UAS system is an example of both an inducible and repressible system. Gal4 binds an upstream activation sequence (UAS) to activate the transcription of the GAL1/GAL7/GAL10 cassette. On the other hand, a MIG1 response to the presence of glucose can inhibit GAL4 and therefore stop the expression of the GAL1/GAL7/GAL10 cassette.[33]

Theoretical circuits

  • Repressor/Inducer: an activation of a sensor results in the change of expression of a gene
  • negative feedback: the gene product downregulates its own production directly or indirectly, which can result in
    • keeping transcript levels constant/proportional to a factor
    • inhibition of run-away reactions when coupled with a positive feedback loop
    • creating an oscillator by taking advantage in the time delay of transcription and translation, given that the mRNA and protein half-life is shorter
  • positive feedback: the gene product upregulates its own production directly or indirectly, which can result in
    • signal amplification
    • bistable switches when two genes inhibit each other and both have positive feedback
    • pattern generation

Study methods

In general, most experiments investigating differential expression used whole cell extracts of RNA, called steady-state levels, to determine which genes changed and by how much. These are, however, not informative of where the regulation has occurred and may mask conflicting regulatory processes (see post-transcriptional regulation), but it is still the most commonly analysed (quantitative PCR and DNA microarray).

When studying gene expression, there are several methods to look at the various stages. In eukaryotes these include:

  • The local chromatin environment of the region can be determined by ChIP-chip analysis by pulling down RNA Polymerase II, Histone 3 modifications, Trithorax-group protein, Polycomb-group protein, or any other DNA-binding element to which a good antibody is available.
  • Epistatic interactions can be investigated by synthetic genetic array analysis
  • Due to post-transcriptional regulation, transcription rates and total RNA levels differ significantly. To measure the transcription rates nuclear run-on assays can be done and newer high-throughput methods are being developed, using thiol labelling instead of radioactivity.[34]
  • Only 5% of the RNA polymerised in the nucleus exits,[35] and not only introns, abortive products, and non-sense transcripts are degradated. Therefore, the differences in nuclear and cytoplasmic levels can be see by separating the two fractions by gentle lysis.[36]
  • Alternative splicing can be analysed with a splicing array or with a tiling array (see DNA microarray).
  • All in vivo RNA is complexed as RNPs. The quantity of transcripts bound to specific protein can be also analysed by RIP-Chip. For example, DCP2 will give an indication of sequestered protein; ribosome-bound gives and indication of transcripts active in transcription (although a more dated method, called polysome fractionation, is still popular in some labs)
  • Protein levels can be analysed by Mass spectrometry, which can be compared only to quantitative PCR data, as microarray data is relative and not absolute.
  • RNA and protein degradation rates are measured by means of transcription inhibitors (actinomycin D or α-amanitin) or translation inhibitors (Cycloheximide), respectively.

