سی اس-بلست

از ویکی‌پدیا، دانشنامهٔ آزاد
پرش به: ناوبری، جستجو

سی اس بلست یک ورژن [۱] اصلاح شده ی بلست[۲]، برنامه ای برای جستجوی توالی پروتئین است.

زیست شناسان عموماً عمل جستجوی توالی ها را انجام می دهند، تا بتوانند عملکرد یک پروتئین ناشناخته را از روی توالی اش حدس بزنند. برای این منظور، توالی پروتئین با میلیونها توالی پروتئینی دیگر مقایسه می شود. عملکرد توالی با توجه به عملکرد توالیهایی که بیشترین تشابه به آن را دارند حذس زده می شود.[۳]

نحوه ی اجرا[ویرایش]

سی اس-بلست مانند یک بسته بندی حول بلست عمل می کند. بطوریکه توالی های پروتئین را، با سرعت و میزان خطای یکسان، دو برابر بیشتر از بلست پیدا می کند. [۴] در حالیکه احتمال اینکه آمینو اسیدها به نوع دیگری از آمینو اسیدها در پروتئین مربوطه جهش پیدا کند،تنها بستگی به آمینو اسیدهلی تک رشته ای در بلست و دیگر برنامه های جستجوی توالی دارد،احتمال جهش در سی اس-بلست وابسته به مکانهای محلی توالی است.

یک توسیع سی اس-بلست برای جستجوی متوالی بوسیله ی ماتریس های نمره دهی موجود است. این برنامه (سی اس آی- بلست) مشابه برنامه پی سی ای-بلست است.[۵]. دوبار تکرار جستجوی سی اس آی-بلست، حساسیت(sensitivity) بیشتری نسبت به پنج بار تکرار جستجوی پی سی اس آی-بلست دارد.[۴]

جستارهای وابسته[ویرایش]

منابع[ویرایش]

  1. "Better Sequence Searches Of Genes And Proteins Devised". ScienceDaily. Mar. 7, 2009. Retrieved 2009-08-14.  Check date values in: |date= (help)
  2. Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (1990). "Basic local alignment search tool.". J Mol Biol 215 (3): 403–410. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID 2231712. 
  3. Davison DB (2002). 3. "An overview of sequence similarity ("homology") searching". Curr Protoc Bioinformatics. Chapter 3: Unit 3.1. doi:10.1002/0471250953.bi0301s00. PMID 18792936. 
  4. ۴٫۰ ۴٫۱ Biegert A, Soeding J (2009). "Sequence context-specific profiles for homology searching". Proc Natl Acad Sci USA 106 (10): 3770–3775. doi:10.1073/pnas.0810767106. PMC 2645910. PMID 19234132. 
  5. Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ. (1997). "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.". Nucleic Acids Res 25 (17): 3389–3402. doi:10.1093/nar/25.17.3389. PMC 146917. PMID 9254694. 

مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا، «CS-BLAST»، ویکی‌پدیای انگلیسی، دانشنامهٔ آزاد.

پیوند به بیرون[ویرایش]