کلاستال

از ویکی‌پدیا، دانشنامهٔ آزاد
پرش به: ناوبری، جستجو
کلاستال
نویسنده(های) اصلی تی. گیبسون، جی. تامپسون، دی. هیگینز
انتشار پایدار 2.1 / ۱۷ نوامبر ۲۰۱۰؛ ۱٬۴۹۳ روز پیش
نوشته‌شده به سی++
سیستم‌عامل ویندوز
مک اواس
گنو/لینوکس
یونیکس
گونه ابزار بیوانفورماتیک
پروانه رایگان برای استفاده‌ی آکادمیک
وب‌گاه Clustal


کلاستال (به انگلیسی: Clustal) یکی از برنامه‌های رایانه‌ای معروف برای هم تراز کردن چندگانه توالی‌ها است. آخرین نسخه‌ی این برنامه، ویرایش 2.1 آن می‌باشد. دو گونه‌ی مختلف از این برنامه موجود است:

  • ClustalW: که واسط کاربر متنی دارد.
  • ClustalX: که دارای واسط کاربر گرافیکی است و دارای نسخه‌های قابل اجرا در سیستم‌ عامل‌های ویندوز، لینوکس و مکینتاش است.

این برنامه از وبگاه کلاستال و یا سرور اف.تی.پی انستیتو بیوانفورماتیک اروپا قابل دسترسی است.

ورودی[ویرایش]

این برنامه قالب‌های گوناگونی را به عنوان ورودی می‌پذیرد؛ برخی از آن‌ها عبارت‌اند از: NBRF/PIR، FASTA، EMBL/Swissprot، Clustal، GCC/MSF، GCG9 RSF و GDE.

خروجی[ویرایش]

خروجی این برنامه می‌تواند در قالب یکی یا چند تا از قالب‌های Clustal، NBRF/PIR، GCG/MSF، PHYLIP، GDE و یا NEXUS باشد.

هم تراز کردن چندگانه توالی‌ها[ویرایش]

در الگوریتم کلاستال برای هم تراز کردن چند توالی با هم سه گام اصلی وجود دارد:

  1. انجام هم تراز کردن جفتی
  2. ساخت یک درخت فیلوژنتیک(و یا استفاده از یک درخت ساخته شده توسط کاربر)
  3. استفاده از درخت فیلوژنتیک برای هم تراز کردن چندگانه توالی‌ها

با انتخاب گزینه‌ی "Do Complete Alignment" همه‌ی این مراحل به طور خودکار انجام می‌شوند. گزینه‌های دیگر شامل "Do Alignment from guide tree" و "Produce guide tree only" می‌باشد.

تنظیمات[ویرایش]

کاربران می‌توانند هم تراز کردن توالی‌ها را با تنظیمات پیش فرض انجام دهند؛ هرچند معمولا با تغییر دادن تنظیمات با پارامترهای خاص خود نتیجه‌ی بهتری بدست می‌آید. این پارامترها، جریمه‌ی گشایش فاصله و جریمه‌ی گسترش فاصله می‌باشند.

منبع[ویرایش]

مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا، «Clustal»، ویکی‌پدیای انگلیسی، دانشنامهٔ آزاد (بازیابی در ۲۶ ژوئن ۲۰۱۱).