توالی اجماع
در زیست شناسی مولکولی و بیو انفورماتیک، توالی اجماع برای محاسبه ترتیب فراوانترین ساکن (residues)در یک رشته، یا نوکلئوتید یا اسید آمینه در همه مکانهای یک تراز توالی sequence alignment به کار میرود. توالی اجماع نتایج یک تراز توالی چند گانه (MSA) را بیان میکند که توالیهای مربوط با هم مقایسه و لوگوی دنباله های مشابه محاسبه میشوند. این اطلاعات هنگامی که با آنزیمهایی با توالی مستقل مانند RNA polymerase.[۱] کار میکنیم مهم هستند.
محتویات |
آنالیز توالی [ویرایش]
نرم افزارهای شناخت الگو (pattern recognition) یک موضوع عمده در ژنتیک، بایولوژی مولکولی و بایو انفورماتیک محسوب میشوند. موتیفهای توالی (sequence motifs )ویژه میتوانند مانند توالیهای تنظیمی (regulatory sequence) برای کنترل بایو آنزیمها یا مانند توالیهای علامت (signal sequence)که یک مولکول را به یک مکان مشخص در سلول هدایت میکنند یا بلوغ سلول را تنظیم میکنند، عمل کنند. از آنجایی که عمل تنظیم این توالیها مهم است، این طور در نظر گرفته میشود که در طول دورههای طولانی تکامل محافظت شدهاند و تغییر چندانی نکردهاند. در پارهای از موارد میتوان با استفاده از مقدار محافظت این مکانها ارتباط تکاملی را تخمین زد.
نام گذاری [ویرایش]
موتیف توالی محافظت شده (conserved sequence motifs) توالی اجماع نامیده میشوند و نشان میدهند که چه ساکنهایی (residues)محافظت شده و چه ساکنهایی متغیر هستند. برای مثال نمونه DNA زیر را در نظر بگیرید:
A[CT]N{A}YR
در این نوع نام گذاری، A به این معنی است که در این مکان همیشه A است. [CT] یعنی در این مکان یا C داریم یا T. برای نشان دادن اینکه در این مکان هر بازی میتواند قرار بگیرد از علامت N استفاده میکنیم. {A} یعنی هر بازی بع غیر از A و Y نمایانگر هر pyrimidine و R نشان دهند هر purine است.
جستارهای وابسته [ویرایش]
منابع [ویرایش]
- ↑ Pierce, Benjamin A. 2002. Genetics : A Conceptual Approach. 1st ed. New York: W.H. Freeman and Co.
