شبکه فیلوژنتیک

از ویکی‌پدیا، دانشنامهٔ آزاد
پرش به: ناوبری، جستجو

شبکه فیلوژنتیک گرافی است که جهت نشان دادن ارتباط تکاملی (به صورت صریح یا غیر صریح) بین دنباله نوکلئوتید‌ها، ژن‌ها، کروموزوم‌ها، ژنوم‌ها، یا گونه‌ها استفاده می‌شود. شبکه فیلوژنتیک وقتی مورد استفاده قرار می گیرد که شبکه ای از وقایع مانند انتقال عمومی ژن، جفت گیری، تکثیر ژن و انقراض مورد بحث باشد. شبکه فیلوژنتیک یک مدل شدن کاملا متفاوت با درخت فیلوژنتیک هستند. به این معنی که ندهای هیبرید(ند با دو والد)به جای ندهای درختی (ند با یک والد) اضافه شده اند. [۱] درخت های فیلوژنتیک یک زیر مجموعه از شبکه های فیلوژنتیک هستند. شبکه های فیلوژنتیک را می توان با نرم افزار هایی مانند SplitsTreeبه تصویر کشید. شکل استاندارد برای نمایش شبکه های فیلوژنتیک استفاده از مدل Newick format است، که شبکه ها را به خوبی درختان پشتیبانی می کند.[۲]

چندین نوع و زیر مجموعه از شبکه های فیلوژنتیک بر پایه پدیده های زیستی نمایش داده می شوند، یا تاریخ آنها ساخته می شود(مثلا شبکه های هیبریدی معمولا با استفاده از ریشه درخت ریشه دار ساخته می شوند، شبکه های جفت گیری از روی دنباله باینری، شبکه های میانه از روی یک مجکوعه از splitهاو...)

Microevolution[ویرایش]

با استفاده ار درختان فیلوژنتیک نمی توان پدیده های مربوط به microevolution را نشان داد. برای مثال توزیع جغرافیایی جمعیت موش ابی یا ماهی از یک گونه خاص در میان شبکه رودخانه ها، زیرا یک گونه مرزی وجود ندارد که از انتقال ژن جلو گیری کند. برای دیدن شبکه های فیلوژنتیک عمومی و کاربرد آنها، این مرجع را مشاهده کنید.[۳]

شبکه های ریشه دار و شبکه های بدون ریشه[ویرایش]

دو نوع شبکه فیلوژنتیکی وجود دارد

شبکه های فیلوژنتیکی بدون ریشه: گراف بدون جهتی می باشد که معمولا برگهای آن را با آرایه ها برچسب گذاری میکنند. روش های پرکاربرد بسیاری برای یافتن و ترسیم این نوع شبکه ها وجود دارد مانند split networks و quasi-median networks.

شبکه های فیلوژنتیکی ریشه دار: یک گراف جهت‌دار غیرمدور و ریشه داری است که معمولا برگهای آن را با آرایه ها برچسب گذاری میکنند.

جستارهای وابسته[ویرایش]

منابع[ویرایش]

  1. Arenas, M; Miguel Arenas, Gabriel Valiente, and David Posada (2008-10-15). "Characterization of Reticulate Networks Based on the Coalescent with Recombination". Mol Biol Evol 25 (12): 2517–2520. DOI:10.1093/molbev/msn219. PMC 2582979. PMID 18927089. 
  2. Cardona, G; Gabriel Cardona, Francesc Rosselló, and Gabriel Valiente (2008-12-15). "Extended Newick: it is time for a standard representation of phylogenetic networks". BMC Bioinformatics 9 (532): 532. DOI:10.1186/1471-2105-9-532. PMC 2621367. PMID 19077301. 
  3. {{Cite journal | pmid = 12028728 | year = 2002 | month = Apr | author = Legendre, P; Makarenkov, V | title = Reconstruction of biogeographic and evolutionary networks using reticulograms | volume = 51 | issue = 2 | pages = 199–216 | issn = 1063-5157 | doi = 10.1080/10635150252899725 | journal = Systematic biology | postscript = }{}
  • مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا، «Phylogenetics»، ویکی‌پدیای انگلیسی، دانشنامهٔ آزاد (بازیابی در ۲۷ نوامبر ۲۰۱۰).

نرم افزار برای محاسبه شبکه فیلوژنتیک[ویرایش]

لینک به خارج[ویرایش]

  • A tutorial that reviews the terminology used for phylogenetic networks and covers both split networks and reticulate networks, their definition and interpretation.

الگو:Phylo