See also

Notes and references

  1. ^ Reference, Genetics Home. "Can genes be turned on and off in cells?". Genetics Home Reference.
  2. ^ Bell JT, Pai AA, Pickrell JK, Gaffney DJ, Pique-Regi R, Degner JF, et al. (2011). "DNA methylation patterns associate with genetic and gene expression variation in HapMap cell lines". Genome Biology. 12 (1): R10. doi:10.1186/gb-2011-12-1-r10. PMC 3091299. PMID 21251332.
  3. ^ Vertino PM, Spillare EA, Harris CC, Baylin SB (April 1993). "Altered chromosomal methylation patterns accompany oncogene-induced transformation of human bronchial epithelial cells" (PDF). Cancer Research. 53 (7): 1684–9. PMID 8453642.
  4. ^ Austin S, Dixon R (June 1992). "The prokaryotic enhancer binding protein NTRC has an ATPase activity which is phosphorylation and DNA dependent". The EMBO Journal. 11 (6): 2219–28. doi:10.1002/j.1460-2075.1992.tb05281.x. PMC 556689. PMID 1534752.
  5. ^ Saxonov S, Berg P, Brutlag DL (January 2006). "A genome-wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (5): 1412–7. Bibcode:2006PNAS..103.1412S. doi:10.1073/pnas.0510310103. PMC 1345710. PMID 16432200.
  6. ^ Bird A (January 2002). "DNA methylation patterns and epigenetic memory". Genes & Development. 16 (1): 6–21. doi:10.1101/gad.947102. PMID 11782440.
  7. ^ Vogelstein B, Papadopoulos N, Velculescu VE, Zhou S, Diaz LA, Kinzler KW (March 2013). "Cancer genome landscapes". Science. 339 (6127): 1546–58. Bibcode:2013Sci...339.1546V. doi:10.1126/science.1235122. PMC 3749880. PMID 23539594.
  8. ^ Tessitore A, Cicciarelli G, Del Vecchio F, Gaggiano A, Verzella D, Fischietti M, et al. (2014). "MicroRNAs in the DNA Damage/Repair Network and Cancer". International Journal of Genomics. 2014: 820248. doi:10.1155/2014/820248. PMC 3926391. PMID 24616890.
  9. ^ a b Nestler EJ (January 2014). "Epigenetic mechanisms of drug addiction". Neuropharmacology. 76 Pt B: 259–68. doi:10.1016/j.neuropharm.2013.04.004. PMC 3766384. PMID 23643695.
  10. ^ a b Robison AJ, Nestler EJ (October 2011). "Transcriptional and epigenetic mechanisms of addiction". Nature Reviews. Neuroscience. 12 (11): 623–37. doi:10.1038/nrn3111. PMC 3272277. PMID 21989194.
  11. ^ Levine A, Huang Y, Drisaldi B, Griffin EA, Pollak DD, Xu S, et al. (November 2011). "Molecular mechanism for a gateway drug: epigenetic changes initiated by nicotine prime gene expression by cocaine". Science Translational Medicine. 3 (107): 107ra109. doi:10.1126/scitranslmed.3003062. PMC 4042673. PMID 22049069.
  12. ^ Joehanes R, Just AC, Marioni RE, Pilling LC, Reynolds LM, Mandaviya PR, et al. (October 2016). "Epigenetic Signatures of Cigarette Smoking". Circulation: Cardiovascular Genetics. 9 (5): 436–447. doi:10.1161/CIRCGENETICS.116.001506. PMC 5267325. PMID 27651444.
  13. ^ de Souza MF, Gonçales TA, Steinmetz A, Moura DJ, Saffi J, Gomez R, Barros HM (April 2014). "Cocaine induces DNA damage in distinct brain areas of female rats under different hormonal conditions". Clinical and Experimental Pharmacology & Physiology. 41 (4): 265–9. doi:10.1111/1440-1681.12218. PMID 24552452.
  14. ^ Johnson Z, Venters J, Guarraci FA, Zewail-Foote M (June 2015). "Methamphetamine induces DNA damage in specific regions of the female rat brain". Clinical and Experimental Pharmacology & Physiology. 42 (6): 570–5. doi:10.1111/1440-1681.12404. PMID 25867833.
  15. ^ Tokunaga I, Ishigami A, Kubo S, Gotohda T, Kitamura O (August 2008). "The peroxidative DNA damage and apoptosis in methamphetamine-treated rat brain". The Journal of Medical Investigation. 55 (3–4): 241–5. doi:10.2152/jmi.55.241. PMID 18797138.
  16. ^ Rulten SL, Hodder E, Ripley TL, Stephens DN, Mayne LV (July 2008). "Alcohol induces DNA damage and the Fanconi anemia D2 protein implicating FANCD2 in the DNA damage response pathways in brain". Alcoholism, Clinical and Experimental Research. 32 (7): 1186–96. doi:10.1111/j.1530-0277.2008.00673.x. PMID 18482162.
  17. ^ Adhami N, Chen Y, Martins-Green M (October 2017). "Biomarkers of disease can be detected in mice as early as 4 weeks after initiation of exposure to third-hand smoke levels equivalent to those found in homes of smokers". Clinical Science. 131 (19): 2409–2426. doi:10.1042/CS20171053. PMID 28912356.
