با توجه به اینکه کنفدراسیون فوتبال آسیا فرمت لیگ قهرمانان آسیا را بررسی کرده و تغییرات قابل توجهی در نحوه برگزاری این رقابتها ایجاد کرده است، تیمهای راه یافته به ایافسی کاپ نیز در مقایسه با دورههای قبلی از کشورهای متفاوتی هستند.
قرعهکشی مرحله گروهی در ۱۲ ژانویه ۲۰۰۹ در کوالالامپور، مالزی برگزار شد.
هر باشگاه به صورت رفت و برگشت در مقابل سه تیم دیگر گروه، در مجموع ۶ بازی، بازی میکند. باشگاهها برای برد ۳ امتیاز، برای تساوی ۱ امتیاز و برای باخت ۰ امتیاز دریافت میکنند. باشگاهها بر اساس امتیاز رتبهبندی میشوند و معیارهای تساویشکن به ترتیب زیر است:
بیشترین تعداد امتیاز کسب شده در مسابقات گروهی بین تیمهای مربوطه؛
تفاضل گل حاصل از مسابقات گروهی بین تیمهای مربوطه؛ (گلهای خارج از خانه اعمال نمیشود)
بیشترین تعداد گل زده شده در مسابقات گروهی بین تیمهای مربوطه؛ (گلهای خارج از خانه اعمال نمیشود)
تفاضل گل در تمام مسابقات گروهی؛
بیشترین تعداد گل زده شده در تمام مسابقات گروهی؛
اگر فقط دو تیم درگیر باشند و هر دو در زمین بازی باشند، ضربات پنالتی زده میشود؛
امتیاز کمتر بر اساس تعداد کارتهای زرد و قرمز دریافت شده در مسابقات گروهی محاسبه میشود؛ (۱ امتیاز برای هر کارت زرد، ۳ امتیاز برای هر کارت قرمز در نتیجه دو کارت زرد، ۳ امتیاز برای هر کارت قرمز مستقیم، ۴ امتیاز برای هر کارت زرد و به دنبال آن یک کارت قرمز مستقیم)
قرعهکشی.
تیمهای اول و دوم هر گروه به دور بعدی راه پیدا میکنند.
قرعهکشی مرحله یکهشتم نهایی ایافسی کاپ ۲۰۰۹ در ۱۲ ژانویه ۲۰۰۹ به همراه قرعهکشی مرحله گروهی برگزار شد. مسابقات غرب آسیا در ۲۶ مه و مسابقات شرق آسیا در ۲۳ ژوئن برگزار شد.
قرعهکشی مرحله یکچهارم نهایی و سایر مراحل حذفی در تاریخ ۲۹ ژوئن ۲۰۰۹ از ساعت ۱۹:۳۰ در کوالالامپور، مالزی برگزار شد. بازیهای رفت در ۱۵ سپتامبر و بازیهای برگشت در ۳۰ سپتامبر برگزار شدند.