جهش پذیرفته نقطهای
جهش پذیرفته نقطهای (Point accepted mutation یا PAM یا Percent Accepted Mutation) یک مجموعه از ماتریسها برای نمرهدهی به همترازی توالیها است. مارگارت دیهاف[۱] ماتریس PAM را در سال ۱۹۷۸ بر مبنای ۱۵۷۲ جهش مشاهده شده در ۷۱ خانواده باپروتئنهای بسیار مرتبط معرفی کرد. [۲] هر ماتریس در سطرها و ستونهای خود ۲۰ آمینواسید دارد و هر درایه از ماتریس احتمال جایگزینی یک آمینواسید با دیگری را مشخص میکند. این نوع ماتریسها را به طور کلی ماتریسهای جایگزینی مینامند.
این ماتریس در بیوانفورماتیک برای به دست آوردن ماتریس نمرهدهی جهت ارزیابی شباهت دو دنباله به کار میرود. برای مثال احتمال ۱۸ درصدی جایگزینی آرژنین با لیسین در این ماتریس امتیاز ۳ را به همراه خواهد داشت. در محاسبات فرکانس ظهور آمینواسیدها و مقادیر احتمالات از روی دنبالههای شناخته شده به دست میآید.[۳]
ماتریسهای PAM مفهوم مدل زنجیره مارکوف در جهش پروتئین را تداعی میکنند.[۴][۵] ماتریسهای PAM عادیسازی شدهاند، برای مثال ماتریس PAM۱ احتمال جایگزینیهایی را نشان میدهد که یک جهش نقطه در هر ۱۰۰ آمینو اسید را تجربه کردهاند. جهشها ممکن است همپوشانی داشته باشند، در ماتریس PAM۲۵۰ باید در هر ۱۰۰ آمینواسید ۲۵۰ جهش دیده شود اما تاکنون ۸۰ جهش موثر دیده شدهاست.
جستارهای وابسته [ویرایش]
منابع [ویرایش]
- ↑ Margaret Dayhoff
- ↑ Dayhoff, M.O., Schwartz, R. and Orcutt, B.C. (1978). "A model of Evolutionary Change in Proteins". Atlas of protein sequence and structure (volume 5, supplement 3 ed.). Nat. Biomed. Res. Found.. pp. 345–358. ISBN 0912466073
- ↑ Pevsner J (2009). "Pairwise Sequence Alignment". Bioinformatics and Functional Genomics (2nd ed.). Wiley-Blackwell. pp. 58–63. ISBN 978-0-470-08585-1.
- ↑ Kosiol C, Goldman N. (2005). "Different versions of the Dayhoff rate matrix.". Molecular biology and evolution. 22 (2): 193–9. DOI:10.1093/molbev/msi005. PMID 15483331. http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/22/2/193.
- ↑ Liò P, Goldman N. (1998). "Models of molecular evolution and phylogeny.". Genome research. 8 (12): 1233–44. DOI:10.1101/gr.8.12.1233. PMID 9872979. http://pixfunlobdot.59.to/content/8/12/1233.full.
