پرایمر

پرایمر در زیست شناسی مولکولی به رشته‌ای از دی‌ان‌ای گفته می‌شود که برای آغاز همانندسازی به‌کار می‌رود. پرایمر از این رو در همانندسازی نیاز است که آنزیم همانندساز، دی‌ان‌ای پلمیراز، تنها توانایی افزوند نوکلئوتید به یک رشته را دارد. پلیمراز همانندسازی را از انتهای ۳٬ پرایمر آغاز می‌کند و از روی رشته‌ی مخالف الگوبرداری می‌کند. در طبیعت و در بیشتر موردها، پرایمری که برای همانندسازی به کار می‌رود، یک رشته‌ی کوتاه آران‌ای است، که خود می‌تواند نوپدید سنتز شود. پرایمرها در بسیاری از آزمایش‌های مولکولی و بیوشیمیایی که از دی‌ان‌ای پلیمراز بهره می‌برند، همانند واکنش زنجیره پلی‌مراز یا توالی‌یابی دی‌ان‌ای، به کار می‌روند. این گونه پرایمرها بیشتر اولیگونوکلئوتیدهای کوتاهی هستند که اغلب به صورت شیمیایی تولید شده‌اند و با درازای ۱۸-۲۵ نوکلئوتید هستند.

طراحی پرایمر برای واکنش زنجیره‌ای پلیمراز

ابزار برخط و رایگان NCBI به نام Primer Blast، دو ابزار BLAST و طراحی پرایمر را یکجا گرد آورده است. از BLAST می‌توان برای بررسی یگانه بودن پرایمر در توالی DNA بهره جست.