  18. ^ Dabin J, Fortuny A, Polo SE (June 2016). "Epigenome Maintenance in Response to DNA Damage". Molecular Cell. 62 (5): 712–27. doi:10.1016/j.molcel.2016.04.006. PMC 5476208. PMID 27259203.
  19. ^ Ogorodnikov A, Kargapolova Y, Danckwardt S (June 2016). "Processing and transcriptome expansion at the mRNA 3' end in health and disease: finding the right end". Pflügers Archiv. 468 (6): 993–1012. doi:10.1007/s00424-016-1828-3. PMC 4893057. PMID 27220521.
  20. ^ miRBase.org
  21. ^ a b Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP (January 2009). "Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs". Genome Research. 19 (1): 92–105. doi:10.1101/gr.082701.108. PMC 2612969. PMID 18955434.
  22. ^ Lim LP, Lau NC, Garrett-Engele P, Grimson A, Schelter JM, Castle J, et al. (February 2005). "Microarray analysis shows that some microRNAs downregulate large numbers of target mRNAs". Nature. 433 (7027): 769–73. Bibcode:2005Natur.433..769L. doi:10.1038/nature03315. PMID 15685193.
  23. ^ Selbach M, Schwanhäusser B, Thierfelder N, Fang Z, Khanin R, Rajewsky N (September 2008). "Widespread changes in protein synthesis induced by microRNAs". Nature. 455 (7209): 58–63. Bibcode:2008Natur.455...58S. doi:10.1038/nature07228. PMID 18668040.
  24. ^ Baek D, Villén J, Shin C, Camargo FD, Gygi SP, Bartel DP (September 2008). "The impact of microRNAs on protein output". Nature. 455 (7209): 64–71. Bibcode:2008Natur.455...64B. doi:10.1038/nature07242. PMC 2745094. PMID 18668037.
  25. ^ Palmero EI, de Campos SG, Campos M, de Souza NC, Guerreiro ID, Carvalho AL, Marques MM (July 2011). "Mechanisms and role of microRNA deregulation in cancer onset and progression". Genetics and Molecular Biology. 34 (3): 363–70. doi:10.1590/S1415-47572011000300001. PMC 3168173. PMID 21931505.
  26. ^ Bernstein C, Bernstein H (May 2015). "Epigenetic reduction of DNA repair in progression to gastrointestinal cancer". World Journal of Gastrointestinal Oncology. 7 (5): 30–46. doi:10.4251/wjgo.v7.i5.30. PMC 4434036. PMID 25987950.
  27. ^ Maffioletti E, Tardito D, Gennarelli M, Bocchio-Chiavetto L (2014). "Micro spies from the brain to the periphery: new clues from studies on microRNAs in neuropsychiatric disorders". Frontiers in Cellular Neuroscience. 8: 75. doi:10.3389/fncel.2014.00075. PMC 3949217. PMID 24653674.
  28. ^ Mellios N, Sur M (2012). "The Emerging Role of microRNAs in Schizophrenia and Autism Spectrum Disorders". Frontiers in Psychiatry. 3: 39. doi:10.3389/fpsyt.2012.00039. PMC 3336189. PMID 22539927.
  29. ^ Geaghan M, Cairns MJ (August 2015). "MicroRNA and Posttranscriptional Dysregulation in Psychiatry". Biological Psychiatry. 78 (4): 231–9. doi:10.1016/j.biopsych.2014.12.009. PMID 25636176.
  30. ^ Barnett JA (July 2004). "A history of research on yeasts 7: enzymic adaptation and regulation". Yeast. 21 (9): 703–46. doi:10.1002/yea.1113. PMID 15282797.
  31. ^ Dequéant ML, Pourquié O (May 2008). "Segmental patterning of the vertebrate embryonic axis". Nature Reviews. Genetics. 9 (5): 370–82. doi:10.1038/nrg2320. PMID 18414404.
  32. ^ Gilbert SF (2003). Developmental biology, 7th ed., Sunderland, Mass: Sinauer Associates, 65–6. ISBN 0-87893-258-5.
  33. ^ Nehlin JO, Carlberg M, Ronne H (November 1991). "Control of yeast GAL genes by MIG1 repressor: a transcriptional cascade in the glucose response". The EMBO Journal. 10 (11): 3373–7. doi:10.1002/j.1460-2075.1991.tb04901.x. PMC 453065. PMID 1915298.
  34. ^ Cheadle C, Fan J, Cho-Chung YS, Werner T, Ray J, Do L, et al. (May 2005). "Control of gene expression during T cell activation: alternate regulation of mRNA transcription and mRNA stability". BMC Genomics. 6: 75. doi:10.1186/1471-2164-6-75. PMC 1156890. PMID 15907206.
  35. ^ Jackson DA, Pombo A, Iborra F (February 2000). "The balance sheet for transcription: an analysis of nuclear RNA metabolism in mammalian cells". FASEB Journal. 14 (2): 242–54. doi:10.1096/fasebj.14.2.242. PMID 10657981.
  36. ^ Schwanekamp JA, Sartor MA, Karyala S, Halbleib D, Medvedovic M, Tomlinson CR (2006). "Genome-wide analyses show that nuclear and cytoplasmic RNA levels are differentially affected by dioxin". Biochimica et Biophysica Acta. 1759 (8–9): 388–402. doi:10.1016/j.bbaexp.2006.07.005. PMID 16962184.

Bibliography

External links