جی‌مول

از ویکی‌پدیا، دانشنامهٔ آزاد
پرش به ناوبری پرش به جستجو
فارسیEnglish
Jmol
J(S)mol logo 2013.svg
Jmol screenshot streptavidin.png
نمایی از مولکول طراحی شده در فضای سه بعدی توسط برنامه جی‌مل
انتشار پایدار۱۲٫۲٫۲۴
انتشار پیش‌نمایش۱۲٫۲٫۲۳
نوشته‌شده بهجاوا
سیستم‌عاملچندسکویی
پروانهگنو ال‌جی‌پی‌ال

جی‌مُل (به انگلیسی: Jmol) نرم‌افزاری متن‌باز و نوشته شده با زبان جاوا برای نمایش ساختار سه‌بعدی مولکول‌های شیمیایی است که نیازی به تقویت‌کننده‌های سه‌بعدی برای کامپیوترهای شخصی ندارد. جی‌مل ساختار فیزیکی مولکول‌ها را به حالت سه‌بعدی و قابل درک تبدیل می‌کند که در آموزش، مطالعات و تحقیقات علمی و حتی خطرناک همچون آزمایش‌های شیمیایی کاربردی وسیع دارد. این نرم‌افزار که با زبان برنامه‌نویسی جاوا نوشته شده در سیستم عامل‌های ویندوز، مکینتاش اواس، لینوکس و یونیکس قابل اجرا می‌باشد.

این برنامه یک نرم‌افزار آزاد و متن‌باز است. مستقل بودن و قابلیت توسعه و به‌روزرسانی این نرم‌افزار مهم بوده و نیز امکان یکپارچه شدن با دیگر نرم‌افزارهای جاوا همچون بیوکلیپس و تاورنا را دارد.

یکی از قابلیت‌های محبوب آن وجود برنامکی است که امکان اجرای مولکول‌های طراحی شده در برنامه را در صفحه‌های اینترنتی به روش‌های مختلف امکان‌پذیر می‌کند. به عنوان مثال مولکول‌ها را می‌توان به صورت «توپ و چوب»، «فضای پر شده»، «روبانی» و غیره به نمایش درآورد. جی‌مل از قالب پرونده‌های ملکولی نیز پشتیبانی می‌کند از جمله بانک اطلاعات پروتوئین‌ها (pdb)، فایل اطلاعات کریستالوگرافی (cif)، جدول فایل‌های شیمیایی (mol) و زبان نشانه‌گذاری شیمیایی (cml).

جی‌مل نیازمند نصب اولیه جاوا بر روی هر سیستم مکمل اجرایی می‌باشد. به‌طور مثال جی‌مل با مرورگرهای موزیلا فایرفاکس، اینترنت اکسپلورر، اپرا، گوگل کروم و سافاری سازگاری کامل دارد.

نماگرفت[ویرایش]

منابع[ویرایش]

پیوند به بیرون[ویرایش]

Jmol
J(S)mol logo 2013.svg
Jmol three-dimensional structure rendering of streptavidin
Jmol three-dimensional structure rendering of streptavidin
Developer(s)Jmol development team
Initial release2001; 18 years ago (2001)
Stable release14.6.4 (October 15, 2016; 3 years ago (2016-10-15)) [±]
Preview release14.5.0 (7 November 2015; 4 years ago (2015-11-07)) [±]
Repositorysourceforge.net/projects/jmol
Written inJava
Operating systemCross-platform
PlatformSystems with Java and Web browsers without Java
Available in16 languages
List of languages
Catalan, Chinese, Czech, Danish, Dutch, English, French, German, Hungarian, Indonesian, Italian, Korean, Portuguese, Spanish, Turkish, Ukrainian[1]
TypeMolecular modelling
LicenseLGPL 2.0
Websitewww.jmol.org

Jmol is computer software for molecular modelling chemical structures in 3-dimensions.[2] Jmol returns a 3D representation of a molecule that may be used as a teaching tool,[3] or for research e.g., in chemistry and biochemistry. It is written in the programming language Java, so it can run on the operating systems Windows, macOS, Linux, and Unix, if Java is installed. It is free and open-source software released under a GNU Lesser General Public License (LGPL) version 2.0. A standalone application and a software development kit (SDK) exist that can be integrated into other Java applications, such as Bioclipse and Taverna.

A popular feature is an applet that can be integrated into web pages to display molecules in a variety of ways. For example, molecules can be displayed as ball-and-stick models, space-filling models, ribbon diagrams, etc.[4] Jmol supports a wide range of chemical file formats, including Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol), and Chemical Markup Language (CML). There is also a JavaScript-only (HTML5) version, JSmol, that can be used on computers with no Java.[5]

The Jmol applet, among other abilities, offers an alternative to the Chime plug-in,[3] which is no longer under active development. While Jmol has many features that Chime lacks, it does not claim to reproduce all Chime functions, most notably, the Sculpt mode. Chime requires plug-in installation and Internet Explorer 6.0 or Firefox 2.0 on Microsoft Windows, or Netscape Communicator 4.8 on Mac OS 9. Jmol requires Java installation and operates on a wide variety of platforms. For example, Jmol is fully functional in Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome, and Safari.


Screenshots

See also

References

  1. ^ Jmol translations
  2. ^ Chen, Jim X. (2008), Springer (ed.), Guide to Graphics Software Tools, p. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
  3. ^ a b Herráez, A (2006), "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue", Biochemistry and Molecular Biology Education, 34 (4): 7, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644
  4. ^ Herráez, A (2007), Lulu (ed.), How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, p. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
  5. ^ "JSmol". Retrieved 2015-11-02.

External links