فصل سوم سریال فرار از زندان کوتاه ترین فصل آن است که تنها ۱۳ قسمت دارد. در این فصل باز هم قهرمان محبوب داستان مثل فصل ۱ باید از زندان فرار کند. با این تفاوت که نه مثل فصل ۱ نقشه زندان را دارد و نه زندان نگهبانی درستی دارد. گروهی از زندانیان مدیریت زندان را بر عهده گرفتهاند و در دعواهای دو نفره اختلافات را حل میکنند. در فصل سوم مایکل اسکافیلد به جرم قتل به زندان میافتد طی این مدت سازمان سارا و الجی را گروگان میگیرد و از مایکل میخواهد که یکی از افرادشان به نام جیمز ویسلر را فراری دهد. در این فصل سازمان برای زهر چشم گرفتن از مایکل سر زنی را به لینکلن باروز برادر مایکل نشان میدهد و ادعا میکند که این سر سارا تانکردی است و آنها سارا را کشتهاند.مایکل با شنیدن خبر کشته شدن سارا تصمیم میگیرد تا بعد از خروج از سونا انتقام او را از افراد سازمان بگیرد.
- مایکل اسکافیلد : در این فصل به زندانی به نام سونا در کشور جمهوری پاناما می افتد و برای نجات برادر زاده اش می خواهد شخصی از افراد کمپانی نجات دهد.
- لینکلن باروز : برادر مایکل که در این فصل در پاناما سرگردان است و اتفاقاتی برایش می افتد.
- الکساندر ماهون : پلیس فدرالی که برای دستگیری مایکل و لینکون به دنبالشان تا پاناما می رود و برایش پاپوش درست می کنند و گرفتار می شود و او نیز به زندان سونا می افتد.
- فرناندو سوکره : هم سلولی مایکل در فصل اول که او نیز در این جریانات به پاناما آمده است.
